2015 Fiscal Year Research-status Report
多量体蛋白質の接触面二次構造による分類とデータベース公開
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15K00409
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| Research Institution | Soka University |
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Principal Investigator |
藤原 和夫 創価大学, 理工学部, 准教授 (90409780)
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2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 蛋白質間接触面 / 蛋白質複合体座標データ / データベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
生命現象に関する研究では、多量体タンパク質の立体構造データの利用は非常に有効である。構造データはProtein Data Bank (PDB)に蓄積されており、特定のタンパク質においても複数の構造データが存在するケースが多くある。本研究室では、タンパク質立体構造分類データベース（SCOPe）と多量体情報を組み合わせることにより、多量体情報を同一タンパク質ごとに一度に閲覧できるWEBサイトOLIGAMIを構築し公開している。
平成27年度は、新たに多量体接触面の二次構造の割合による分類とデータベースへの追加およびWEBインターフェースの開発、膜タンパク質情報のデータベースへの追加およびWEBインターフェースの開発、立体構造分類データベースCATH情報の追加とWEBインターフェースの開発を行った。これにより、多量体接触面の二次構造割合のタイプから多量体を閲覧すること、水溶性タンパク質または膜タンパク質だけをSCOPeおよびCATHの立体構造分類の階層に沿って閲覧することが可能となった。また多量体接触面における分子間βシート形成について解析を行い、多量体座標データ51898エントリーのうち31.5％に相当する16371エントリーが分子間βシートを形成していることが明らかとなり、タンパク質間相互作用において、β構造の重要であることが再確認された。今後はこれらの情報もデータベースに反映していく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成27年度には、①多量体のタンパク質接触面の分類、②膜タンパク質データベースの取り込み、③WEBサーバーの更新、④詳細検索ページの開発、以上、4つの内容を計画していた。しかし、平成28年度前半に計画していた、⑤接触面の二次構造タイプからの閲覧ページ開発と公開、について優先的に作業を進める必要性が発生し、平成27年度は、①、②、③、⑤の作業および計画には無かった立体構造分類データベースCATH情報の追加および閲覧ページ開発を行った。平成27年度に予定していた④については平成28年度前半に行うものとする。また②に関しては、構造分類の階層情報もOLIGAMIデータベースに登録する予定であったが、膜タンパク質のPDB IDのみの登録とした。
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| Strategy for Future Research Activity |
詳細検索ページの開発を行い、一度、夏休み中に公開できるよう作業を進める。また9月以降に分子間接触におけるモチーフについて解析し、平成29年度に解析内容をOLIGAMIデータベースに追加できるように進めていく。
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| Causes of Carryover |
当初、サーバーとハードディスクを購入する予定だったが、サーバーが想定より若干高額であった。そのためハードディスクの購入を取りやめたことにより、差額が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
特になし
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