2015 Fiscal Year Annual Research Report
Liquid biopsyシークエンスによる肝膵がんの診断とバイオマーカー探索
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15H04814
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山上 裕機 和歌山県立医科大学, 医学部, 教授 (20191190)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | ゲノム診断 / がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（１）再発性肝がんのcfDNA変異プロファイルによる転移性(IM)・多中心性発生(MC)の鑑別
パイロットとしてし10例の再発性肝癌の患者より血漿cfDNAの抽出を行ったが、5例について十分なDNA量が確保できなかった。3例について、その血液DNAおよび原発巣のDNAとともに、200遺伝子でのtarget deep sequencing (x1000)を行い、原発巣との比較を行った。1例については、原発巣の変異の50％について血漿cfDNAのexomenにて検出ができ、IM(転移）と判断した。2例については、cfDNAでの変異検出が不十分であり、判定不能であった。
（２）IPMT（膵管内乳頭粘液性腫瘍）の膵液cfDNA変異プロファイによる膵がん進展の予測
IPMTの膵液を和歌山医大および山梨医大にて採取し、膵液中のcfDNAの抽出を行った。
これらの微量なcfDNAおよび血液または手術標本の正常組織からのDNAより、NGS
ライブラリーの構築を行い、exome captureを行い、次世代シークエンスにてexome解析を行った。合計43例について、exomeを施行し、40例について、データ解析が可能なシークエンス量を確保できた。これらのexomeより1つの解析パイプラインにて、体細胞変異の同定をおこない、8個から8606個のアミノ酸変化をともなう体細胞変異を同定した。IPMTの組織で変異が報告されているKRAS変異は21例、GNAS変異は20例について、それらの膵液のexomeにて検出できた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
（１）再発性肝がんのcfDNA変異プロファイルによる転移性(IM)・多中心性発生(MC)の鑑別 については、解析技術の感度が依然不十分であり、研究がやや遅れている。
しかし、（２）IPMT（膵管内乳頭粘液性腫瘍）の膵液cfDNA変異プロファイによる膵がん進展の予測 については、想定以上に解析の感度がでてきているので、順調に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
（１）は、さらにシークエンスdepthをかせぐため、肝癌の標的遺伝子を200から100にさらに絞りこみ、x3000以上のdepthのシークエンスを行う予定である。また、低頻度での変異を検出できるアルゴリズムを複数使ってみて感度を上げる予定である。
（２）については、がん合併と相関がある変異遺伝子について、切除標本からがん細胞をマクロダイセクションを行ってDNAを抽出し、その変異は確認する。
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