2017 Fiscal Year Research-status Report
胃癌の形質発現に関するエピジェネティクスネットワークの解明
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15K08955
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
林 香月 名古屋市立大学, 大学院医学研究科, 講師 (00405200)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
溝下 勤 名古屋市立大学, 大学院医学研究科, 講師 (40347414)
岡本 泰幸 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), その他 (60444973)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 胃癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
胃癌と正常胃粘膜228例のRNAseqのデータを用いて、胃型のマーカーであるMAC5AC、MAC6、そして腸型のマーカーであるMUC2、CDX2、VIL1、ALPIの発現レベルを用いて混合型84例、腸型55例、胃型49例、Null型39例の4群に分類した。これらの分類されたサンプルの遺伝子変異を181例（混合型62例、腸型48例、胃型36例、Null型35例）に関してexomのデータで解析をした。Null型はDNAメチル化を多く認める集団であり、遺伝子変異の数も多いことからMLH１のメチル化などDNAメチル化によるMSI-highの集団であった。このNull型ではPIK3CAの変異が34％と高率であることから、TCGA分類でのEBV関連胃がんもNull型に含まれることが分かった。またDNA脱メチル化酵素であるTET1/TET2/TET3の遺伝子変異を検討すると混合型で16％、腸型で13%、胃型で8%、Null型で3%であった。TETは脱メチル化酵素でありその活性が強くなると脱メチル化が進行すると推測される。したがってTETの変異が機能獲得変異であればNull型で変異が少なく、混合型で変異が多いことが説明可能である。変異の部位とhot spotの有無に関して検討が必要である。IDH1/2に関して、変異はすべての群で２～３%と同等であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
他の研究者より分類に関しては再度検討の余地があるのではないかと意見があった。対象遺伝子を検討しなおし、TCGA分類との比較を繰り返したところ、当初の分類が最も説得力のある結果であった。これらの検証を繰り返し時間を要したため、課題の進捗状況としては遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
まずは、臨床検体で免疫染色を用いて研究結果を確認する。確認後に臨床検体での遺伝子変異等の確認して。メカニズムを細胞実験でクロマチンIP等で確認する
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| Causes of Carryover |
他の研究者より分類に関しては再度検討の余地があるのではないかと意見があった。対象遺伝子を検討しなおし、TCGA分類との比較を繰り返したところ、当初の分類が最も説得力のある結果であった。これらの検証を繰り返しバイオインフォマティクスでの研究が主であった。したがって、ベンチでの仕事は限られ支出は少なくなった。
（使用計画） 臨床サンプルを用いた実験にて使用予定
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