2015 Fiscal Year Research-status Report
黒毛和種ゲノムDNAメチル化多型と脂肪交雑との関係に関する研究
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15K07696
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| Research Institution | Miyagi University |
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Principal Investigator |
須田 義人 宮城大学, 食産業学部, 教授 (90404847)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小林 栄治 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 畜産草地研究所 家畜育種繁殖研究領域, 研究員 (00186727)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | DNAメチレーション / 黒毛和種 / ゲノムDNA / 脂肪交雑 / ロース芯 / エピジェネティクス / MS-RDA法 / メチル化チップ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年は、初年度計画の黒毛和種牛肉由来ゲノムDNAの高メチル化領域をメチル化アレイ解析に供する前の基礎的検討として、特に家系を考慮しない無作為の霜降り度が異なる黒毛和種牛肉ロース芯部間由来ゲノムDNAに関して高メチル化領域におけるメチル化度に差異がある特異領域の検出をMS-RDA法によって試みた。日本格付協会によるＡ5ランクおよびＡ3ランク以下の2群由来のゲノミックDNAを供して、それらの高メチル化領域のメチル化度に差異があると仮定し、それぞれメチル化感受型制限酵素（HaeⅡ）で消化し混合後、特異アダプターを付加してMung Bean Nuclease処理を行った。その他、プロトコルに従い、特異シグナルを電気泳動後に切り出して精製、それらのサンプルをさらにPCR増幅と繰り返すことで特異が濃縮出来、クリアになった段階で塩基配列を調査しNCBI Webサイトからデーターベース照合を行った。検索結果と機能的に関連のある候補遺伝子について、リアルタイムPCR法を用いてmRNA発現量を検討した。また、それぞれの組織中タンパク質発現量を蛍光免疫染色法により調査した。格付けの異なる両牛肉由来ゲノムDNA間でメチル化度に差異がある特異領域が検出できた。データーベース照合の結果、相同性が高いプロモーター領域がみつかり、それによって制御されている遺伝子はアルギニノコハク酸合成酵素とアンドロゲン結合タンパク質の2つを候補遺伝子とできた。候補遺伝子のmRNA発現量と組織中タンパク質発現量について調査した所、A3ランク以下の牛肉のアルギニノコハク酸合成酵素が有意に高く発現していた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
細胞由来のゲノムDNAの状態が悪いため、一部の実験が進んでいない。H28年度においてはそれらの再実験を実施し、H27年度の計画を補完する。しかしながら、当初の結果を推察できる結果が得られている。
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| Strategy for Future Research Activity |
①メチル化チップ（ヒト）を用いた宮城県基幹種雄牛枝肉由来ゲノムDNAにおけるメチル化解析を行い脂肪交雑との相関解析を実施する。②Promoter qPCR Array 解析を特に宮城県基幹種雄牛由来ゲノムDNAを供して実施し、高低メチル化DNAを分取、リアルタイムqPCR法によるメチル化割合（％）を予測して種雄牛内・間で枝肉形質との相関解析を行う。③①及び②のゲノムDNAについてRLGS法に供し特異メチル化領域を探索する。
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