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2017 Fiscal Year Annual Research Report

人工RNPナノシステムを活用した細胞プログラミング技術の創出

Research Project

Project/Area Number 15H05722
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

齊藤 博英  京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (20423014)

Project Period (FY) 2015-05-29 – 2020-03-31
KeywordsRNA / RNP / 生体内発現 / 合成生物学 / 分化 / 幹細胞 / 再生医療
Outline of Annual Research Achievements

本年度では、細胞内の状態変化に応じた自律的な遺伝子操作を実現し、安全かつ精密な細胞運命制御技術を開発するために以下の研究を実施した。
(1)細胞内部の状態を検知し、目的外来遺伝子発現のオン・オフを切り替えることができる人工RNAスイッチシステムを構築し、目的細胞を精密に同定すると同時に、その運命を特異的に制御する新技術を開発した。モデル細胞にてフローサイトメーターを用いずに90%以上の純度で細胞を選別することに成功した。これまで抗体とフローサイトメーターで取得していたが、本年度の成果により細胞内の情報を元に目的の細胞を大量に取得する技術を構築できると考えられ、再生医療への応用が期待される。また、(2) タンパク質を細胞内で集積しグラニュールを構築した。今後、RNA結合タンパク質と組み合わせ、タンパク質及びRNAの局在を空間的に制御できる人工RNA-protein構造体を開発することで、細胞機能や細胞内構造体自体の構築原理の解明を行う予定である。(3)RNAのライブラリを細胞内に導入することで、特異的な細胞内環境に応答するRNAをセレクションする技術を開発した。この技術を用いて、細胞種特異的に翻訳制御されるmiRNAスイッチを網羅的に検出することに成功しており、検出されたmiRNAスイッチの活性は、個々のスイッチを用いて得られた活性と高い相関を示すことが示されている。今後はこの技術を用いて、希少細胞等の価値の高い細胞で特異的に翻訳制御されるmRNAを探索し、移植医療のための細胞を選別するためのRNAスイッチの開発に利用する。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究で掲げた3つの課題のうち、課題1「RNAスイッチによる標的細胞の選別と運命制御」については、細胞のマイクロRNA活性に基づいて細胞種を識別することに成功しているほか、フローサイトメーターを用いずに大量の細胞を調製するための基礎技術の開発に成功し、医療への応用も視野に入る段階となっており、当初の目標はぼぼ達成している。課題2「タンパク質の細胞内空間配置を制御する人工RNAナノ構造体の設計と構築」については、細胞内での特定のタンパク質の集積・局在化に成功し、それによる細胞シグナルの制御にも成功している。また、新たに細胞内にタンパク質グラニュールを人工的に構築する手法を取り入れた。これを改良し、グラニュール内にRNAを取り込むことで人工RNA-protein複合体を構築し、RNAの局在等を制御することで細胞の翻訳や細胞自体の運命制御を試みている。課題3「生細胞内における人工RNPシステム進化系の創出」については、細胞内の標的タンパク質に応答し、対象遺伝子の発現を制御できる人工RNA配列を取得する実験系の開発を始めている。これまでに、人工的なRNAスイッチライブラリを合成し、これを細胞内にてセレクションすることで、目的の細胞で機能するRNAスイッチを取得する方法をモデル細胞で確立した。以上のように、研究は計画通りに順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

本研究で達成を目指す3つの課題について、それぞれ以下のように研究を進める。
(1) これまでに、miRNAに応答するスイッチを組み合わせることで、特定の細胞のみをフローサイトメーターを用いずに取得する方法を確立したので、これをiPS細胞から分化した心筋、神経細胞へ適用することで移植用の細胞を大量に取得する方法を確立する。
(2) RNA-protein グラニュールを構築し、RNA結合タンパク質の種類、個数、RNA側の結合モチーフの数などのパラメーターから、グラニュールの構築原理の解明を行う。さらに、RNA-protein相互作用を利用することで、グラニュールによる翻訳制御を行う。
(3) これまでに、合成RNAライブラリを外部から細胞内に導入し、細胞内でセレクションを行う方法をモデル細胞で確立した。合成RNAライブラリの塩基修飾の拡張、RNAライブラリの配列またはモチーフの拡張を行うとともに、希少細胞において同様に細胞内セレクションが可能であるかどうかを検討する。

  • Research Products

    (34 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 14 results) Book (1 results) Remarks (4 results) Patent(Industrial Property Rights) (8 results) (of which Overseas: 5 results)

  • [Journal Article] Protein-driven RNA nanostructured devices that function in vitro and control mammalian cell fate2017

    • Author(s)
      Shibata Tomonori、Fujita Yoshihiko、Ohno Hirohisa、Suzuki Yuki、Hayashi Karin、Komatsu Kaoru R.、Kawasaki Shunsuke、Hidaka Kumi、Yonehara Shin、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 8 Pages: 540

    • DOI

      10.1038/s41467-017-00459-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Efficient, Selective Removal of Human Pluripotent Stem Cells via Ecto-Alkaline Phosphatase-Mediated Aggregation of Synthetic Peptides2017

    • Author(s)
      Kuang Yi、Miki Kenji、Parr Callum J.C.、Hayashi Karin、Takei Ikue、Li Jie、Iwasaki Mio、Nakagawa Masato、Yoshida Yoshinori、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: 24 Pages: 685~694.e4

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2017.04.010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthetic mRNA devices that detect endogenous proteins and distinguish mammalian cells2017

    • Author(s)
      Kawasaki Shunsuke、Fujita Yoshihiko、Nagaike Takashi、Tomita Kozo、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: e117~e117

    • DOI

      10.1093/nar/gkx298

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell-type-specific genome editing with a microRNA-responsive CRISPR?Cas9 switch2017

    • Author(s)
      Hirosawa Moe、Fujita Yoshihiko、Parr Callum?J.?C.、Hayashi Karin、Kashida Shunnichi、Hotta Akitsu、Woltjen Knut、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: e118~e118

    • DOI

      10.1093/nar/gkx309

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] microRNA応答スイッチシステムによるヒト細胞状態の可視化と目的細胞の選別2017

    • Author(s)
      中西秀之, 齊藤博英
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 75 Pages: 488~494

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] miRNA応答性CRISPR-Cas9システムを用いた細胞種特異的なゲノム編集法2017

    • Author(s)
      弘澤萌, 齊藤博英
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 35 Pages: 3139~3147

  • [Journal Article] Competition between translation initiation factor eIF5 and its mimic protein 5MP determines non-AUG initiation rate genome-wide2017

    • Author(s)
      Tang Leiming、Morris Jacob、Wan Ji、Moore Chelsea、Fujita Yoshihiko、Gillaspie Sarah、Aube Eric、Nanda Jagpreet、Marques Maud、Jangal Maika、Anderson Abbey、Cox Christian、Hiraishi Hiroyuki、Dong Leiming、Saito Hirohide、Singh Chingakham Ranjit、Witcher Michael、Topisirovic Ivan、Qian Shu-Bing、Asano Katsura
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: 11941~11953

    • DOI

      10.1093/nar/gkx808

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Synthetic RNA technologies to program cells2018

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      The SPIRITS INTERNATIONAL SYMPOSIUM 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNAスイッチ:標的細胞の自在な選別と運命制御2018

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      平成29年度 第6回 再生医療サポートビジネス講話会
    • Invited
  • [Presentation] RNAタンパク質複合体(RNP)研究2018

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      エーザイ 筑波サイエンス道場
    • Invited
  • [Presentation] Synthetic RNA switch technologies to purify and program target cell types2017

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      14th US-Japan Symposium on Drag Delivery Systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNAナノデバイスによる細胞プログラミング2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第30回 バイオエンジニアリング講話会
    • Invited
  • [Presentation] 翻訳を制御するRNAスイッチ:標的細胞の選別と運命制御2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • Invited
  • [Presentation] Synthetic RNA-protein nanostructured devices that function in vitro and in cells2017

    • Author(s)
      齊藤博英, 大野博久
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] RNAナノテクノロジーを活用した細胞運命の人為的制御法の開発2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第6回「産業基盤の創生」研究成果発表プログラム
    • Invited
  • [Presentation] RNAスイッチとiPS細胞研究への応用2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      富士フイルム創薬セミナー
    • Invited
  • [Presentation] RNAスイッチによるiPS細胞分離選択技術と創薬2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      東京大学薬学部 ヒト細胞創薬学寄附講座
    • Invited
  • [Presentation] Synthetic RNA switches & nanodevices for cell programming2017

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      FIBER International summit for nucleic acids2017
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNAスイッチ: 分子デザインと医療応用へのアプローチ2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第33回 日本DDS学会学術集会
    • Invited
  • [Presentation] Synthetic RNA switch technologies to distinguish and program living cells2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第43回 内藤カンファレンス
    • Invited
  • [Presentation] RNAテクノロジーを活用した細胞運命制御2017

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      東京大学 システム生物医学セミナー
    • Invited
  • [Book] ナノテクノロジーが拓く未来の医療 (キヤノン財団ライブラリー)2017

    • Author(s)
      浅沼浩之, 櫻井敏彦, 吉原利忠, 松浦和則, 黒田俊一, 立松健司, 奥野貴士, 片山佳樹, 伊藤嘉浩, 山本拓矢, 新倉謙一, 齊藤博英, 村田昌之, 加納ふみ
    • Total Pages
      254
    • Publisher
      丸善プラネット
    • ISBN
      978-4-86345-363-0
  • [Remarks] 細胞内でタンパク質を検出して運命制御できる「RNA ナノマシン」の構築

    • URL

      http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/170915-080000.html

  • [Remarks] 細胞種に応じてゲノム編集を制御する技術を開発

    • URL

      http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/170519-210001.html

  • [Remarks] 細胞内のタンパク質を検出できる合成mRNAスイッチの開発

    • URL

      http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/170519-210000.html

  • [Remarks] 合成ペプチドを用いて未分化iPS細胞を効率的・選択的に除去する手法を開発

    • URL

      http://www.cira.kyoto-u.ac.jp/j/pressrelease/news/170519-083000.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] miRNA応答性マーカー遺伝子を有するmRNAライブラリ作製法2017

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 藤田祥彦
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2017-209406
  • [Patent(Industrial Property Rights)] miRNAの発現を指標として細胞の分化を継続的に可視化可能なベクター、遺伝子導入剤及びこれらを用いた可視化方法2017

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 中西秀之
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      15/697,831
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 高発現性mRNAスイッチ2017

    • Inventor(s)
      齊藤博英, イ・クアン, パー・カラム
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2017-136469
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 巨核球細胞群における細胞の不均一性を識別する方法2017

    • Inventor(s)
      江藤浩之, 齊藤博英, 他五名
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学, 株式会社メガカリオン
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2017/033518
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] miRNAの発現に応答して蛋白質遺伝子を発現させる方法2017

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 藤田祥彦
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2017/023513
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNA構造ライブラリ2017

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 小松リチャード馨
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2017/023607
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 細胞特異的にヌクレアーゼを制御する方法2017

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 弘澤萌
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2017/018742
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] ドーパミン産生細胞の分離方法2017

    • Inventor(s)
      高橋淳, 森実飛鳥, 春原匡, 齊藤博英, 他二名
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2017-156213

URL: 

Published: 2021-12-27  

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