2017 Fiscal Year Annual Research Report
Dynamics of clinically derived drug-resistant plasmid by plasmid network analysis
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15K08488
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
山下 明史 国立感染症研究所, 病原体ゲノム解析研究センター, 主任研究官 (00573180)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | プラスミド / ネットワーク解析 / 不和合性タイピング / 薬剤耐性遺伝子 / webアプリ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
医療現場では抗菌剤が聞かない細菌によって治療が困難になる事例が増大している。その中でも薬剤耐性遺伝子がプラスミド上に存在している場合には他菌株へ容易に伝達しうるために対策がより困難となる。プラスミドはホストの生存に必ずしも必要な要素ではないため、組み換えなどが起こりやすく、薬剤耐性プラスミドが拡散した場合にその全容をつかむことが難しくなってしまう。本研究では類縁関係にあるプラスミドは同一起源の遺伝子を共有することを利用し、ネットワーク解析の技法を用いてプラスミドの類縁関係を俯瞰的に把握するためのwebアプリケーションの作成を試みた。平成28年度までに既存のプラスミド解析ツールGPAT・iPAT からサーバーに対する負荷の比較的低いネットワーク解析部分のみをスピンアウトさせたopen iPAT を作成した。Open iPAT はクエリプラスミドと類縁関係にあるプラスミドを公共データベースに登録された完全長プラスミドから見つけだし、その関係を web 上でグラフィカルに表示する機能を持っている。
平成29年度は実データの解析を通して open iPAT のさらなる改良を行い、薬剤耐性遺伝子リスト、不和合性タイピング、採取された国、ホスト、採取年などの情報を示すことを可能にした。さらに、パンゲノム解析やコアゲノム解析を行い結果をグラフィカルに表示する機能を実装し、プラスミドの類縁関係をより詳細に解析することを可能にした。
成果を論文として発表する準備を行っていたが、論文完成前に転職することになり、論文発表には至らなかった。
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Research Products
(12 results)
