2016 Fiscal Year Research-status Report
カメ類のミトコンドリア遺伝子と核遺伝子の大量比較に基づく分子進化特性の解明
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15K07169
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
熊澤 慶伯 名古屋市立大学, 大学院システム自然科学研究科, 教授 (60221941)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | カメ / ミトコンドリア遺伝子 / cDNA / RNAシーケンシング / 分子進化 / 系統解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、爬虫綱カメ目を構成する種から様々な核コードcDNAとミトコンドリアゲノムの塩基配列を決定し、核遺伝子とミトコンドリア遺伝子の分子進化特性を解明することを目的とする。
本年度は、カメ類ミトコンドリアゲノムの塩基配列決定を前年度に引き続き行い、一部配列が未完成の種を含め新たに５種のミトゲノム塩基配列を決定した。これらのミトゲノムがコードする37遺伝子は、ヒトミトゲノムと同じく、いわゆる脊椎動物の典型的なミトコンドリアDNA遺伝子配置を取っていたが、ND3やND4Lなどの遺伝子において読み枠にフレームシフトが存在した。
カロリナハコガメのRNA-SeqデータをもとにND3のcDNA塩基配列を復元したところ、フレームシフトの存在をcDNA塩基配列中に確認した。従って、このフレームシフトは、RNA編集などによってmRNAレベルで修復されず、翻訳時のフレームシフト機構によって対処されていることが示唆された。
今年度はさらに、ニホンイシガメの成体肝臓から、Illumina Miseqを用いてRNA-Seqデータを取得した。151bpのペアエンドデータで計41060588リードの塩基配列が取得され、アセンブルを行うことで99050個のコンティグを得た。我々が作成した相同性検索のツールを用い、この中にシナスッポンと共通する9673個の相同cDNA塩基配列が存在することが分かった。今後は、これらの相同コンティグ配列に対応する遺伝子を同定するとともに、分子進化特性を解明する核遺伝子の絞り込みを行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
カメ類のミトコンドリアDNA塩基配列の決定は概ね予定通り進行している。核コードのcDNA塩基配列に関するデータ取得の系も確立し、ニホンイシガメなどを用いてデータ取得が開始できている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、核コードのcDNA塩基配列に関するデータ取得を継続するとともに、インフォマティクスを用いた相同cDNA塩基配列の絞り込みを行う。また、ミトコンドリア遺伝子と核遺伝子で分子進化特性を比較する手法について検討を行っていきたい。
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| Causes of Carryover |
今年度実施予定であった次世代シーケンサーのランを翌年度に回したため、約20万円の次年度使用額が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
この実験は次年度７月頃に実施する予定であり、総合的に見れば研究計画に大きな変更は生じない。
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[Presentation] A unique gene horizontal transfer from predator to prey occurred between distinct vertebrate classes.2016
Author(s)
Yusuke Sato, Hideaki Mizuno, Kazuhiko Ohshima, Yoshinori Kumazawa, Zoltan T. Nagy, Akira Mori, Allen Allison, Stephen C. Donnellan, Hidetoshi Ota, Masaki Hoso, Nobuaki Furuno, Miguel Vences, and Atsushi Kurabayashi
Organizer
日本動物学会第８７回大会＆第２２回国際動物学会合同年会
Place of Presentation
沖縄コンベンションセンター（宜野湾市）
Year and Date
2016-11-19 – 2016-11-19
Int'l Joint Research
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