2018 Fiscal Year Annual Research Report
Genotyping of Toxic Animals and Plants by Liquid Chromatography/High Resolution Mass Spectrometry
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15K08060
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| Research Institution | National Research Institute of Police Science |
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Principal Investigator |
宮口 一 科学警察研究所, 法科学第三部, 室長 (10370884)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
太田 彦人 科学警察研究所, 法科学第三部, 室長 (40392261)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 生物種判別 / 高分解能質量分析 / モノアイソトピック質量 / DNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまでの研究で行ってきた、モノアイソトピック質量に基づく液体クロマトグラフィー／高分解能質量分析（LC/HRMS）による種判別においては、アンプリコンの塩基組成からモノアイソトピック質量の理論値を計算し、得られた測定値との比較を行ってきたが、逆にモノアイソトピック質量から該当する塩基組成を求めることはできなかった。これが可能となれば、配列未知のアンプリコンの塩基組成を本法で明らかにすることができるため、本法の応用範囲が向上すると考えた。ところが、塩基組成は４種類の塩基からなる整数値の組み合わせであり、いわゆる整数計画問題に該当することから、これを計算によって求めるためには高度なプログラミング手法と高性能な計算機が必要であると考えられた。
そこで本年度は、120 baseまでの全ての塩基の組み合わせをデータベース化することで複雑な計算を回避し、モノアイソトピック質量の測定値と許容誤差を入力すると該当する塩基組成を出力するMicrosoft Accessによるデータベース「mass2basecomp」を作成した。これにより、未知のアンプリコンについても塩基組成候補の提示が可能となったことで、本法の応用範囲の拡大が期待される。一方、許容誤差1 ppmで検索した場合でも、入力値によっては多数の候補がヒットし、本法によってアンプリコンの塩基組成を一義的に決定するのは期待に反して困難であることが明らかとなった。
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