2017 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of polymorphisms of breast cancer and prostate cancer risk-associated genetic variations by using semiconductor-based next-gen sequencings
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15K08720
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| Research Institution | Chiba Cancer Center (Research Institute) |
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Principal Investigator |
中村 洋子 千葉県がんセンター(研究所), がん予防センター, 主席研究員 (60260254)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三上 春夫 千葉県がんセンター(研究所), がん予防センター, 部長 (10332355)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 乳がん / 前立腺がん / エクソーム解析 / がん関連遺伝子 / 次世代シークエンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
千葉県東北部には、がんの集積性が見られ、その地域を含む健常者約8,000 人を対象に最長12年間追跡しているコホート研究が進行中である。その中で県内のがん高発症地区の原因究明と体細胞変異との関連について検討し、さらに院内患者集団と比較し、リスクマーカー、体細胞変異Signatureを同定し、がん予防、治療、予後予測へ結びつく分子診断技術を将来的に開発することを目的としている。
コホート研究で収集した血液検体を用いて、乳がん発症40 例、前立腺がん発症28例をリスク群、さらに70 歳までがんの発症がなく、がんマーカー（CEA,CA19-9）陰性、家族歴無しの33 例を非リスク群として、400 種類以上のがん関連遺伝子について、リスク群特異的かつ機能的な多型同定のため、Ion Ampli SeqとComprehensive Cancer Panel（CCP）を使用し、Ion Torrent PGM半導体シークエンサー解析を行ってきた。その中で、他のがん種で見出した、がん関連遺伝子が乳がんならびに前立腺がんに関与があるか検討を進めた。解析を進めている遺伝子は、遺伝子多型に伴いアミノ酸変化が認められ、タンパク構造に影響を与え、タンパク質の機能を変えることが予測される遺伝子である。また、乳がんおよび前立腺がん発症症例検体での解析から、アミノ酸の変化やストップコドンを創出するミッセンス・ナンセンス変異を同定した遺伝子についても検討中である。
さらに、乳がん発症症例40症例について、BRCA2の多型解析から、既知のSNPは４つあり、また１つは未知のものであることが本研究で分かっている。
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[Journal Article] A genome-wide association study in the Japanese population identifies the 12q24 locus for habitual coffee consumption: The J-MICC Study.2018
Author(s)
Nakagawa-Senda H, Hachiya T, Shimizu A, Hosono S, Oze I, Watanabe M, Matsuo K, Ito H, Hara M, Nishida Y, Endoh K, Kuriki K, Katsuura-Kamano S, Arisawa K, Nindita Y, Ibusuki R, Suzuki S, Hosono A, Mikami H, Nakamura Y, Takashima N, Sasakabe T, Kawai S, Okada R, Hishida A, Naito M, Wakai K, Tanaka H. et al.
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Journal Title
Sci Rep.
Volume: 8
Pages: 1493
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Genomic analysis-integrated whole-exome sequencing of neuroblastomas identifies genetic mutations in axon guidance pathway.2017
Author(s)
Li Y, Ohira M, Zhou Y, Xiong T, Luo W, Yang C, Li X, Gao Z, Zhou R, Nakamura Y, Kamijo T, Kaneko Y, Taketani T, Ueyama J, Tajiri T, Zhang H, Wang J, Yang H, Yin Y, Nakagawara A.
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Journal Title
Oncotarget
Volume: 8
Pages: 56684-56697
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Genetic Variants of RAMP2 and CLR are Associated with Stroke.2017
Author(s)
Koyama T, Kuriyama N, Ozaki E, Matsui D, Watanabe I, Takeshita W, Iwai K, Watanabe Y, Nakatochi M, Shimanoe C, Tanaka K, Oze I, Ito H, Uemura H, Katsuura-Kamano S, Ibusuki R, Shimoshikiryo I, Takashima N, Kadota A, Kawai S, Sasakabe T, Okada R, Hishida A, Naito M, Mikami H, Nakamura Y, Wakai K. et.al.
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Journal Title
J Atheroscler Thromb,
Volume: 24
Pages: 1267-1281
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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