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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Development of new NMR method for studying structural dynamics of large molecular proteins

Research Project

Project/Area Number 15K06966
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

宮ノ入 洋平  大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (80547521)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
KeywordsNMR / 安定同位体標識 / 高分子量蛋白質複合体 / 蛋白質動態
Outline of Annual Research Achievements

本課題では、従来の溶液NMR法では対象となり得なかった、高分子量蛋白質および巨大蛋白質複合体について、核緩和機構を最適化した立体整列安定同位体標識(Stereo-array isotope labeling: SAIL)アミノ酸と高圧NMR法を駆使して、動態構造を解明する新たな手法を開発する事を目指す。
これまで、数種の核緩和最適化SAILアミノ酸を分子量82kDaのMSG及び分子量 1MDaに及ぶGroELES複合体に導入した。その結果、従来法では観測する事ができなかった芳香環や脂肪族のCHシグナルを高感度かつ立体特異的に観測することに成功した。また、様々なアミノ酸残基のメチル基CH3シグナルをアミノ酸特異的かつ立体特異的に、自在の組み合わせで標識する事にも成功した。この結果、シグナル同士の縮重が大幅に軽減され、シグナルの帰属さらには圧力変化に伴うシグナル変化を正確に捉えることが可能となった。実際MSGにおいては、圧力変化に伴い、一部の芳香環やメチル基のシグナルで、反転運動や回転異性体間の交換運動を捉える事に成功した。
平成29年度は、交換運動解析のためのEXSY実験を進めた。また、GroEL-GroES複合体を対象に、緩和最適化SAIL標識試料の調製ならびにNMR測定を進めた。Ile, Leu, ValおよびMet残基由来のメチルCH3シグナルの観測に成功した。特にMet残基由来のメチルシグナルでは、GroEL-ES複合体形成時には、化学交換によると思われるシグナルの広幅化や分裂が確認された。一方、芳香環由来のCHシグナルの観測においては、複合体形成時には十分な感度が得られず、一部のシグナルしか観測できなかった。今後、GroEL-GroES複合体における芳香環CHシグナルを高感度に観測するためには、更なる安定同位体標識技術の改良が必要とされる。

  • Research Products

    (11 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Harvard Medical School(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Harvard Medical School
  • [Journal Article] Biochemical characterization of the flagellar stator-associated inner membrane protein FliL fromVibrio alginolyticus2017

    • Author(s)
      Kumar Ananthanarayanan、Isumi Miyu、Sakuma Mayuko、Zhu Shiwei、Nishino Yuuki、Onoue Yasuhiro、Kojima Seiji、Miyanoiri Yohei、Imada Katsumi、Homma Michio
    • Journal Title

      Journal of biochemistry

      Volume: 161 Pages: 331~337

    • DOI

      10.1093/jb/mvw076

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and Functional Analysis of the C-Terminal Region of FliG, an Essential Motor Component of Vibrio Na + -Driven Flagella2017

    • Author(s)
      Miyanoiri Yohei、Hijikata Atsushi、Nishino Yuuki、Gohara Mizuki、Onoue Yasuhiro、Kojima Seiji、Kojima Chojiro、Shirai Tsuyoshi、Kainosho Masatsune、Homma Michio
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 25 Pages: 1540~1548

    • DOI

      10.1016/j.str.2017.08.010

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Relaxation Optimized SAIL-NMR method for studying structures and dynamics of protein complexes2018

    • Author(s)
      Yohei Miyanoiri
    • Organizer
      Frontiers of Multiscale Structural Biology: Order-disorder transitions and dynamic membrane interactions
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Relaxation Optimization using isotope labeling for studying larger proteins by NMR2018

    • Author(s)
      Yohei Miyanoiri
    • Organizer
      Symposium on Structure and Folding of Disease Related Proteins
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Relaxation Optimization using isotope labeling for studying larger proteins by NMR2017

    • Author(s)
      Yohei Miyanoiri
    • Organizer
      The 56th annual meeting of NMR Society of Japan
  • [Presentation] NMRで観る:高度な安定同位体標識技術を利用した高分子量蛋白質の動態構造解析法2017

    • Author(s)
      宮ノ入洋平
    • Organizer
      第21回 VBLシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 大阪大学蛋白質研究所におけるNMR共用プラットフォームの運用とSAIL-NMR法の新たな展開2017

    • Author(s)
      宮ノ入洋平
    • Organizer
      日本分光学会NMR分光部会
    • Invited
  • [Presentation] Relaxation-optimized SAIL NMR for structural studies of large proteins2017

    • Author(s)
      Yohei Miyanoiri
    • Organizer
      2nd Molecular, Cellular, and Life Sciences 2017
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] Experimental Approaches of NMR Spectroscopy; Isotope-Aided Methods for Biological NMR Spectroscopy: Past, Present, and Future2017

    • Author(s)
      Kainosho Masatsune、Miyanoiri Yohei、Takeda Mitsuhiro
    • Total Pages
      636
    • Publisher
      Springer
  • [Remarks] 大阪大学 蛋白質研究所 先端計測研究室

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/apc/nmr/

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-06-06  

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