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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Identification of human genetic factors associated with tuberculosis and associated diseases through the meta-analysis and new statistical approaches

Research Project

Project/Area Number 15H05271
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

徳永 勝士  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (40163977)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 莚田 泰誠  国立研究開発法人理化学研究所, その他, 研究員 (40392146)
野内 英樹  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 客員研究員 (60437845)
大前 陽輔  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任助教 (70722552)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywordsゲノム / 感染症 / 結核 / 遺伝子 / 遺伝統計 / 医療・福祉
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、ゲノム情報を用いて結核症の感受性遺伝子を探索するとともに、それを診断および治療に繋げることである。

東京大学の研究チームは、理化学研究所、結核予防会、タイ保健省医科学局、インドネシア・ヤルシ大学等のアジアの研究チームと共同研究ネットワークを形成している。本研究計画では、多因子疾患の感受性遺伝子探索の為の新たな統計解析法を開発するとともに、国際結核人類遺伝コンソーシアム(International Tuberculosis Human Genetics Consortium: ITHGC)のゲノムデータを活用して集団間の違いを考慮した結核症の遺伝要因の解明を目指す。

平成29年度は、新たな統計解析法開発として、ゲノム上で離れた複数遺伝子によるハプロタイプが自己免疫疾患に関連する報告に注目し、1Mb以上離れた複数遺伝子が関与するハプロタイプを集団毎に網羅的に解析する手法を開発した。人類遺伝学分野で保有するゲノムワイド関連解析(GWAS)データを活用して解析した結果、6番染色体のHLA領域を含め様々な染色体部位にハプロタイプが検出され、その頻度は集団特異的であった。そして、原発性胆汁性胆管炎(Primary biliary cholangitis:PBC)のGWASデータから、PBCと関連する2つのハプロタイプを同定した。本成果を日本人類遺伝学会で発表し論文化を進めている。また、11月にITHGCの会議を東京で行い、一塩基多型(SNP: Single Nucleotide Polymorphism)毎の国際メタ解析から新しい結核症感受性遺伝子領域を同定した成果について論文化を進めている。並行して、抗結核薬による肝障害に関して、我々自身が収集した日本人・タイ人・インドネシア人各集団のサンプルにおけるGWASならびに国際メタ解析を実施し、その成果の論文化を進めている。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2017 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Int'l Joint Research] St. Jude Children's Research Hospital/Massachusetts General Hospital(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      St. Jude Children's Research Hospital/Massachusetts General Hospital
  • [Int'l Joint Research] Oxford University(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Oxford University
  • [Int'l Joint Research] タイ保健省医科学局/Mahidol University(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      タイ保健省医科学局/Mahidol University
  • [Int'l Joint Research] Yarsi University(インドネシア)

    • Country Name
      INDONESIA
    • Counterpart Institution
      Yarsi University
  • [Journal Article] Pathogen lineage-based genome-wide association study identified CD53 as susceptible locus in tuberculosis2017

    • Author(s)
      Omae Y, Toyo-Oka L, Yanai H, Nedsuwan S, Wattanapokayakit S, Satproedprai N, Smittipat N, Palittapongarnpim P, Sawanpanyalert P, Inunchot W, Pasomsub E, Wichukchinda N, Mushiroda T, Kubo M, Tokunaga K, Mahasirimongkol S
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 62 Pages: 1015-1022

    • DOI

      10.1038/jhg.2017.8

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Strain-based HLA association analysis identified HLA-DRB1*09:01 associated with modern strain tuberculosis2017

    • Author(s)
      Toyo-Oka L, Mahasirimongkol S, Yanai H, Mushiroda T, Wattanapokayakit S, Wichukchinda N, Yamada N, Smittipat N, Juthayothin T, Palittapongarnpim P, Nedsuwan S, Kantipong P, Takahashi A, Kubo M, Sawanpanyalert P, Tokunaga K
    • Journal Title

      HLA

      Volume: 90 Pages: 149-156

    • DOI

      10.1111/tan.13070

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genome-Wide Association and Replication Study of Hepatotoxicity Induced by Antiretrovirals Alone or with Concomitant Anti-Tuberculosis Drugs2017

    • Author(s)
      Petros Z, Lee MT, Takahashi A, Zhang Y, Yimer G, Habtewold A, Schuppe-Koistinen I, Mushiroda T, Makonnen E, Kubo M, Aklillu E
    • Journal Title

      OMICS

      Volume: 21 Pages: 207-216

    • DOI

      10.1089/omi.2017.0019

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] :感染症におけるヒトゲノム・病原体ゲノム解析: シンポジウム「ゲノム医科学の新展開」2017

    • Author(s)
      徳永勝士
    • Organizer
      生命科学系学会合同年次大会
    • Invited
  • [Presentation] Meta-analysis of NAT2 Genotypes and the Risk for Anti-tuberculosis Induced Liver Injury (ATDILI)2017

    • Author(s)
      Suvichapanich S, Zarah H, Mushiroda T, Mahasirimongkol S, Toyo-oka L, Chaikledkaew U, Jittikoon J, Yuliwulandari R, Yanai H, Wattanapokayakit S, Tokunaga K
    • Organizer
      The 15th International Congress of Therapeutic Drug Monitoring & Clinical Toxicology 2017 (IATDMCT 2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 免疫関連疾患、特に感染症のヒト遺伝要因2017

    • Author(s)
      徳永勝士
    • Organizer
      Advanced Seminar Series on Microbiology and Immunology、大阪大学微生物病研究所
    • Invited
  • [Presentation] HLA as predominant genetic factors for autoimmune diseases, infectious diseases and adverse drug reactions2017

    • Author(s)
      Tokunaga K
    • Organizer
      The 17th International HLA & Immunogenetics Workshop, Asilomar, USA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 複数遺伝子ハプロタイプの発見と自己免疫疾患リスクとの相関Long multigene haplotypes: their discovery, specificity to populations, and associations with autoimmune disease risk2017

    • Author(s)
      Yasui Y, Moon W, Im C, Nakamura M, Tokunaga K
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第62回大会
  • [Presentation] Gene expression signature as a potential treatment monitoring biomarker for active tuberculosis in Thailand2017

    • Author(s)
      Miyahara R, Satproedprai N, Wichukchinda N, Yanai H, Toyo-oka L, Tokunaga K, Mahasirimongkol S
    • Organizer
      the 67th Annual Meeting of The American Society of Human Genetics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The association between the ratio of monocytes to lymphocytes and incidence of tuberculosis among antiretroviral treatment-naive HIV-infected adults in Lampang, northern Thailand2017

    • Author(s)
      Tsuchiya N, Wichukchinda N, Mahasirimongkol S, Rojanawiwat A, Naranbhai V, Yanai H, Tokunaga K, Ariyoshi K, Pathipvanich P, Sawanpanyalert P
    • Organizer
      The 21st International Epidemiological Association (IEA) World Congress of Epidemiology (WCE2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Monocyte/Lymphocyte Ratio predict the risk of Tuberculosis among HIV-infected population in Mae Chan, Thailand2017

    • Author(s)
      Miyahara R, Piyaworawong S, Tsuchiya N, Prechamat P, Kriengwatanapong P, Wongyai J, Bupachat S, Yamada N, Summanapan S, Mahasirimongko S, Yanai H
    • Organizer
      The 21st International Epidemiological Association (IEA) World Congress of Epidemiology (WCE2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 東京大学大学院医学系研究科人類遺伝教室

    • URL

      http://www.humgenet.m.u-tokyo.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 結核菌遺伝系統特異的に結核症発症のリスクを判定する方法2017

    • Inventor(s)
      東京大学、理化学研究所、タイ保健省医科学局
    • Industrial Property Rights Holder
      東京大学、理化学研究所、タイ保健省医科学局
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2017-150296

URL: 

Published: 2018-12-17  

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