2015 Fiscal Year Research-status Report
Clostridium difficileの簡易分子疫学解析法開発
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15K08663
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| Research Institution | Aichi Prefectural Institute of Public Health |
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Principal Investigator |
鈴木 匡弘 愛知県衛生研究所, その他部局等, 研究員 (70446649)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | Clostridium difficile / 分子疫学 / PCR-ribotyping / MLST |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Clostridium difficileを分子疫学解析する際の基礎的データとするため、臨床分離された65株のC. difficileのPCR-ribotyping解析ならびに全ゲノム塩基配列データの取得を行った。65株は24のPCR-ribotyping型に分類された。主にST17の株から構成されるPCR-ribotypingのクラスタに分類された分離株数が14株と最も多く、次いでST2を含むクラスタ（10株）、ST81（6株）を含むクラスタと続いた。特定のPCR-ribotyping型、ST型が多数分離される傾向があったことから、PCR-ribotypingやMLST、より菌株識別能が高いタイピング法の開発が望まれた。また、全ゲノム解析の実施と、インターネットデータベース上のゲノムデータから、C. difficileにおけるORF保有状況の調査が完了し、分子疫学解析法開発のための検出部位の選択をする準備が整った。今後、分子疫学解析に用いる部位の選択を進める。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
Clostridium difficileを分子疫学解析する際の基礎的データとするため、臨床分離された65株のC. difficileのPCR-ribotypingならびに全ゲノム塩基配列データの取得を行った。また、全ゲノムデータからmultilocus sequence typing (MLST)解析によるST型推定を行った。毒素型はPCRによって決定した。
65株は24のPCR-ribotyping型に分類された。主にST17の株から構成されるPCR-ribotypingのクラスタに分類された分離株数が14株と最も多く、次いでST2を含むクラスタ（10株）、ST81（6株）を含むクラスタと続いた。ST17とST8の株のPCR-ribotypingパターンはよく似ており、一部区別できないものも見られた。これらの主要な遺伝子型は分離年、分離病院にかかわらず、検出された。
特定のPCR-ribotyping型、ST型が多数分離される傾向が明らかとなり、PCR-ribotypingやMLST、より菌株識別能が高いタイピング法の開発が望まれた。
また、全ゲノム解析の実施と、インターネットデータベース上のゲノムデータから、C. difficileにおけるORF保有状況の調査が完了し、分子疫学解析法開発のための検出部位の選択をする準備が整った。
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| Strategy for Future Research Activity |
ゲノム情報から作成したORF保有状況調査結果をもとに、検出ORFの候補を選択し、候補ORFの臨床分離株における保有状態調査を行う。すでに得られている臨床分離株におけるPCR-ribotyping型やST型と比較検討しながら、検出ORFの決定を行う。
検出部位の決定後、解析を容易とするため、マルチプレックスPCRによる検出系を設計する。設計した分子疫学解析法を用いて臨床分離株のタイピングを行い、性能評価を進めていく。
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| Causes of Carryover |
予算内で解析可能な数に、臨床分離株のゲノム解析株数を絞り込んだため、次年度使用額が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
臨床分離株のゲノム解析株数を増やし、客観的判断のためのデータ作成を行う。また、臨床分離株におけるORF保有パターン調査を進めるため、プライマー作成やPCR反応に関連した試薬購入を行う。
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