2017 Fiscal Year Research-status Report
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15K08335
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| Research Institution | Research Institute for Clinical Oncology, Saitama Cancer Center |
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Principal Investigator |
赤木 究 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 病院 腫瘍診断・予防科, 科長(兼)部長 (30244114)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
角田 美穂 埼玉県立がんセンター(臨床腫瘍研究所), 病院 腫瘍診断・予防科, 研究員 (60347359)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 若年性大腸癌 / DKC1 / MSI検査 / RNAシーケンス / 分子バーコード |
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| Outline of Annual Research Achievements |
若年大腸癌患者の解析から見出したDKC1遺伝子変異について、過去に報告されているGenotype/Phenotypeとは異なる経過をたどっている為、過去に治療を受けた病院と連携し、症例の詳細な情報を収集した。DKC1遺伝子が原因の疾患は先天角化異常症だが、本例では貧血と大腸癌が主症状になっており、典型例ではなかった。その為、若年消化器癌からも本疾患を疑う必要がある点について、症例報告をまとめ次年度に投稿予定である。その為1年間の延長申請を行った。また、近年の大腸癌治療の方向性、若年大腸癌を効率よく拾い上げ、また予防する必要性から、マイクロサテライト不安定性（MSI）検査の感度を上げる試みを行っている。
遺伝子変異の解析では、新たにRAD51変異症例の乳癌を見出し、さらに大腸癌において、通常のシーケンスでは検出しにくい大きなMMR遺伝子の欠失症例を複数見出した。また、変異解析の段階でフィルターされやすい変異がスプライシング異常に関わっている症例も経験した。
これらの結果から、エクソン単位でCNVを正確に検出できるシステムの構築と、RNAシーケンスのデータを併用して、原因遺伝子変異を確定するシステムの必要性が示唆された。
そこで現在、Anchored PCR法と分子バーコードを用いて、安価にキャプチャー法と同等のCNV検出を行う事ができるシステムを採用し、さらにcDNAからCDSの全長をPCR、シーケンスすることによりスプライシング異常の検出も行うシステムを構築している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
DKC1変異症例の情報収集や論文化にやや時間がかかり、研究期間の延長を行った。
しかし変異解析や、新たなMSI検査方法の開発など、発展的に研究は進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後はまず、DKC1変異症例の報告を完成させる。
さらに、本研究を基盤にして新たなパネルによる遺伝学的検査システムの開発を進める。
現在はエクソン単位でのCNV判定を行う事が可能なパネルシステムを用い、さらにRNAシーケンスを併用してより確実に原因遺伝子を特定していく予定である。
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| Causes of Carryover |
論文作成等、コストのかからない部分に時間を使用した為、次年度使用額が生じている。
次年度では、論文作成費用、人件費、新しい解析等に研究費を使用する。
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[Journal Article] Routine genetic testing of lung cancer specimens derived from surgery, bronchoscopy and fluid aspiration by next generation sequencing2017
Author(s)
Gou Yamamoto, Mari Kikuchi, Shiho Kobayashi, Yoshiko Arai, Kenji Fujiyoshi, Tomokazu Wakatsuki, Miho Kakuta, Yuki Yamane, Yoshihito Iijima, Hideaki Mizutani, Yuki Nakajima, Junko Sudo, Hiroyasu Kinoshita, Futoshi Kurimoto, Hirohiko Akiyama, Hidetaka Uramoto, Hiroshi Sakai, Yoshito Akagi, Kiwamu Akagi
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Journal Title
International journal of oncology
Volume: 50
Pages: 1579-1589
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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