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2016 Fiscal Year Annual Research Report

核生成

Research Project

Project/Area Number 15H05731
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

木村 勇気  北海道大学, 低温科学研究所, 准教授 (50449542)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川野 潤  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (40378550)
田中 今日子  北海道大学, 低温科学研究所, 学術研究員 (70377993)
Project Period (FY) 2015-05-29 – 2020-03-31
Keywordsナノ / 水和層 / 結晶成長 / その場観察 / 透過電子顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、1)気相からの核生成実験、2)計算機シミュレーション、3)核生成の透過電子顕微鏡(TEM)中その場観察実験の3つのアプローチを行うことで、核生成過程を、前駆体や水和層のかかわりを含めて解明することを目的としている。本年度の実績を、それぞれ以下に記す。
1)鉄の気相から固相への均質核生成実験を行った結果、これまで100%と考えられていた付着確率が,実は0.002%程度であり、核生成は非常に起こりにくいことが分かった、この成果は天文学へと波及し、宇宙における鉄の主要な存在形態は金属であるという通説を覆し、天文学に新たな問題を提起することになった。
また、気相からの均質核生成による酸化物ナノ粒子の生成過程を、赤外スペクトルでその場測定した結果、核生成の初期には、成長ユニットがランダムに配列した液滴状粒子が現れ、その後、結晶相の核生成により、微粒子が生成することを明らかにできた。結晶成長分野で最近注目されている多段階核生成の解明に迫る成果である。
2)これまで分子動力学計算による気相から液相への相変化の均質核生成過程の研究は多数あるが、気相から固相への相変化の再現は難しかった。今回、長い待ち時間を計算することで、最大1500万の希ガス分子を用いて、気相から過冷却液滴への核生成と液滴からの結晶化という多段階核生成過程の再現に成功した。液滴の結晶化はある程度大きく成長してから起きること、生成されたナノ結晶は5回対称性を持つ準結晶を含むこと、また結晶化する際には蒸発を伴うなどの新たな知見が得られた。
3)溶液中でタンパク質の結晶ができる瞬間をTEMで捉えた結果、不規則に密集して結晶化の土台となる粒子(ガラス状粒子)と,その上にゆったりと不規則に集まった後に結晶に変化する粒子(液滴状粒子)の2種類の非結晶粒子がタンパク質の結晶化を促進することを解明した成果を論文として発表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

1)気相からの核生成実験では、鉄ナノ粒子の物理定数の決定に成功した。また、酸化物ナノ粒子(酸化チタンと酸化アルミニウム)の核生成過程を赤外スペクトルでその場測定することで、構造の経時変化を捉えることにも成功し、成果は順調に挙がっている。これらの成果は、当初の予想を超えて天文学、惑星科学分野への大きな波及効果があり、Science AdvancesやChemistry of Materialsといった高IFのジャーナルに掲載された。
2)計算機シミュレーションを元にした成果として5編の査読付き論文を公表しており、研究は当初の予定通りに進捗している。3)核生成の透過電子顕微鏡(TEM)中その場観察実験では、リゾチームタンパク質結晶の核生成過程のその場観察に成功し、その成果をPNASで発表しており、予定通りに成果がでている。

Strategy for Future Research Activity

H29年度は、1)気相からの核生成実験において、これまでに開発してきた多波長干渉計と高速偏光カメラを用いて、カラー干渉像と位相シフト干渉像を同時に取得する。昨年度に引き続き、水の核生成実験を進めると共に、本基盤研究Sで新しく見つかった、酸化物ナノ粒子の多段階核生成過程に関して、さらに研究を進める。また、2)の計算機シミュレーションでは、1)の実験で得られた結果との類似性から、実験と計算機シミュレーションを合わせたアプローチにより、核生成過程に迫る。まずは、酸化物ナノ粒子の多段階核生成過程を支配する、2段階目の核生成過程におけるクラスターの初期構造を探索し、実験で得られた過程の検証を行い、多段階核生成の物理的解釈を試みる。さらに、通常の無機ナノ粒子では観察の難しい、結晶の核生成時の欠陥導入機構、および、成長初期過程における欠陥の揺らぎとナノ領域の特異性に関して、3)の核生成のTEM中“その場”観察をタンパク質に適用することで明らかにしていく。

  • Research Products

    (50 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Acknowledgement Compliant: 7 results,  Open Access: 1 results) Presentation (32 results) (of which Int'l Joint Research: 10 results,  Invited: 6 results) Book (1 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] Jozef Stefan Institute(スロベニア)

    • Country Name
      SLOVENIA
    • Counterpart Institution
      Jozef Stefan Institute
  • [Int'l Joint Research] Universite Grenoble Alpes/CNRS(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Universite Grenoble Alpes/CNRS
  • [Int'l Joint Research] University of Houston/NASA Goddard Space Flight Center/The George Washington University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Houston/NASA Goddard Space Flight Center/The George Washington University
  • [Journal Article] 溶液成長における non-classical pathway2017

    • Author(s)
      川野潤、Henry Teng
    • Journal Title

      日本結晶成長学会誌

      Volume: 44 Pages: 17-24

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Comprehensive study of thermal desorption of grain-surface species by accretion shocks around protostars2017

    • Author(s)
      Hitoshi Miura, Tetsuo Yamamoto, Hideko Nomura, Taishi Nakamoto, Kyoko K. Tanaka, Hidekazu Tanaka, Makiko Nagasawa
    • Journal Title

      The Astrophysical Journal

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Two types of amorphous protein particles facilitate crystal nucleation2017

    • Author(s)
      Tomoya Yamazaki, Yuki Kimura, Peter G. Vekilov, Erika Furukawa, Manabu Shirai, Hiroaki Matsumoto, Alexander E. S. Van Driessche, Katsuo Tsukamoto
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 114 Pages: 2154-2159

    • DOI

      10.1073/pnas.1606948114

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Pure iron grains are rare in the universe2017

    • Author(s)
      Yuki Kimura, K. K. Tanaka, T. Nozawa, S. Takeuchi, Y. Inatomi
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 3 Pages: e1601992

    • DOI

      10.1126/sciadv.1601992

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 大規模分子動力学計算による核生成の研究~古典的核生成理論の検証と改良2017

    • Author(s)
      田中今日子
    • Journal Title

      日本結晶成長学会誌

      Volume: 44 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Two-step Process in Homogeneous Nucleation of Alumina in Supersaturated Vapo2016

    • Author(s)
      Shinnosuke Ishizuka, Yuki Kimura, Tomoya Yamazaki, Tetsuya Hama, Naoki Watanabe, Akira Kouchi
    • Journal Title

      Chemistry of Materials

      Volume: 28 Pages: 8732-8741

    • DOI

      10.1021/acs.chemmater.6b04061

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] In Situ FT-IR Study on the Homogeneous Nucleation of Nanoparticles of Titanium Oxides from Highly Supersaturated Vapor2016

    • Author(s)
      Shinnosuke Ishizuka, Yuki Kimura, Tomoya Yamazaki
    • Journal Title

      Journal of Crystal Growth

      Volume: 450 Pages: 168-173

    • DOI

      10.1016/j.jcrysgro.2016.06.036

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Reply to “Comment on ‘Simple improvements to classical bubble nucleation models’ ”2016

    • Author(s)
      Kyoko K. Tanaka, Hidekazu Tanaka, Raymond Angelil, Juerg Diemand
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 94 Pages: 026802 (1-4)

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.94.026802

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 1D Oriented Attachment of Calcite Nanocrystals: Formation of Single-Crystalline Rods through Collision2016

    • Author(s)
      Mihiro Takasaki, Yuki Kimura, Tomoya Yamazaki, Yuya Oaki, Hiroaki Imai
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 6 Pages: 61346-61350

    • DOI

      10.1039/c6ra09452j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Assembling Interferometers and In-Situ Observation of Ambient Environments and Solid-Liquid Interfaces2016

    • Author(s)
      Yuki Kimura, Kenta Murayama, Tomoya Yamazaki, Takao Maki
    • Journal Title

      Progress in Crystal Growth and Characterization of Materials

      Volume: 62 Pages: 400-403

    • DOI

      10.1016/j.pcrysgrow.2016.04.022

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Observing crystal growth processes in computer simulations2016

    • Author(s)
      H. Nada, H., Miura, J. Kawano, T. Irisawa
    • Journal Title

      Progress in Crystal Growth and Characterization of Materials

      Volume: 62 Pages: 404-407

    • DOI

      10.1016/j.pcrysgrow.2016.04.023

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 微小重力環境における気相からのアルミナナノ粒子の核生成実験2017

    • Author(s)
      木村勇気、石塚紳之介、田中今日子、竹内伸介、稲富裕光
    • Organizer
      日本物理学会 第72回年次大会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-17
  • [Presentation] 気相から固相への多段階核生成の分子動力学シミュレーション2017

    • Author(s)
      田中今日子, Juerg Dieman, 田中秀和, Raymond Angelil
    • Organizer
      日本物理学会 第72回年次大会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-17
  • [Presentation] イネ葉身に形成されるアモルファスシリカの形態による構造比較2017

    • Author(s)
      小瀬義樹・尾崎紀昭・三輪京子・川野 潤
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-17
  • [Presentation] 溶液透過型電子顕微鏡法が明らかにするリゾチームタンパク質の結晶化2017

    • Author(s)
      山﨑智也、木村勇気
    • Organizer
      結晶から見る地球科学~新鉱物発見、人工結晶から初期生命まで~
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2017-03-07 – 2017-03-07
  • [Presentation] 核生成過程の大規模分子動力学シミュレーション2017

    • Author(s)
      田中今日子
    • Organizer
      「自然科学における階層と全体」シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋ルーセントタワー(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2017-02-14 – 2017-02-15
    • Invited
  • [Presentation] 航空機を用いた微小重力実験による宇宙ダストの初期形成プロセスの解明2017

    • Author(s)
      木村勇気、石塚紳之介、Sturm Saso、田中今日子、山﨑智也、齋藤史明、佐藤陽亮、稲富裕光
    • Organizer
      第31回 宇宙環境利用シンポジウム
    • Place of Presentation
      宇宙科学研究所(神奈川県相模原市)
    • Year and Date
      2017-01-16 – 2017-01-17
  • [Presentation] 観測ロケットを用いた微小重力実験による宇宙ダストの核生成2017

    • Author(s)
      木村勇気、石塚紳之介、田中今日子、野沢貴也、左近樹、竹内伸介、松原英雄、稲富裕光
    • Organizer
      第17回 宇宙科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      宇宙科学研究所(神奈川県相模原市)
    • Year and Date
      2017-01-05 – 2017-01-06
  • [Presentation] 大規模分子動力学シミュレーションによる古典核生成理論の検証と改良2016

    • Author(s)
      田中今日子
    • Organizer
      計算機センター特別研究プロジェクト 『結晶成長の数理』第11回研究会 核生成再考 ~古典核生成理論を越えて~
    • Place of Presentation
      学習院大学(東京都豊島区)
    • Year and Date
      2016-12-17 – 2016-12-18
    • Invited
  • [Presentation] 核生成の理解に向けた結晶化初期過程の"その場"観察実験2016

    • Author(s)
      木村勇気
    • Organizer
      計算機センター特別研究プロジェクト 『結晶成長の数理』第11回研究会 核生成再考 ~古典核生成理論を越えて~
    • Place of Presentation
      学習院大学(東京都豊島区)
    • Year and Date
      2016-12-17 – 2016-12-18
    • Invited
  • [Presentation] Formation experiments of cosmic dust analogues in microgravity environments2016

    • Author(s)
      木村勇気
    • Organizer
      第33回 Grain Formation Workshop
    • Place of Presentation
      休暇村 志賀島(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-12-12 – 2016-12-14
  • [Presentation] 航空機を用いた微小重力実験2016

    • Author(s)
      木村勇気、斎藤史明、佐藤陽亮、中坪俊一、石塚紳之介、山﨑智也
    • Organizer
      第22回 低温科学研究所 技術部 技術報告会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-12-02 – 2016-12-02
  • [Presentation] 成長/溶解するCaCO3近傍におけるpH/Ca濃度変化の可視化の試み2016

    • Author(s)
      川野潤、豊福高志、長井裕季子、河田佐知子、永井隆哉
    • Organizer
      日本鉱物科学会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2016-09-25 – 2016-09-25
  • [Presentation] 大規模分子動力学シミュレーションによる気泡の核生成過程および古典的理論の改良2016

    • Author(s)
      田中今日子, 田中秀和, Juerg Diemand, Raymond Angelil
    • Organizer
      プラズマシミュレータシンポジウム2016
    • Place of Presentation
      核融合研究所(岐阜県多治見市)
    • Year and Date
      2016-09-07 – 2016-09-08
    • Invited
  • [Presentation] In-situ TEM Observation Reveals Early Stages of Crystallization Governed by Singular Phenomena of Nanoparticles2016

    • Author(s)
      Yuki Kimura, Tomoya Yamazaki
    • Organizer
      The 18th International Conference on Crystal Growth and Epitaxy
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2016-08-07 – 2016-08-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In-situ IR measurement of homogeneous nucleation of alumina from supersaturated vapor on ground and under uG2016

    • Author(s)
      S. Ishizuka, Y. Kimura, T. Yamazaki, I. Sakon, Y. Inatomi
    • Organizer
      The 18th International Conference on Crystal Growth and Epitaxy
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2016-08-07 – 2016-08-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Computational Investigation of the Onset of Nucleation by Anharmonic Downward Distortion Following Method2016

    • Author(s)
      J. Kawano, S. Maeda, T. Nagai
    • Organizer
      The 18th International Conference on Crystal Growth and Epitaxy
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2016-08-07 – 2016-08-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In-situ Observation Techniques for Studying the Protein Crystal Growth in Space2016

    • Author(s)
      T. Yamazaki, K. Tsukamoto, I. Yoshizaki, S. Fukuyama, H. Miura, T. Shimaoka, T. Maki, K. Oshi, Y. Kimura
    • Organizer
      The 18th International Conference on Crystal Growth and Epitaxy
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2016-08-07 – 2016-08-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In-situ observation studies of nucleation and dissolution processes2016

    • Author(s)
      Yuki Kimura
    • Organizer
      The 16th International Summer School on Crystal Growth
    • Place of Presentation
      同支社大学リトリートセンター(滋賀県大津市)
    • Year and Date
      2016-08-01 – 2016-08-07
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 水の凝縮核生成の分子動力学計算2016

    • Author(s)
      田中今日子, Raymond Angelil, 田中秀和, Juerg Diemand
    • Organizer
      低温物質の界面・ナノ現象ワークショップ2016
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-07-13 – 2016-07-13
  • [Presentation] 雪の昇華過程のその場観察と水・氷の均質核生成実験に向けて2016

    • Author(s)
      木村勇気
    • Organizer
      低温物質の界面・ナノ現象ワークショップ2016
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-07-13 – 2016-07-13
  • [Presentation] 固体微粒子の凝縮・結晶化の分子動力学シミュレーション2016

    • Author(s)
      田中今日子, Juerg Diemand, 田中秀和, Raymond Angelil
    • Organizer
      新学術領域「宇宙分子進化」全体集会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-07-11 – 2016-07-12
  • [Presentation] Advanced TEM studies give us new perspectives in water-mineral reactions2016

    • Author(s)
      Yuki Kimura
    • Organizer
      International Workshop on Water-mineral Interactions
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-07-04 – 2016-07-04
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Droplet Nucleation and Crystallization in Large-Scale Molecular Dynamics Simulation2016

    • Author(s)
      K. K. Tanaka, H. Tanaka, J. Diemand, R. Angelil
    • Organizer
      Goldschmidt Conference 2016
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2016-06-26 – 2016-07-01
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Investigation of the effect of Mg2+ incorporation on the structure of CaCO3 clusters by the anharmonic downward distortion following method2016

    • Author(s)
      J. Kawano, S. Maeda, T. Nagai
    • Organizer
      Goldschmidt Conference 2016
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2016-06-26 – 2016-07-01
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Elucidating the early stages of protein crystallization by TEM2016

    • Author(s)
      Yuki Kimura, Tomoya Yamazaki
    • Organizer
      Goldschmidt Conference 2016
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2016-06-26 – 2016-07-01
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 観測ロケットS-520-30号機を用いたアルミナとシリカの気相からの核生成実験2016

    • Author(s)
      木村勇気、石塚紳之介、山﨑智也、左近樹、田中今日子、竹内伸介、稲富裕光
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2016年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県千葉市)
    • Year and Date
      2016-05-22 – 2016-05-26
  • [Presentation] 微小重力下におけるアルミナの均一核生成過程の赤外スペクトルその場測定2016

    • Author(s)
      石塚紳之介、木村勇気、山﨑智也、左近 樹、稲富 裕光
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2016年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県千葉市)
    • Year and Date
      2016-05-22 – 2016-05-26
  • [Presentation] 透過型電子顕微鏡を用いたタンパク質の結晶化における準安定相の直接観察2016

    • Author(s)
      山﨑智也、木村勇気
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2016年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県千葉市)
    • Year and Date
      2016-05-22 – 2016-05-26
  • [Presentation] 溶解/成長する炭酸カルシウム近傍におけるpH変化の可視化の試み2016

    • Author(s)
      川野潤, 豊福高志, 長井裕季子, 河田佐知子, 板垣璃沙, 永井隆哉
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2016年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県千葉市)
    • Year and Date
      2016-05-22 – 2016-05-26
  • [Presentation] 降着衝撃波による氷ダスト表面吸着分子の昇華:脱離エネルギーが分布を持つ場合2016

    • Author(s)
      三浦 均、山本 哲生、野村 英子、中本 泰史、田中 今日子、田中 秀和、長沢 真樹子
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2016年大会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県千葉市)
    • Year and Date
      2016-05-22 – 2016-05-26
  • [Presentation] 液相からの気泡核生成の大規模分子動力学計算による気泡表面張力の算出2016

    • Author(s)
      田中今日子, 田中秀和, Raymond Angelil, Juerg Diemand
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2016年大会
    • Place of Presentation
      千幕張メッセ(千葉県千葉市)
    • Year and Date
      2016-05-22 – 2016-05-26
  • [Presentation] Nucleation of interstellar dust2016

    • Author(s)
      Yuki Kimura
    • Organizer
      International School of Crystallography for Space Sciences
    • Place of Presentation
      メキシコ、プエブラ
    • Year and Date
      2016-04-17 – 2016-04-29
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] New perspectives on mineral nucleation and growth: Fromv solution precursors to solid materials2017

    • Author(s)
      Yuki Kimura, Katsuo Tsukamoto
    • Total Pages
      13
    • Publisher
      Springer
  • [Remarks] 北海道大学 プレスリリース タンパク質結晶ができる瞬間をナノスケールで観察

    • URL

      http://www.hokudai.ac.jp/news/170214_pr.pdf

  • [Remarks] 微小重力環境を利用した星の"かけら"の再現実験 鉄の存在形態の通説を否定,鉄はどこに!?

    • URL

      http://www.hokudai.ac.jp/news/170119_pr.pdf

  • [Remarks] 川野研究室ホームページ

    • URL

      www.kawano-lab.com

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Published: 2018-01-16   Modified: 2022-10-14  

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