2017 Fiscal Year Annual Research Report
Classification of oligomeric proteins by secondary structures of contact surface and release of database
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15K00409
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| Research Institution | Soka University |
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Principal Investigator |
藤原 和夫 創価大学, 理工学部, 准教授 (90409780)
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2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 蛋白質-蛋白質相互作用面 / 二次構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
生命現象に関する研究では、多量体タンパク質の立体構造データの利用は非常に有効である。構造データはProtein Data Bank (PDB)に蓄積されており、特定のタンパク質においても複数の構造データが存在するケースが多くある。本研究室では、タンパク質立体構造分類データベース（SCOPe、CATH）と多量体情報を組み合わせることによって、多量体情報を同一タンパク質ごとに一度に閲覧できるWEBサイトOLIGAMIを構築し公開している。
さらに接触面のタイプごとに閲覧が可能となる機能を追加することを目的として研究を進めた。当該年度までの成果として、次の2種類の情報を全多量体について解析を行った。一つは、サブユニット間接触面に含まれる二次構造の割合による接触面の分類情報である。αへリックス、βシート、その他の3種類の含まれる割合により7種類に分類し、接触している2つのサブユニットの接触面の組み合わせ情報として、28パターンに分類を行った。二つ目に、サブユニット間で接触している二次構造の接触パターンの簡易表記法を提案した。αへリックス、βシート、その他の3種類の二次構造が接触する6種類の二次構造接触ペアを定義し、接触面を6種類の接触ペアの割合により6桁の数字として表した。
当該年度は、PDBに登録されている全多量体の接触面の解析を行いOLIGAMIにて閲覧することができるようにデータベースに情報を登録し、改良を行った。これにより、サブユニット間の二次構造の接触割合パターンが類似している多量体ごとに構造を閲覧できるようになった。また詳細検索ページを新しい相互作用面二次構造情報に対応できるように改良を行い、検索結果を見やすくするために出力形式の修正も行った。これにより、「蛋白質全体としてβシート型の蛋白質で、かつ接触面では分子間βシートが形成されている2量体」といった検索が可能となった。
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