2017 Fiscal Year Annual Research Report
Liquid biopsy sequencing for liver cancer and pancreatic tumor
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15H04814
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
中川 英刀 国立研究開発法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山上 裕機 和歌山県立医科大学, 医学部, 教授 (20191190)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | Liquid biopsy / シークエンス / 肝臓がん / 膵臓がん / IPMT / 膵液 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
IPMT49例の膵液及ぶ血液からのDNAを抽出し、エクソーム解析を行った。このうち、十分量の膵液cfDNAが回収できやのが37例であり、これらについて、deep sequencingを行い、ポイント変異およびコピー数異常の検出を行った。コピー数異常に関しては、新規のフィルター方法を開発し、GISTICS2にて、TP53がある17ｐ13やMyc遺伝子のある8ｑ24の領域の増幅などを検出した。ポイン変異は、KRAS,GNAS,TP53,RNA43などを検出した。これら膵液DNAの変異情報と臨床病理情報との関連解析を行い、IPMTの病理学的悪性度（グレード）と関連するゲノムマーカーを複数同定した。
肝癌血漿cfDNAについては、7例の血漿cfDNAについて、molecular-barcodingのついたライブラリーの作成を行い、肝癌ターゲット遺伝子（約100遺伝子）について濃縮を行い、depp sequencing (ｘ8000）を行った。また、対応する肝癌と白血球のDNAについてもターゲットシークエンスを行い、変異を同定し、血漿cfDNAで検出した変異と比較した。アルゴリズムの大幅な修正を行い、VAFが1％程度の変異は高い精度で同定することができるようになったが、依然、1％のVAFについてはノイズの鑑別が難しく、さらなるアルゴリズムの改良とddPCRでの確認作業を行っている。また、13例追加の肝臓がんのTACE後の血漿からcfDNAを抽出し、molecular-barcodingのついたライブラリーの作成を行った。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Whole genome sequencing discriminates hepatocellular carcinoma with intrahepatic metastasis from multi-centric tumors2017
Author(s)
Furuta M, Ueno M, Fujimoto A, Hayami S, Yasukawa S, Kojima F, Arihiro K, Kawakami Y, Wardell CP, Shiraishi Y, Tanaka H, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tokunaga N, Boroevich KA, Abe T, Aikata H, Ohdan H, Gotoh K, Kubo M, Tsunoda T, Miyano S, Chayama K, Yamaue H, and Nakagawa H
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Journal Title
J Hepatol
Volume: 66
Pages: 363-373
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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