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2016 Fiscal Year Research-status Report

抗結核薬D-サイクロセリンの生合成酵素群を活用した非天然型アミノ酸の合成

Research Project

Project/Area Number 15K07997
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

的場 康幸  広島大学, 医歯薬保健学研究院(薬), 准教授 (90363051)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywords抗生物質 / 酵素 / X線結晶構造解析 / 非天然型アミノ酸
Outline of Annual Research Achievements

研究代表者が解明したD-サイクロセリンの生合成経路においては, DcsAとDcsBがヒドロキシウレアを供給し, DcsEがO-アセチル-L-セリンを供給する。続いて, DcsDの作用によりO-アセチル-L-セリンのアセチル基がヒドロキシウレアに置換されることでO-ウレイド-L-セリンが生じ, DcsCの作用によりD-体に変換された後, ATP依存性酵素DcsGにより環状化されD-サイクロセリンが合成される。研究代表者はこれまでに, DcsDおよびDcsGの結晶構造解析に成功している。
平成28年度は, DcsGを用いてDL-ホモシステインを光学分割することを試みた。DcsGをDL-ホモシステイン溶液に添加すると, L-ホモシステインとD-ホモシステインチオラクトンとに光学分割できることが判明した。また、基質特異性の低いアミノ酸ラセマーゼであるBsrVをDcsGとともに加えることで, DL-ホモシステインをすべてD-ホモシステインチオラクトンに変換できることを明らかにした。一方, DcsAに関しては, 活性中心付近に変異を導入し, 酵素活性に重要なアミノ酸残基を特定した。さらに, 反応物であるL-ヒドロキシアルギニンとDcsAの複合体構造を明らかにし, 本酵素の反応機構を推定した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

DcsAに関して, L-ヒドロキシアルギニンとの複合体構造を明らかにすることができ, 反応機構を推定することが可能となったため。

Strategy for Future Research Activity

DcsGについてはホモシステインの光学分割に利用できることが明らかとなったが, この反応には高価なATPを必要とする。DcsGを発現させた大腸菌を光学分割のための触媒として利用できないかどうかを検討する。一方, DcsAに関しては, 共鳴ラマンスペクトル解析や計算科学的解析を実施し, その反応機構を明らかにする。

  • Research Products

    (9 results)

All 2017 2016

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] Crystallographic and mutational analyses of cystathionine β-synthase in the H2S-synthetic gene cluster in Lactobacillus plantarum2017

    • Author(s)
      Matoba Y, Yoshida T, Izuhara-Kihara H, Noda M, Sugiyama M
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 26 Pages: 763-783

    • DOI

      10.1002/pro.3123

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Anti-obesity effect of Pediococcus pentosaceus LP28 on overweight subjects: a randomized, double-blind, placebo-controlled clinical trial2016

    • Author(s)
      F Higashikawa, M Noda, T Awaya, N Danshiitsoodol, Y Matoba, T Kumagai, M Sugiyama
    • Journal Title

      Eur. J. Clin. Nutr.

      Volume: 70 Pages: 582-587

    • DOI

      10.1038/ejcn.2016.17.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 非天然型アミノ酸D-サイクロセリン生合成酵素の結晶構造2016

    • Author(s)
      的場 康幸
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 74 Pages: 510-513

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 細菌由来シスタチオニンβ-シンターゼの性質と構造、および、その阻害剤開発2017

    • Author(s)
      安武 千晶, 吉田 智喜、伊豆原-木原 久枝, 黒田 照夫, 杉山 政則, 的場 康幸
    • Organizer
      第90回日本細菌学会総会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター
    • Year and Date
      2017-03-19 – 2017-03-21
  • [Presentation] Elucidation of Catalytic Mechanism of Tyrosinase by Using Time-Resolved Analysis2017

    • Author(s)
      Yasuyuki Matoba
    • Organizer
      感応性化学種が拓く新物質科学 第2回国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      広島大学 学士会館 レセプションホール
    • Year and Date
      2017-03-06 – 2017-03-07
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Crystallographic and spectroscopic studies of DcsA, a heme-binding arginine hydroxylase responsible for the biosynthesis of D-cycloserine2016

    • Author(s)
      Yasuyuki Matoba
    • Organizer
      感応性化学種が拓く新物質科学 第4回若手国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学工学研究科 サントリーメモリアルホール
    • Year and Date
      2016-12-12 – 2016-12-13
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] D-サイクロセリン合成酵素DcsGの構造生物学的研究およびホモシステインの定量と光学分割への応用2016

    • Author(s)
      工藤 真子, 的場 康幸, 宇田 成利, 熊谷 孝則, 黒田 照夫, 杉山 政則
    • Organizer
      第55回日本薬学会・日本薬剤師会・日本病院薬剤師会 中国四国支部学術大会
    • Place of Presentation
      就実大学
    • Year and Date
      2016-11-05 – 2016-11-06
  • [Presentation] D-サイクロセリン生合成に関わる新規ヘムタンパク質DcsAの構造と性質2016

    • Author(s)
      的場 康幸, 古川 裕貴, 柳澤 幸子, 宇田 成利, 熊谷 孝則, 小倉 尚志, 杉山 政則
    • Organizer
      第68回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      富山国際会議場
    • Year and Date
      2016-09-28 – 2016-09-30
  • [Presentation] 時間分割解析を用いた二核銅酵素チロシナーゼの反応機構の解明2016

    • Author(s)
      的場 康幸
    • Organizer
      感応性化学種が拓く新物質化学 第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      広島大学 学士会館 レセプションホール
    • Year and Date
      2016-05-20 – 2016-05-21

URL: 

Published: 2018-01-16  

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