2016 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of a novel X-chromosomal short tandem repeat marker
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15H06632
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| Research Institution | Jikei University School of Medicine |
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Principal Investigator |
西 健喜 東京慈恵会医科大学, 医学部, 助教 (70759472)
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| Project Period (FY) |
2015-08-28 – 2017-03-31
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| Keywords | DNA多型 / STR / X染色体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Xp22領域において71kb以内に存在する近接した4つの4塩基STR locusを検出し、Sequenceによる構造解析、塩基長解析によるPopulation dataの収集と法医学的統計データ（多型性、識別能など）の算出、ハプロタイプ解析によるLocus間の連鎖解析を行った。国際塩基配列データベース（INSD）への登録を行い、Accession numberも取得済みである。
これら4つのLocusはTAAA、CTTT、TATCおよびGATAの4塩基の挿入・欠失の少ない単純反復構造であった。ハプロタイプ解析において3つのLocusの間での連鎖不平衡が確認されており、連鎖した関係性を持つ事が確認された。このことからも複雑な血縁鑑定において有用なLocusとなると考えられる。また塩基長解析において迅速かつ高効率なデータ収集が行えるようMultiplex PCRを用いた同時解析方法を開発した。これにより他機関における上記4 LocusのPopulation Dateの収集、血縁関係調査への利用が容易になると考えられる。
上記Locusの他に、5塩基を基本単位としたSTR locusと90kb以内に存在する3つの4塩基STR locusを検出し、Sequence解析による内部配列の解析、塩基長解析によるPopulation dataの収集および法医学的統計データの算出が終了している。
5塩基のSTR locusはTATAAを基本単位とした反復構造を取り、多型性は既存のLocusに比べて劣るが、他のLocusとの連鎖した関係に期待の出来るLocusであった。
90kb以内に存在する3つの4塩基STR locusはTTTA、TATCおよびGGAAを基本単位とした反復構造である。多型性・識別能共に既存のLocusと比較しても遜色ない値を示しており、独立した座位として個人識別に適応可能だと考えられた。
今後はこれらのLocusに関してINSDへの登録を行った後、他のLocusとの連鎖関係を調査したいと考える。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(4 results)
