2016 Fiscal Year Annual Research Report
Establishment of new classification for structural variation based on next generation sequencing
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15H04710
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| Research Institution | Fujita Health University |
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Principal Investigator |
倉橋 浩樹 藤田保健衛生大学, 総合医科学研究所, 教授 (30243215)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 染色体 / ゲノム / 端部欠失 / 逆位重複 / 複製の停止 / 鋳型乗り換え |
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| Outline of Annual Research Achievements |
染色体端部欠失・逆位重複の発生メカニズムはまだよくわかっていない。頻度の高い8pの端部欠失・逆位重複は相同性の高いinverted repeat配列を介した非アリル間相同組み換え（Non-Allelic Homologous Recombination: NAHR）とされているが、そうでない散発性のものに関しては未解明である。５例の染色体端部欠失・逆位重複の切断点の解析を行った。4p, 8q, 9p, 10q, 11qの染色体端部欠失の症例にマイクロアレイ染色体検査を行うことで端部欠失のすぐ近くに接して重複領域が存在することが同定され、FISH法を用いた向きの解析により逆位重複が確定された。引き続いて、次世代シーケンサーによる全ゲノムシーケンスをメイトペアで行うことにより、端部欠失・逆位重複の切断点及びジャンクションの配列情報を得た。５例のすべての症例において逆位の折り返し点には対称性はなく、長い介在配列が存在した。介在配列のサイズは共通して数kbであった。ジャンクション配列は数塩基のマイクロホモロジーを介して結合しており、なんらかの複製の停止（Fork Stalling and Template Switching: FoSTeS）の関与が推測された。停止後の複製の再開は、DNA端の核内距離が近い同時進行中の近傍の複製フォークへの侵入、鋳型乗り換え（Microhomology-Mediated Break-Induced Replication: MMBIR）による複製の再開が示唆されているが、本研究の結果からは、同一フォーク内のleading鎖からlagging鎖への鋳型乗り換えが生じたときに、逆位重複が生じることが推測された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
遅れていたサンプルの解析がを行い、染色体端部欠失・逆位重複の切断点の解析が完了し、その発生メカニズムの一端が解明できた。
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| Strategy for Future Research Activity |
次の研究対象である複雑構造異常の発生メカニズムの解明に全力を傾ける。方法は、同じく、次世代シーケンサーによる全ゲノムシーケンスをメイトペアで行うことにより、切断点及びジャンクションの配列情報を得ることで、発生メカニズムに迫る。
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[Journal Article] Twin pregnancy with chromosomal abnormalities mimicking a gestational trophoblastic disorder and coexistent foetus on ultrasound2018
Author(s)
Ohwaki A, Nishizawa H, Aida N, Kato T, Kambayashi A, Miyazaki J, Ito M, Urano M, Kiriyama Y, Kuroda M, Nakayama M, Sonta SI, Suzumori K, Sekiya T, Kurahashi H, Fujii T.
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Journal Title
J Obstet Gynaecol
Volume: 38
Pages: 1-3
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Novel missense mutation in DLL4 in a Japanese sporadic case of Adams-Oliver syndrome2017
Author(s)
Nagasaka M, Taniguchi-Ikeda M, Inagaki H, Ouchi Y, Kurokawa D, Yamana K, Harada R, Nozu K, Sakai Y, Mishra SK, Yamaguchi Y, Morikoka I, Toda T, Kurahashi H, Iijima K
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Journal Title
J Hum Genet
Volume: 62
Pages: 869
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A case with concurrent duplication, triplication, and uniparental isodisomy at 1q42.12-qter supporting microhomology-mediated break-induced replication model for replicative rearrangements2017
Author(s)
Kohmoto T, Okamoto N, Naruto T, Murata C, Ouchi Y, Fujita N, Inagaki H, Satomura S, Okamoto N, Saito M, Masuda K, Kurahashi H, Imoto I
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Journal Title
Mol Cytogenet
Volume: 10
Pages: 15
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Remote intracranial recurrence of IDH mutant gliomas is associated with TP53 mutations and an 8q gain2017
Author(s)
Nakae S, Kato T, Murayama K, Sasaki H, Abe M, Kumon M, Kumai T, Yamashiro K, Inamasu J, Hasegawa M, Kurahashi H, Hirose Y
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Journal Title
Oncotarget
Volume: 8
Pages: 84729-84742
DOI
Peer Reviewed
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