次世代シークエンサーを用いた多発性嚢胞腎（ADPKD）の遺伝子診断

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K09279
• Research Institution: Tokyo Women's Medical University
• Principal Investigator: 望月 俊雄 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (00277120)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: 多発性嚢胞腎 / ADPKD / PKD1 / PKD2 / 遺伝子変異 / 次世代シークエンサー

Outline of Annual Research Achievements

ADPKDにおける早期診断ならびに除外診断ならびにADPKDの新たな治療薬であるバソプレシン受容体拮抗薬（トルバプタン）の適応決定のため、次世代シークエンスにより、迅速で、精度の高い、ADPKD遺伝子診断法を確立することが本研究の目的である。
今年度はまずこれまで遺伝子変異を検出できなかった患者23人について、検出感度の低い領域として特定されたPKD1のエクソン1、4、12、42、PKD2のエクソン1においてキャピラリー・シークエンス法を行った。しかしながら、現時点で新たな変異は特定できていない。
次世代シークエンスについては、PKD1ならびにPKD2遺伝子領域を含むゲノムの特定領域をターゲットDNA濃縮法（Sure Select）により選別した方法を用いていたが、当院での次世代シークエンサー解析装置の更新に伴い、PCRを用いた新たなIon-PGM法を採用することとした。具体的には、PKD1ならびにPKD2遺伝子領域のプライマー設定を行った。ただPKD1遺伝子領域ではエクソン１、4―7、11―12、14―15、17―19、21―26、29―30、42、45において、またPKD2遺伝子領域ではエクソン1においてはプライマー設定が困難であった。これらの領域に関しては、キャピラリー・シークエンス法を用いることなどを考慮している。
さらに新たな患者25人に同意を得て、DNAを採取した。これらも含めて遺伝子診断法の確立を目指す。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

次世代シークエンサーの技術革新により、当初計画していた「ターゲットDNA濃縮法」から「新たなIon-PGM法」を採用することにしたため。

Strategy for Future Research Activity

次世代シークエンスについて、PCRを用いた新たなIon-PGM法を採用するためのPKD1ならびにPKD2遺伝子領域のプライマーを設定し、シークエンスを行っていく。同時に、キャピラリー・シークエンスも行い、遺伝子変異検出率を高めていく。さらに新しい患者のＤＮＡの採取も行っていく。

Causes of Carryover

次世代シークエンサーの技術革新により、当初計画していた「ターゲットDNA濃縮法」から「新たなIon-PGM法」を採用することにしたため、支出が次年度に移行したため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

「新たなIon-PGM法」の準備ならびに次世代シークエンス費用に充てる。