2016 Fiscal Year Research-status Report
多量体蛋白質の接触面二次構造による分類とデータベース公開
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15K00409
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| Research Institution | Soka University |
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Principal Investigator |
藤原 和夫 創価大学, 理工学部, 准教授 (90409780)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 蛋白質間接触面 / 二次構造 / データベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
生命現象に関する研究では、多量体タンパク質の立体構造データの利用は非常に有効である。構造データはProtein Data Bank (PDB)に蓄積されており、特定のタンパク質においても複数の構造データが存在するケースが多くある。本研究室では、タンパク質立体構造分類データベース（SCOPe、CATH）および膜蛋白質データベース（OPM）に多量体情報を組み合わせることにより、多量体情報を同一タンパク質ごとに一度に閲覧できるWEBサイトOLIGAMIを構築し公開している。
当該年度は、詳細検索ページの開発および立体構造描画ページの改良を行い、公開した。これにより、昨年度、データベースに追加登録した蛋白質間接触面の二次構造割合情報を用いて、「蛋白質全体としてはβシート型の蛋白質で、かつ接触面の二次構造はαへリックスが中心となっている2量体」といった検索が可能となった。検索結果をテキストベースで出力することも出来るようにし、得られたリストを他のプログラムで利用し易くした。また、蛋白質間で接触している二次構造のペアについての調査を行った。αへリックス、βシート、その他の3種類の二次構造が接触する6種類の二次構造接触タイプを定義し、PDBに登録されている全多量体に含まれる141410の接触面ごとに二次構造接触タイプの割合を算出した。その結果、接触面を444種類に分類し、さらに接触面の大きさ（残基数）によりグループ分けを行うことができた。今後、接触モチーフの抽出を行うための基礎となるデータを得ることができた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
平成27年度および28年度には、以下6項目を計画していた。①多量体のタンパク質接触面の分類、②膜タンパク質データベースの取り込み、③WEBサーバーの更新、④詳細検索ページの開発、⑤接触面の二次構造タイプからの閲覧ページ開発と公開、⑥接触面二次構造タイプと多量体形成との関係性について、である。①～⑤に関しては、おおむね終了することができ、その成果をOLIGAMIデータベースに反映することができた。⑥に関しては、解析を完了し、平成29年度4月からデータベースへの登録およびOLIGAMIへの反映を行う予定であったが、基本的なデータを得るところまでしか進んでおらず、さらなる調査が必要である。研究の遅れの原因としては、研究代表者が、育児休暇の取得には至っていないが、育児により研究時間を減らしたためである。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成28年度に予定していた蛋白質接触モチーフの抽出作業を8月中に完了し、9月以降に、平成29年度に予定していた蛋白質接触モチーフ情報のOLIGAMIへの追加作業を行う。当初はすべて研究代表者が行うことを予定していたが、数名の学生に作業を依頼することで、遅れを取り戻せるよう努力する。
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| Causes of Carryover |
予定していた研究時間を確保できず、論文の執筆に遅れが生じ、平成28年度に使用予定だった英文添削費用が浮いてしまったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
8月中に論文を執筆し、英文添削を使用する。
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