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2017 Fiscal Year Research-status Report

大規模分子シミュレーションによる有機ナノチューブ・ナノベシクル形成機構の解明

Research Project

Project/Area Number 15K05244
Research InstitutionKyoto Institute of Technology

Principal Investigator

藤原 進  京都工芸繊維大学, 材料化学系, 教授 (30280598)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 水口 朋子  京都工芸繊維大学, グローバルエクセレンス, 助教 (90758963)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords双頭型両親媒性分子 / 自己会合 / ナノベシクル / ナノチューブ / 分子シミュレーション / 散逸粒子動力学法 / 粗視化分子動力学法
Outline of Annual Research Achievements

両親媒性分子は、水中においてミセルやベシクルなどの様々な自己会合構造を自発的に形成する。昨年度は、両親媒性分子の剛直性が自己会合構造に及ぼす影響を明らかにするため、半屈曲性双頭型両親媒性分子を用いた散逸粒子動力学(DPD)シミュレーションを実行し、自己会合過程の解析を行った。双頭型両親媒性分子の分子モデルとして粗視化モデルを採用し、両側の親水基は1つの親水性粒子(A及びC)からなり、真ん中の疎水基は3つの疎水性粒子(B)からなる半屈曲性分子であるとした。また、溶媒粒子は1つの親水性粒子(S)でモデル化した。DPDシミュレーションにより得られた自己会合構造を解析した結果、屈曲性双頭型両親媒性分子の場合には現れなかった「チューブ」の形成を確認することができた。さらに、DPDシミュレーションにより得られた平衡構造の安定性を確かめるため、双頭型両親媒性分子の粗視化モデルに対する分子動力学(MD)シミュレーションを実行した。本年度は、DPDシミュレーションにより得られたチューブの安定性を解析した。MDシミュレーションで用いる双頭型両親媒性分子の粗視化モデルでは、親水性粒子(親水基A, C及び溶媒粒子S)と疎水性粒子Bの間、及び、2種類の親水基AとCの間の相互作用は斥力のみのtruncated-shifted レナード-ジョーンズ(LJ)ポテンシャル、それ以外の粒子間相互作用はLJポテンシャルで表す。まず、DPDシミュレーションにより得られたチューブを初期配置として用い、AS間の相互作用パラメータε_ASの様々な値に対してMDシミュレーションを実行した。その結果、相互作用パラメータε_ASの値が小さい場合は板状ミセルへ、大きい場合は球状ミセルへ形状変化することが分かった。また、中間の値に対してはチューブ形状を保つことが明らかになった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初予定していた通り、半屈曲性双頭型両親媒性分子を用いた散逸粒子動力学(DPD)シミュレーションを実行し、得られた平衡構造の解析も進んでいる。また、DPDシミュレーションにより得られた平衡構造を初期配置として分子動力学(MD)シミュレーションを実行し、DPDシミュレーションにより得られた平衡構造の安定性解析も進んでいるため。

Strategy for Future Research Activity

平成29年度までの研究をさらに推し進め、半屈曲性双頭型両親媒性分子を用いた分子動力学(MD)シミュレーションを実行する。様々な粒子間相互作用パラメータの値に対して得られたベシクルやチューブなどの平衡構造に対して、粒子間相互作用パラメータの値を変化させることにより、構造変化のダイナミクスを詳細に解析する。

  • Research Products

    (25 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Crystallization tendencies of modelled Lennard-Jones liquids with different attractions2018

    • Author(s)
      L.-C. Valdes, J. Gerges, T. Mizuguchi, and F. Affouard
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 148 Pages: 014501~014501

    • DOI

      https://doi.org/10.1063/1.5004659

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Local structure and phase transition in supercooled cyclohexane2017

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Soichi Tatsumi and Susumu Fujiwara
    • Journal Title

      Activity Report 2016, Supercomputer Center, MDCL ISSP University of Tokyo

      Volume: - Pages: 262-263

  • [Journal Article] Critical nucleus size for crystallization of supercooled liquids in two dimensions2017

    • Author(s)
      Mizuguchi Tomoko、Higeta Yuki、Odagaki Takashi
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 95 Pages: 042804

    • DOI

      https://doi.org/10.1103/PhysRevE.95.042804

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein-ligand binding affinity calculation by replica exchange thermodynamic integration2017

    • Author(s)
      O. Takarada, O. Ichikawa, K. Yamazaki, K. Fujimoto, T. Mizuguchi, A. Yamada, and S. Okazaki
    • Journal Title

      HPCI Research Report

      Volume: 2 Pages: 53

  • [Presentation] 拘束系のシクロヘキサンの液液転移に伴うダイナミクスの変化II2018

    • Author(s)
      水口朋子,辰巳創一,須藤亜紀乃,野田泰斗,Zach Evenson,藤原進
    • Organizer
      日本物理学会第73回年次大会
  • [Presentation] 高分子構造形成の分子動力学シミュレーション2018

    • Author(s)
      藤原 進
    • Organizer
      シンポジウム「高分子の物性測定とその応用」
    • Invited
  • [Presentation] 分子シミュレーションで解き明かすソフトマターの階層構造とダイナミクス2018

    • Author(s)
      藤原 進
    • Organizer
      「自然科学における階層と全体」シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 分子性液体の液体・液体相転移とそれに伴う構造変化2017

    • Author(s)
      水口朋子
    • Organizer
      第7回計算力学シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] メソポーラスシリカ中の水の構造に関するシミュレーション研究2017

    • Author(s)
      水口朋子、萩田克美、藤原進
    • Organizer
      平成29年度繊維学会秋季研究発表会
  • [Presentation] 高分子構造形成の基礎とシミュレーション ~フリーソフトOCTAを使ったPC実習付き~2017

    • Author(s)
      藤原 進
    • Organizer
      S&T出版セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Dissipative particle dynamics simulation for self-assembly of symmetric bolaamphiphilic molecules in a solution2017

    • Author(s)
      Susumu Fujiwara, Yoshiki Iida, Takehide Tsutsui, Tomoko Mizuguchi, Masato Hashimoto, Yuichi Tamura and Hiroaki Nakamura
    • Organizer
      26th International Toki Conference (ITC-26)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] メソポーラスシリカ内の水の構造に関するシミュレーション研究2017

    • Author(s)
      水口 朋子, 萩田 克美, 藤原 進
    • Organizer
      平成29年度繊維学会秋季研究発表会
  • [Presentation] Molecular dynamics study of micelle formation in an amphiphilic solution: Classification of micellar shapes2017

    • Author(s)
      Susumu Fujiwara, Tomoko Mizuguchi and Masato Hashimoto
    • Organizer
      The 36th JSST Annual Conference International Conference on Simulation Technology (JSST2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ポリエチレンの分岐鎖や環状鎖の結晶化挙動の粗視化MD解析2017

    • Author(s)
      萩田 克美, 岩岡 伸之, 藤原 進
    • Organizer
      日本物理学会2017年秋季大会
  • [Presentation] 高分子静止融液中でのキャビテーション2017

    • Author(s)
      橋本 雅人, 水口 朋子, 藤原 進
    • Organizer
      第66回高分子討論会
  • [Presentation] 帯電デンドリマーと線状高分子電解質の複合体化:デンドリマー世代数の効果2017

    • Author(s)
      小原 光徳, 藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • Organizer
      第66回高分子討論会
  • [Presentation] 溶液中における双頭型両親媒性分子の自己会合機構:散逸粒子動力学シミュレーション2017

    • Author(s)
      筒井 岳英, 藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • Organizer
      第66回高分子討論会
  • [Presentation] 結晶性高分子の融解記憶効果2017

    • Author(s)
      名部 哲史, 橋本 雅人, 藤原 進, 水口 朋子
    • Organizer
      第66回高分子討論会
  • [Presentation] 熱処理によって引き起こされる非晶高分子薄膜中の静止融液からのキャビテーション2017

    • Author(s)
      永松 詳平, 土井 淳嗣, 橋本 雅人, 水口 朋子, 藤原 進
    • Organizer
      第7回高分子物理学研究会
  • [Presentation] 双頭型両親媒性分子の自己会合に及ぼす分子の屈曲性の効果:散逸粒子動力学シミュレーション2017

    • Author(s)
      筒井 岳英, 藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • Organizer
      第7回高分子物理学研究会
  • [Presentation] 高分子構造形成の分子動力学シミュレーション2017

    • Author(s)
      藤原 進, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • Organizer
      2017年度【非線形問題の解法に関する研究会】第1回非線形・可視化部門研究会
  • [Presentation] Critical nucleus size for crystallization of a supercooled liquid in two dimensions2017

    • Author(s)
      Tomoko Mizuguchi, Yuki Higeta, Takashi Odagaki
    • Organizer
      8th International Discussion Meeting on Relaxations in Complex Systems
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 双頭型両親媒性溶液中における自己会合の散逸粒子動力学シミュレーション2017

    • Author(s)
      藤原 進, 高橋 雄, 筒井岳英, 水口 朋子, 橋本 雅人
    • Organizer
      第66回高分子学会年次大会
  • [Presentation] 高分子静止融液中でのキャビテーション2017

    • Author(s)
      大谷 純己, 橋本 雅人, 水口 朋子, 藤原 進
    • Organizer
      第66回高分子学会年次大会
  • [Remarks] ようこそ 藤原 進 のホームページヘ

    • URL

      http://www.cis.kit.ac.jp/~fujiwara/index-j.shtml

URL: 

Published: 2018-12-17  

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