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2017 Fiscal Year Annual Research Report

未知補因子が関与するRNA硫黄転移機構の構造基盤

Research Project

Project/Area Number 15J01961
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

陳 明皓  北海道大学, 生命科学院, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2015-04-24 – 2018-03-31
KeywordstRNA転写後修飾 / 硫黄転移 / 鉄硫黄クラスター
Outline of Annual Research Achievements

本年度はTtuAの活性部位周辺の残基に網羅的にアラニン変異を導入したのち、HPLCを用いてTtuAの酵素活性実験、また水銀ゲルを用いてTtuBの脱硫実験を行った。その結果、残基Ser55、Asp59、Asp161およびLys137にアラニン変異を導入すると酵素活性がほぼまたは完全に阻害されることを見出した。構造情報から、前者の3残基は基質塩基のアデニル化、後者の1残基はTtuBの脱硫反応に関与する仮説を立てた。
TtuAに含まれている[4Fe4S]型鉄硫黄クラスターは、活性部位に進入するTtuBまたは硫黄イオンと配位できるとX線結晶構造より観測されている。しかし、この推定された鉄硫黄クラスターの機能は結晶中だけでなく、溶液中における動的な状態をも確認する必要があった。そこで私は電子スピン共鳴(ESR)法に注目した。ESRは分子中に存在する孤立電子対を観測する分光学的な手法であり、鉄硫黄クラスターなどの無機金属補因子の状態を調べるのに適している。今年度は佐賀大学の堀谷正樹助教の協力を得て、i)TtuA単体、ii)カルボキシル化TtuB存在下、iii) チオカルボキシル化TtuB存在下、iv)Na2S存在下における鉄硫黄クラスターの配位状態をEPR法を用いて測定し、それぞれに明確な違いが観測された: 何も加えない場合鉄硫黄クラスターのESRスペクトルはRhombic型に対して、カルボキシル化TtuBを加えるとaxial型に変化し、さらにチオカルボキシル化TtuBおよびNa2Sを加えた時ではTtuA単体の時と異なるRhombic型のスペクトルが得られている。これらの実験結果から、鉄硫黄クラスターは結晶中だけでなく、溶液中でもリガンド分子と配位結合を形成することが確認された。現在はこれまでに得られた実験結果をまとめて、国際誌への投稿を準備している。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (7 results)

All 2018 2017

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Heme Binding to Porphobilinogen Deaminase from Vibrio cholerae Decelerates the Formation of 1-Hydroxymethylbilane2018

    • Author(s)
      Uchida Takeshi、Funamizu Takumi、Chen Minghao、Tanaka Yoshikazu、Ishimori Koichiro
    • Journal Title

      ACS chemical biology

      Volume: 13 Pages: 750~760

    • DOI

      10.1021/acschembio.7b00934

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biochemical and structural characterization of oxygen-sensitive 2-thiouridine synthesis catalyzed by an iron-sulfur protein TtuA2017

    • Author(s)
      Chen Minghao、Asai Shin-ichi、Narai Shun、Nambu Shusuke、Omura Naoki、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Ikeda-Saito Masao、Watanabe Kimitsuna、Yao Min、Shigi Naoki、Tanaka Yoshikazu
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 114 Pages: 4954~4959

    • DOI

      10.1073/pnas.1615585114

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 硫黄転移反応における鉄硫黄クラスターの役割の解明2017

    • Author(s)
      陳明皓
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第12回年会
  • [Presentation] 鉄硫黄クラスターが関与する新規硫黄転移機構の解明2017

    • Author(s)
      陳明皓
    • Organizer
      第17回リング・チューブ超分子研究会
  • [Presentation] 鉄硫黄クラスターが関与する新規硫黄転移機構の解明2017

    • Author(s)
      陳明皓
    • Organizer
      第17回タンパク質科学会年会
  • [Presentation] Investigating a novel tRNA thiolational modification mechanism involving an [4Fe-4S]cluster2017

    • Author(s)
      Minghao Chen
    • Organizer
      第43回内藤コンファレンス
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Elucidation of a novel RNA thiolation reaction mechanism involving an Fe-S cluster2017

    • Author(s)
      Minghao Chen
    • Organizer
      24th Pharmascience Forum
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-12-17  

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