配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化の普遍性の検証

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K06894
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 山田 洋一 金沢大学, 電子情報学系, 准教授 (30377402)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: ヒドロキシメチル化

Outline of Annual Research Achievements

申請者は、ヒト配列依存的アレル特異的メチル化のみならずマウス配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を世界に先駆けて同定し、疾患感受性の有無を規定する多型の作用機序をそれらに対するメチル化およびヒドロキシメチル化の有無が導く遺伝子発現差異を通して理解できることを示してきた。しかしながら、配列依存的アレル特異的メチル化はヒトおよびマウスにおいて普遍的に存在することが明らかになっている一方で、配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化は、どの程度マウスゲノム上に存在するかはわかっていない。そこで本研究では独自に開発した手法を用いて、配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化がマウスゲノム上でどの程度普遍的に存在するかを調べることを目的とした。
本年度は、互いに亜種関係にあり多くの多型を有するJF1マウスとB6マウスを相互に掛け合わせたJF1/B6マウスとB6/JF1マウスをそれぞれ作製し、これらの脳由来ゲノムを抽出した。JF1/B6とB6/JF1マウスの各2個体由来の脳ゲノムを用いて、既知の配列依存的アレル特異的メチル化領域6個が配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を受けているかを調べた。結果として、このうち一つがJF1/B6とB6/JF1マウスの各2個体において配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を受けていることがわかった。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度の当初の目的は、配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化がマウスゲノム上でどの程度普遍的に存在するかを調べることであった。本年度は配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化がそれ程高頻度に存在しないことが分かったため、おおむね順調に進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

JF1/B6マウスとB6/JF1マウスの各2個体由来の脳ゲノムを用いて、本年度で調べたものとは異なる既知の配列依存的アレル特異的メチル化領域が配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化を受けているか否かを調べる。