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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Liquid biopsy sequencing for liver cancer and pancreatic tumor

Research Project

Project/Area Number 15H04814
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

中川 英刀  国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山上 裕機  和歌山県立医科大学, 医学部, 教授 (20191190)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
KeywordsLiquid biopsy / シークエンス / 肝臓がん / 膵臓がん / IPMT / 膵液
Outline of Annual Research Achievements

IPMT49例の膵液及ぶ血液からのDNAを抽出し、エクソーム解析を行った。このうち、十分量の膵液cfDNAが回収できやのが37例であり、これらについて、deep sequencingを行い、ポイント変異およびコピー数異常の検出を行った。コピー数異常に関しては、新規のフィルター方法を開発し、GISTICS2にて、TP53がある17p13やMyc遺伝子のある8q24の領域の増幅などを検出した。ポイン変異は、KRAS,GNAS,TP53,RNA43などを検出した。これら膵液DNAの変異情報と臨床病理情報との関連解析を行い、IPMTの病理学的悪性度(グレード)と関連するゲノムマーカーを複数同定した。
肝癌血漿cfDNAについては、7例の血漿cfDNAについて、molecular-barcodingのついたライブラリーの作成を行い、肝癌ターゲット遺伝子(約100遺伝子)について濃縮を行い、depp sequencing (x8000)を行った。また、対応する肝癌と白血球のDNAについてもターゲットシークエンスを行い、変異を同定し、血漿cfDNAで検出した変異と比較した。アルゴリズムの大幅な修正を行い、VAFが1%程度の変異は高い精度で同定することができるようになったが、依然、1%のVAFについてはノイズの鑑別が難しく、さらなるアルゴリズムの改良とddPCRでの確認作業を行っている。また、13例追加の肝臓がんのTACE後の血漿からcfDNAを抽出し、molecular-barcodingのついたライブラリーの作成を行った。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (5 results)

All 2017 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] ヴェローナ大学(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      ヴェローナ大学
  • [Int'l Joint Research] ブロード研究所/ハーバード大学+MIT(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ブロード研究所/ハーバード大学+MIT
  • [Journal Article] Genomic characterization of biliary tract cancers identifies their driver genes and predisposing mutations2017

    • Author(s)
      Wardell CP, Fujita M, et al.
    • Journal Title

      J Hepatol

      Volume: 68 Pages: 959-969

    • DOI

      10.1016/j.jhep.2018.01.009

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Whole genome sequencing discriminates hepatocellular carcinoma with intrahepatic metastasis from multi-centric tumors2017

    • Author(s)
      Furuta M, Ueno M, Fujimoto A, Hayami S, Yasukawa S, Kojima F, Arihiro K, Kawakami Y, Wardell CP, Shiraishi Y, Tanaka H, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tokunaga N, Boroevich KA, Abe T, Aikata H, Ohdan H, Gotoh K, Kubo M, Tsunoda T, Miyano S, Chayama K, Yamaue H, and Nakagawa H
    • Journal Title

      J Hepatol

      Volume: 66 Pages: 363-373

    • DOI

      10.1016/j.jhep.2016.09.021

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cell-free DNAのシークエンス解析の課題2017

    • Author(s)
      中川 英刀
    • Organizer
      NGS現場の会
    • Invited

URL: 

Published: 2018-12-17  

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