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2015 Fiscal Year Annual Research Report

海産カイアシ類の飢餓および休眠応答シークエンスの解明とマーカーの開発

Research Project

Project/Area Number 15H04534
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

津田 敦  東京大学, 大気海洋研究所, 教授 (80217314)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 兵藤 晋  東京大学, 大気海洋研究所, 准教授 (40222244)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords海洋科学 / プランクトン / 飢餓 / トランスクリプトノーム / カイアシ類
Outline of Annual Research Achievements

H27年度は、対象とするカイアシ類Calanus sinicusが、温帯域に出現する春季から秋季にかけて、3回の採集と実験を行った。中央水産研究所が実施する御前崎沖ライン観測に参加し、飼育用プランクトンネットの鉛直引きにより目的生物を採集し、濾過海水で飼育した飢餓区と餌環境を現場濃度で維持した摂餌区を設け、発現する遺伝子の量を比較した。実験にはCalanus sinicus雌成体を使用し、1Lの容器に3個体を収容し、それぞれの区画で、現場水温で24時間飼育した。飼育した個体は実験終了後、RNAを抽出保存した。RNA抽出物から逆転写によりcDNAを合成し、次世代シークエンサーにより塩基配列を解読し, 360,079,317本の断片配列を取得し、アダプターや低クオリティ配列を除去した後、de novoアッセンブリをおこない、203,854本のコンティグを得て、リファレンス配列を作成した。次にリードをリファレンス配列にマッピングし発現量をリード数としてカウントした、このカウント値について、統計学的な検定を行い、発現量解析とした。カイアシ類では、本研究のようないわゆるRNA-seqは初めての試みであるため、本年度は、その手法確立に研究の重点をおいた。3回の実験で、手法はほぼ確立し、飢餓区で高発現する配列を36、低発現する配列を34特定した(FDR<0.05).そのうちのいくつかはデータベースによる相同性検索から、ミオシン、トロポミオシンなど筋肉タンパク、解糖系、チロシン代謝関連遺伝子と考えられている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

海洋性カイアシ類を含む動物プランクトン群集の研究では、他の生物群(微生物や植物プランクトン)に比べ分子生物学的な手法の導入が遅れていた。カイアシ類は優占する動物プランクトンであるにもかかわらず、マイクロアレイやRNA-seqのような遺伝子の発現解析は、ごく少数の研究例しかなく、近年の次世代シークエンサーを用いた応用例はなく、本研究が初めての試みとなった。他の生物では確立された手法ではあったが、実際の応用にはいくつかの問題点があると予想していたが、とりあえず、一年間の試みで、有意な差を示す配列を得ることができ、また、その半数程度は何らかの意味で飢餓との関係性を有すると予測できるものであった。従って、これらの成果は計画通りであり、大きなトラブルがなかったと言える。

Strategy for Future Research Activity

H28年度以降にやるべきことは第一に、特定された遺伝子に関してrealtime-PCRを用いて、発現の時間的変化を明らかにして、飢餓と関係する遺伝子であることを確かめること。次に、今回は24時間の飢餓における遺伝子発現の変化を対象としたが、数時間から数日の飢餓期間を設定しH27年度を同様の実験を行うことによって、飢餓に対する応答シークエンスを明らかにするとともに、現場海域の群集に応用できる飢餓マーカーを特定することである。このためには、H28年度も複数回の航海(中央水産水産研究所御前崎沖ライン観測)に乗船し、飢餓期間を変えた実験を行う。さらに、今年度得られた結果を解釈するために、得られた遺伝子の機能をデータベースで検索し、他生物、特にモデル生物での機能から、カイアシ類Calanus sinicusが示す飢餓応答の生理的メカニズムを解明する。

  • Research Products

    (18 results)

All 2016 2015

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Impact of the 2011 Tohoku earthquake tsunami on zooplankton community in Otsuchi Bay, northeastern Japan2016

    • Author(s)
      Nishibe Y, H. Isami, H. Fukuda, S. Nishida, T. Nagata, A. Tachibana and A. Tsuda
    • Journal Title

      Journal of Oceanography

      Volume: 72 Pages: 77-90

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nutrient status of Otsuchi Bay (northeastern Japan) following the 2011 off the Pacific coast of Tohoku Earthquake2016

    • Author(s)
      Fukuda H., R. Katayama, Y. Yang, H. Takasu, Y Nishibe, A. Tsuda and T. Nagata
    • Journal Title

      Journal of Oceanography

      Volume: 72 Pages: 39-52

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Vertical segregation and population structure of ontogenetically migrating copepods Neocalanus cristatus, N. flemingeri, N. plumchrus and Eucalanus bungii during ice-free season in the Sea of Okhotsk2015

    • Author(s)
      Tsuda, A. H. Saito, H. Kasai, J. Nishioka and T. Nakatsuka
    • Journal Title

      Journal of Oceanography

      Volume: 71 Pages: 271-285

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Early life history of Neocalansu plumchrus (Calanoida: Copepoda) in the western subarctic Pacific2015

    • Author(s)
      Fujioka, H, RJ Machida, A Tsuda
    • Journal Title

      Progress in Oceanography

      Volume: 137 Pages: 196-208

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mixed layer depth and chlorophyll a: Profiling float observations in the Kuroshio-Oyashio Extension region2015

    • Author(s)
      Itoh, S., I. Yasuda, H. Saito, A. Tsuda and K. Komatsu
    • Journal Title

      Journal of Marine System

      Volume: 151 Pages: 1-14

    • DOI

      10.1016/j.jmarsys.2015.06.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Metagenetic community analysis of epipelagic planktonic copepods in the tropical and subtropical Pacific2015

    • Author(s)
      Hirai J and A Tsuda
    • Journal Title

      Marine Ecology Progress Series

      Volume: 534 Pages: 66-78

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Extensive genetic diversity and endemism across the global range of the oceanic copepod Pleuromamma abdominalis.2015

    • Author(s)
      Hirai, J. A. Tsuda, E. Goetze
    • Journal Title

      Progress in Oceanography

      Volume: 138 Pages: 77-90

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Discovery of conventional prolactin from the holocephalan elephant fish, Callorhinchus milii.2015

    • Author(s)
      Yamaguchi, Y., Takagi, W., Kuraku, S., Moriyama, S., Bell, J.D., Seale, A.P., Lerner, D.T., Grau, E.G. and Hyodo, S.
    • Journal Title

      General and Comparative Endocrinology

      Volume: 224 Pages: 216-227

    • DOI

      org/10.1016/j.ygcen.2015.08.020

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 表層・中層性カイアシ類の多様性と分布の緯度変化2016

    • Author(s)
      平井惇也・津田敦
    • Organizer
      日本海洋学会2016年度春季大会
    • Place of Presentation
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区本郷)
    • Year and Date
      2016-03-17
  • [Presentation] Weight-specific growth rates of large-sized oceanic copepods during phytoplankton bloom2016

    • Author(s)
      Abe, Y., A. Yamaguchi, T. Kobari, B. Niehoff, A. Tsuda and I. Imai
    • Organizer
      2016 ESSAS Meeting
    • Place of Presentation
      横浜ワールドポーターズ(横浜市西区桜木町)
    • Year and Date
      2016-03-07
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mixed layer depth and chlorophyll a: Profiling float observations in the Kuroshio-Oyashio Extension region2016

    • Author(s)
      Itoh, S., I. Yasuda, H. Saito, A. Tsuda and K. Komatsu
    • Organizer
      Ocean Science Meeting
    • Place of Presentation
      New Orleans, USA
    • Year and Date
      2016-02-20
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 分子生物学的手法によるカイアシ類の多様性解析2016

    • Author(s)
      平井惇也・津田 敦
    • Organizer
      東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会
    • Place of Presentation
      東京大学柏キャンパス(千葉県柏市柏の葉)
    • Year and Date
      2016-02-20
  • [Presentation] 西経170度線上におけるマイクロネクトンの多様性と食性2016

    • Author(s)
      立花愛子・平井惇也・宮 正樹・菊地知彦・津田 敦
    • Organizer
      東京大学大気海洋研究所共同利用研究集会
    • Place of Presentation
      東京大学柏キャンパス(千葉県柏市柏の葉)
    • Year and Date
      2016-02-20
  • [Presentation] Distribution and function of neurohypophysial hormone receptors in catshark2015

    • Author(s)
      Inoue, S., Y. Yamaguchi, H. Kaiya, S. Kuraku and S. Hyodo
    • Organizer
      日本比較内分泌学会第40回大会
    • Place of Presentation
      JMSアステールプラザ、広島
    • Year and Date
      2015-12-11 – 2015-12-13
  • [Presentation] 海洋におけるMSR問題2015

    • Author(s)
      津田敦
    • Organizer
      シンポジウム「海洋遺伝資源のアクセスと利益配分のあり方」
    • Place of Presentation
      政策研究大学院大学(東京都港区六本木)
    • Year and Date
      2015-11-26
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mixed layer depth and chlorophyll a: Profiling float observations in the Kuroshio-Oyashio Extension region2015

    • Author(s)
      Itoh, S., I. Yasuda, H. Saito, A. Tsuda and K. Komatsu
    • Organizer
      PICES Annual Meeting
    • Place of Presentation
      青島、中国
    • Year and Date
      2015-10-21
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] トラザメの下垂体における糖タンパク質ホルモンcDNAのクローニングと発現部位の同定2015

    • Author(s)
      内田勝久、井上夏紀、兵藤晋、香川浩彦
    • Organizer
      日本動物学会第86回大会
    • Place of Presentation
      新潟コンベンションセンター 朱鷺メッセ(新潟市中央区万代島)
    • Year and Date
      2015-09-15 – 2015-09-17
  • [Book] 海洋生態学2016

    • Author(s)
      津田敦・森田健太郎
    • Total Pages
      327
    • Publisher
      共立出版

URL: 

Published: 2017-01-06  

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