2017 Fiscal Year Annual Research Report
Phenome Wide Assosiation Study of disease candidate gene using Japanese elderly consecutive autopsy cases
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15K08712
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| Research Institution | National Center for Global Health and Medicine |
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Principal Investigator |
池田 仁子 国立研究開発法人国立国際医療研究センター, その他部局等, 上級研究員 (20415508)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | PheWAS / 日本人高齢者 / 連続剖検例 / 病理フェノーム情報 / SNV / CNV / 脳血管疾患 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまで心筋梗塞やがんに焦点を当てたPheWAS解析を行ったが、本年度（最終年度）は脳血管疾患（脳出血、脳梗塞、血管性痴呆症など）のPheWAS解析を検討した。痴呆症の既知疾患感受性遺伝子としてGWASで同定されているTOMM40遺伝子とAPOE遺伝子から遺伝子多型を選出し、脳動脈狭窄指数(ICAI)等の病理フェノーム情報や神経病理データとの関連をPheWAS法で解析した。遺伝子多型はAPOE遺伝子では痴呆症のリスク因子として有名な3つのイプシロン(ε) アレルε2, ε3, ε4を判定するのに使われるrs7412多型を含む6個のSNVを解析した。TOMM40遺伝子はAPOE遺伝子多型イプシロン(ε) アレルとの遺伝子-遺伝子間の関連が知られているポリT多型のCNVを解析した。候補遺伝子のSNVとCNVは約2300検体の日本人連続剖検例から得たDNAを使って、TaqMan SNP Genotyping Assay及びTaqMan CNV Assay、あるいはexome-chipによりジェノタイプ型を判定し、病理フェノーム情報等と結合して、統計解析用データセットを作成し、SAS統計解析ソフトウェアを用いて、Chi-square test, Fisher test, ANOVA, logistic regression等により各多型とフェノーム情報との関連を解析した。その結果、本研究で用いた日本人高齢者剖検例集団においてrs769449多型が痴呆症と統計学的に有意な関連がみられた。しかしながら、脳動脈狭窄指数(ICAI)とは統計学的に有意な関連はみられなかった。APOE遺伝子イプシロン(ε) アレルを判定するのに使われるrs7412多型は、本研究集団においては、痴呆症と統計学的に有意な関連はみられなかった。その他の多型については、痴呆症と統計学的に有意な関連はみられなかった。
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Research Products
(2 results)
