2016 Fiscal Year Annual Research Report
HLA imputation法を用いた自己免疫疾患のバイオマーカーの同定
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15H05670
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
岡田 随象 大阪大学, 医学系研究科, 教授 (70727411)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | HLA遺伝子 / 遺伝統計学 / 疾患ゲノム解析 / HLA imputation法 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヒト主要組織適合性複合体（major histocompatibility complex; MHC）領域内のHLA遺伝子配列の個人差は、多数の自己免疫疾患の遺伝的背景の大半を説明し、個別化医療への応用に際して重要である。しかしながら、データ取得や解析手法の難解さにより、原因HLA遺伝子多型の同定が遅れていた。平成28年度の研究においては、HLA遺伝子多型を遺伝統計解析手法によりコンピューター上で高精度に決定する、「HLA imputation法」の日本人集団への適用拡大を行った。平成27年度に実施したサンプルとは独立に、新たに日本人集団1200名を対象に、MHC領域内における高密度一塩基多型（SNP）およびHLA遺伝子配列を実験的に決定した。新学術領域ゲノム支援班の支援対象課題に採択されたことにより、従来より研究が進められている古典的HLA遺伝子だけでなく、機能解明が進んでいない非古典的HLA遺伝子の一部においても、次世代シークエンサーを用いた配列決定を実施することができた。複数の情報解析パイプラインを統合することで、次世代シークエンサー出力ファイルからのHLA遺伝子配列決定を高精度に実施することが可能にした。
上記参照パネルを用いてのHLA imputation法の適用を、自己免疫疾患の1つである関節リウマチの日本人集団ゲノムワイド関連解析データに適用することで、非古典的遺伝子の1つであるHLA-DOA遺伝子上のゲノム変異が、HLA-DRB1、HLA-DPB1、HLA-Bといった従来より知られている古典的HLA遺伝子におけるアミノ酸多型とは独立に、疾患リスクを有することを報告した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
次世代シークエンサーの出力データからHLA遺伝子配列を高精度で実施する解析パイプラインを確立し、日本人集団における有用性を示すことができたため。
HLA imputation法を、日本人集団における関節リウマチのゲノムワイド関連解析データに適用することで、非古典的HLA遺伝子の1つであるHLA-DOAが疾患リスクを有することを報告したため。非古典的HLA遺伝子の疾患感受性の報告例は少なく、価値のある成果と考えられたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
新たに作成した日本人集団の参照パネルを用いて、日本人集団における自己免疫疾患の大規模疾患ゲノムワイド関連解析に対するHLA imputation法の実施と、疾患バイオマーカーとしてのHLA遺伝子多型の探索を行う。
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[Journal Article] Contribution of a Non-classical HLA Gene, HLA-DOA, to the Risk of Rheumatoid Arthritis2016
Author(s)
Okada Y, Suzuki A, Ikari K, Terao C, Kochi Y, Ohmura K, Higasa K, Akiyama M, Ashikawa K, Kanai M, Hirata J, Suita N, Teo YY, Xu H, Bae SC, Takahashi A, Momozawa Y, Matsuda K, Momohara S, Taniguchi A, Yamada R, Mimori T, Kubo M, Brown MA, Raychaudhuri S, Matsuda F, Yamanaka H, Kamatani Y, Yamamoto K
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Journal Title
Am J Hum Genet
Volume: 99
Pages: 366-374
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Genetic risk of extranodal natural killer T-cell lymphoma: a genome-wide association study.2016
Author(s)
Li Z, Xia Y, Feng LN, Chen JR, Li HM, Cui J, Cai QQ, Sim KS, ..., Okada Y, Raychaudhuri S, Lim ST, Tan W, Peng RJ, Khor CC, Bei JX
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Journal Title
Lancet Oncol
Volume: 17
Pages: 1240-1247
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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