ＮｘｒＢ遺伝子群に基づいた新規な亜硝酸酸化細菌の探索と系統学的な分類

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15J08166
• Research Institution: Waseda University
• Principal Investigator: 牛木 章友 早稲田大学, 先進理工学研究科, 特別研究員(DC2)
• Project Period (FY): 2015-04-24 – 2017-03-31
• Keywords: 機能遺伝子 / nxrB遺伝子 / FACS / LMD / in situ RCA-FISH

Outline of Annual Research Achievements

昨年度において、in situ RCA-FISHによってnxrB遺伝子を保持する微生物の蛍光標識に成功した。そこで今年度は蛍光標識した微生物を選択的に分離、同定を試みた。まず、in situ RCA-FISHによって標識した蛍光標識をセルソーティングシステム(FACS)で識別できるかを検討した。コントロールとしてnxrB遺伝子を保持するNitrospira sp. ND1株を使用した。In situ RCA-FISHによって蛍光標識したNitrospira sp. ND1株を超音波処理によって緩やかに分散し、回収した。回収したNitrospira sp. ND1株をFACSに供試し、蛍光標識に基づいて解析した。蛍光強度が高いエリアからソーティングを行い、観察を行った。しかしながら、蛍光顕微鏡による観察を行った結果、蛍光標識されているNitrospira sp. ND1株は確認されなかった。蛍光標識したNitrospira sp. ND1株がソーティングされない原因として、in situ RCA-FISHで蛍光標識したNitrospira sp. ND1株を超音波により回収する際に、蛍光プローブの乖離が考えられる。そこで、FACSによる回収は困難であると考え、レーザーマイクロダイセクションシステム（LMD）による回収に切り替えた。
上記のin situ RCA-FISHで蛍光標識したNitrospira sp. ND1株をLMDにより、回収を試みた結果、メンブレンフィルターをレーザーにより切り取ることに成功した。しかし、LMDで回収する際に直径約50μmの大きさで回収するため、目的のin situ RCA-FISHで蛍光標識した微生物以外の微生物も回収してしまう。したがって、LMDによる微生物の回収、同定も困難であった。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。