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2019 Fiscal Year Annual Research Report

人工RNPナノシステムを活用した細胞プログラミング技術の創出

Research Project

Project/Area Number 15H05722
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

齊藤 博英  京都大学, iPS細胞研究所, 教授 (20423014)

Project Period (FY) 2015-05-29 – 2020-03-31
Keywords生体分子 / 合成生物学 / 再生医学 / RNA / 進化分子工学 / ナノバイオ / 核酸 / RNP
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、(1) RNAスイッチによる標的細胞の選別と運命制御、(2) タンパク質の細胞内空間配置を制御する人工RNAナノ構造体の設計と構築、(3) 生細胞内における人工RNPシステム進化系の創出、の3つの課題の達成を通して、細胞内の状態に応じた自律的な遺伝子操作を実現し、安全かつ精密な細胞運命制御技術を開発することを目的としている。
各課題について、本年度は以下の成果を得た。
(1) RNAスイッチによる細胞制御に関しては、複数種類のマイクロRNAに応答するmRNAスイッチをデザインし、数値解析と組み合わせることで、より精密に標的細胞を識別する手法を開発した。これにより、人工mRNAを細胞に直接導入することで、様々な細胞が混在する不均一な細胞集団から、生きたまま目的の細胞を識別・選別することが可能となった。また、RNAスイッチを応用した細胞特異的なゲノム編集や、miRNA応答性オンスイッチの開発など、RNAスイッチ技術の拡張にも成功した。
(2) RNAナノ構造体に関しては、タンパク質に応答して形態や機能が変化しうるRNAナノ構造体に加えて、低分子に応答する「リボスイッチナノ構造体」の設計、開発に成功した。これらRNAナノ構造体を分子足場として使うことで、細胞の状態に応じた、より精密な細胞内分子の空間配置制御が実現できると期待される。
(3) 人工RNPシステム進化系については、標的タンパク質に応答して、外来遺伝子の発現を制御できる人工RNA配列を取得する実験系を開発した。また、RNA構造に着目し、天然のトランスクリプトームから抽出したRNA構造単位をライブラリー化することで、標的タンパク質との相互作用を一度の実験で大規模に定量できる新技術、FORESTを開発した。これにより、様々なRNA結合タンパク質がどのようなRNA配列と構造を好んで結合するのかを明らかにした。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (25 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 2 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 8 results) Book (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results)

  • [Journal Article] Light-controllable RNA-protein devices for translational regulation of synthetic mRNAs in mammalian cells2021

    • Author(s)
      Nakanishi Hideyuki、Yoshii Tatsuyuki、Kawasaki Shunsuke、Hayashi Karin、Tsutsui Keita、Oki Choji、Tsukiji Shinya、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2021.01.002

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Caliciviral protein-based artificial translational activator for mammalian gene circuits with RNA-only delivery2020

    • Author(s)
      Nakanishi Hideyuki、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 1297

    • DOI

      10.1038/s41467-020-15061-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] RNA and protein-based nanodevices for mammalian post-transcriptional circuits2020

    • Author(s)
      Kawasaki Shunsuke、Ono Hiroki、Hirosawa Moe、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Current Opinion in Biotechnology

      Volume: 63 Pages: 99~110

    • DOI

      10.1016/j.copbio.2019.11.019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Orthogonal Protein-Responsive mRNA Switches for Mammalian Synthetic Biology2019

    • Author(s)
      Ono Hiroki、Kawasaki Shunsuke、Saito Hirohide
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 9 Pages: 169~174

    • DOI

      10.1021/acssynbio.9b00343

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MicroRNA-Based Separation of Cortico-Fugal Projection Neuron-Like Cells Derived From Embryonic Stem Cells2019

    • Author(s)
      Sunohara Tadashi、Morizane Asuka、Matsuura Satoshi、Miyamoto Susumu、Saito Hirohide、Takahashi Jun
    • Journal Title

      Frontiers in Neuroscience

      Volume: 13 Pages: 1141

    • DOI

      10.3389/fnins.2019.01141

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Editorial overview: Mammalian synthetic biology: from devices to multicellular systems2019

    • Author(s)
      Saito Hirohide、Yokobayashi Yohei
    • Journal Title

      Current Opinion in Chemical Biology

      Volume: 52 Pages: A1~A2

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2019.07.010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Numerical operations in living cells by programmable RNA devices2019

    • Author(s)
      Endo Kei、Hayashi Karin、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 5 Pages: eaax0835

    • DOI

      10.1126/sciadv.aax0835

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cell-Type-Specific CRISPR Activation with MicroRNA-Responsive AcrllA4 Switch2019

    • Author(s)
      Hirosawa Moe、Fujita Yoshihiko、Saito Hirohide
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 8 Pages: 1575~1582

    • DOI

      10.1021/acssynbio.9b00073

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nanoparticle-based local translation reveals mRNA as a translation-coupled scaffold with anchoring function2019

    • Author(s)
      Kashida Shunnichi、Wang Dan Ohtan、Saito Hirohide、Gueroui Zoher
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 116 Pages: 13346~13351

    • DOI

      10.1073/pnas.1900310116

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mammalian gene circuits with biomolecule-responsive RNA devices2019

    • Author(s)
      Nakanishi Hideyuki、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Current Opinion in Chemical Biology

      Volume: 52 Pages: 16~22

    • DOI

      10.1016/j.cbpa.2019.04.013

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNA nanostructures and scaffolds for biotechnology applications2019

    • Author(s)
      Ohno Hirohisa、Akamine Sae、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Current Opinion in Biotechnology

      Volume: 58 Pages: 53~61

    • DOI

      10.1016/j.copbio.2018.11.006

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] RNA を基盤としたiPS 細胞の医療応用への試み2020

    • Author(s)
      藤田祥彦, 齊藤博英
    • Organizer
      核酸化学懇話会2020
  • [Presentation] RNA Switch Technology ~細胞の精密な選別と運命制御~2020

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第10回べンチャー創設支援フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] RNA technologies to control cell fate2019

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第19回遺伝子デリバリー研究会シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] iPS細胞・合成生物学の課題と人工知能への期待2019

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      人工知能学会全国大会 企画セッション22世紀チャレンジ
    • Invited
  • [Presentation] RNAで細胞の運命を制御する2019

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      日本組織培養学会 第92回大会
    • Invited
  • [Presentation] 標的細胞特異的に遺伝子の実現や機能を制御するRNA2019

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      日本核酸医薬学会 第5回年会
    • Invited
  • [Presentation] Expanding the RNP world in cells2019

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      日本核酸化学会設立記念国際シンポジウム
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] FOREST: RNAモチーフライブラリを用いたRNPインタラクトームの大規模定量解析2019

    • Author(s)
      小松 リチャード馨、田谷敏貴、松本宙、宮下映見、樫田俊一、齊藤博英
    • Organizer
      第21回 日本RNA学会年会
  • [Presentation] Synthetic RNA technologies to control cell fate2019

    • Author(s)
      Hirohide Saito
    • Organizer
      2nd Conference on Biomotors, Virus Assembly, and Nanobiotechnology Applications
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNA合成生物学による細胞制御と医療への応用2019

    • Author(s)
      齊藤博英
    • Organizer
      第35回阪大医療組織工学フォーラム
    • Invited
  • [Book] 人類はなぜ宇宙へ行くのか2019

    • Author(s)
      土山明, 大野博久, 齊藤博英, 水村好貴, 大塚敏之, 山敷庸亮, 呉羽真, 大野照文
    • Total Pages
      160
    • Publisher
      朝倉書店
    • ISBN
      4254155239
  • [Patent(Industrial Property Rights)] mRNAスイッチ及びこれを用いたタンパク質の発現制御方法2019

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 川﨑俊輔, 弘澤萌, 小野紘貴
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      JP2019-218386
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 標的遺伝子を編集する蛋白質を細胞特異的に制御する方法2019

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 弘澤萌
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      JP2019-102749
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNAのキャッピング方法、修飾RNAの製造方法、及びRNA2019

    • Inventor(s)
      齊藤博英, 大野博久, 赤峰冴
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人京都大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      JP2019-073163

URL: 

Published: 2023-12-25  

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