2017 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation on molecular mechanism for progression of pulmonary alveolar proteinosis by next generation sequencing.
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15H04829
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
中田 光 新潟大学, 医歯学総合病院, 教授 (80207802)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坂上 拓郎 新潟大学, 医歯学総合病院, 講師 (00444159)
田澤 立之 新潟大学, 医歯学総合病院, 准教授 (70301041)
牛木 隆志 新潟大学, 医歯学総合病院, 講師 (80579152)
北村 信隆 新潟大学, 医歯学総合病院, 特任教授 (90224972)
井上 義一 独立行政法人国立病院機構(近畿中央胸部疾患センター臨床研究センター), 臨床研究センター, 臨床研究センター長 (90240895)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 肺胞蛋白症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成29年度では、自己免疫性肺胞蛋白症患者及び健常末梢血中に、自己抗体をB細胞受容体にもつB細胞が存在することを確認し、その細胞をソートし、抽出したRNAより、自己抗体可変部のcDNA配列データベースの作成を試みた。 10人の患者で、重鎖が450万read、軽鎖が15万readの粗配列データを得、質の低いreadをbioimformatic toolにより除去し、国際免疫グロブリン情報システム（IMGT/High V-QUEST）により、偽遺伝子を排除し、V、J領域のgermline 配列を推定し、かつJunction領域の配列をannotateした。非常に多くのPCR error による多様性について、全ての配列を１）使用しているV領域アリル ２）J領域アリル ３）Junction領域の塩基数 でクラスターに分類し、Hamming Distance法により、PCR errorによるvariationをまとめ、全シークエンスをクローンにまとめた。自己抗体クローンは、IgG型が100～400クローン、IgM型が50～600クローンあることが分かった。deep sequenceにより、得られたデータベースから判明したことは、【1】体細胞超変異により生じたvariationは高々0.6%であり、ほとんどのクローンが異なるNaive B細胞に由来することがわかった。【2】重鎖では、V領域のgerm line alleleのうち、 6 alleleが頻繁に用いられ J領域では、60％のクローンが J4 alleleを用いていた。つまり、VJ領域ともにusageは偏っていた。【3】IgG型クローンは、体細胞超変異率が平均7.8％と活発に変異していたが、IgM型クローンのそれは、平均0.5％と低く、ほとんどがNaive B細胞であることが示唆された。【4】健常者のcDNA配列データベースも上記１）～３）の特徴を有していることが分かった。
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| Research Progress Status |
平成29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成29年度が最終年度であるため、記入しない。
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