腫瘍発生における多様なゲノム構造異常およびキメラ遺伝子形成の分子機構の解明

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K09486
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 滝 智彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (50322053)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: キメラ遺伝子 / RNAシーケンス / 悪性リンパ腫 / 白血病 / conjoined gene

Outline of Annual Research Achievements

昨年度同定したconjoined geneと、既知のキメラ遺伝子における多様なキメラ転写産物についてさらに詳細に解析した。
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫細胞株 (KPUM-UH1) から同定した17個のconjoined geneのゲノム領域について、Affymetrix社のCytoScan HDアレイを用いてゲノムの欠失の有無を確認したが、いずれの領域にもコピー数の変化は認めず、conjoined geneの形成はゲノムレベルではなく転写レベルで生じていることが確認できた。KPUM-UH1では、conjoined gene以外にもタンパクコード領域での融合が7個同定されており、現在これらについても解析を進めている。
一方、染色体異常から予想されるキメラ遺伝子のRT-PCRによる検出からは、既知の遺伝子によるキメラ遺伝子でありながらこれまで報告がない新しいタイプのキメラ転写産物を複数同定した。そのうちの1例のt(11;17)(q23;q25)を有する成人AMLからは、予想されたMLL-SEPT9(AF17q25)を同定したが、MLLの切断点はエクソン10の途中であり、融合したSEPT9のイントロン１の24塩基がキメラ転写産物内に挿入され、エクソン2からのSEPT9につながっていた。この融合では、挿入されたイントロン1の3'端にスプライシングのコンセンサス配列が存在し、5'側に融合したMLLのエクソン10のスプライシングコンセンサス配列といっしょに、この部分をエクソンと認識する結果となったと考えられた。転座によって新たに生じたゲノム構造によって、本来はスプライシングによって除去されてしまう領域がキメラ転写産物内に残るこのような現象の詳細な解析が、スプライシングに影響するゲノム構造の解明にもつながると考えている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

昨年度からのconjoined geneの解析に加えて、新しいタイプのキメラ転写産物の検出などによって新たな展開がどんどん生じており、当初の研究計画と一部異なる部分もあるが、全体として研究目的に向かって順調に進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

RNAシーケンスによって得られたキメラ遺伝子について、染色体情報、ゲノムアレイによるコピー数情報などを合わせて解析することにより、腫瘍におけるゲノム構造異常がどのように形成されるのかを引き続き検討する。また、既知のキメラ遺伝子については、多様な転写産物の同定も可能で、かつ簡便な検出方法について検討する。

Causes of Carryover

消耗品の購入計画に変更が生じたため

Expenditure Plan for Carryover Budget

消耗品代として使用する予定である。

Research Products

• [Journal Article] Molecular heterogeneity in APIP-FGFR2 fusion transcripts with diversity of genomic breakpoints in gastric cancer high-level amplifications at 11p13 and 10q26 (2017)
  • Author(s): Okuda T, Taki T, Nishida K Chinen Y, Nagoashi H, Sakakura C, Ohtsuji E, Taniwaki M
  • Journal Title: Oncol Lett Volume: 13 Pages: 215-221
  • DOI: 10.3892/ol.2016.5386
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Long-term Outcome of Six-Month Maintenance Chemotherapy for Acute Lymphoblastic Leukemia in Children (2017)
  • Author(s): Kato M, Ishimaru S, Seki M, Yoshida K, Shiraishi Y, Chiba K, Kakiuchi N, Sato Y, Ueno H, Tanaka H, Inukai T, Tomizawa D, Hasegawa D, Osumi T, Arakawa Y, Aoki T, Okuya M, Kaizu K, Kato K, Taneyama Y, Goto H, Taki T, Takagi M, Sanada M, Koh K, Takita J, Miyano S, Ogawa S, Ohara A, Tsuchida M, Manabe A
  • Journal Title: Leukemia Volume: 31 Pages: 580-584
  • DOI: 10.1038/leu.2016.274
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Preserved high probability of overall survival with significant reduction of chemotherapy for myeloid leukemia of Down syndrome: A nationwide prospective study in Japan (2016)
  • Author(s): Taga T, Watanabe T, Tomizawa D, Kudo K, Terui K, Moritake H, Kinoshita A, Iwamoto S, Nakayama H, Takahashi H, Shimada A, Taki T, Toki T, Ito E, Goto H, Koh K, Saito AM, Horibe K, Nakahata T, Tawa A, Adachi S
  • Journal Title: Pediatr Blood Cancer Volume: 63 Pages: 248-254
  • DOI: 10.1002/pbc.25789
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] High event-free survival rate with minimum-dose-anthracycline treatment in childhood acute promyelocytic leukaemia: a nationwide prospective study by the Japanese Paediatric Leukaemia/Lymphoma Study Group (2016)
  • Author(s): Takahashi H, Watanabe T, Kinoshita A, Yuza Y, Moritake H, Terui K, Iwamoto S, Nakayama H, Shimada A, Kudo K, Taki T, Yabe M, Matsushita H, Yamashita Y, Koike K, Ogawa A, Kosaka Y, Tomizawa D, Taga T, Saito AM, Horibe K, Nakahata T, Miyachi H, Tawa A, Adachi S.
  • Journal Title: Br J Haematol Volume: 174 Pages: 437-443
  • DOI: 10.1111/bjh.14068
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genomic analysis of clonal origin of Langerhans cell histiocytosis following acute lymphoblastic leukemia (2016)
  • Author(s): Kato M, Seki M, Yoshida K, Sato Y, Oyama R, Arakawa Y, Kishimoto H, Taki T, Akiyama M, Shiraishi Y, Chiba K, Tanaka H, Mitsuiki N, Kajiwara M, Mizutani S, Sanada M, Miyano S, Ogawa S, Koh K, Takita J
  • Journal Title: Br J Haematol Volume: 175 Pages: 169-172
  • DOI: 10.1111/bjh.13841
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] CXCR4 overexpression is a poor prognostic factor in pediatric acute myeloid leukemia with low risk: a report from the Japanese Pediatric Leukemia/Lymphoma Study Group (2016)
  • Author(s): Matsuo H, Nakamura N, Tomizawa D, Saito AM, Kiyokawa N, Horibe K, Nishinaka-Arai Y, Tokumasu M, Itoh H, Kamikubo Y, Nakayama H, Kinoshita A, Taga T, Tawa A, Taki T, Tanaka S, Adachi S
  • Journal Title: Pediatr Blood Cancer Volume: 63 Pages: 1394-1399
  • DOI: 10.1002/pbc.26035
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Characterization of pediatric Philadelphia-negative B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia with kinase fusions in Japan (2016)
  • Author(s): Imamura T, Kiyokawa N, Kato M, Imai C, Okamoto Y, Yano M, Ohki K, Yamashita Y, Kodama Y, Saito A, Mori M, Ishimaru S, Deguchi T, Hashii Y, Shimomura Y, Hori T, Kato K, Goto H, Ogawa C, Koh K, Taki T, Manabe A, Sato A, Kikuta A, Adachi S, Horibe K, Ohara A, Watanabe A, Kawano Y, Ishii E, Shimada H
  • Journal Title: Blood Cancer J Volume: 6 Pages: e419
  • DOI: 10.1038/bcj.2016.28
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 5q-核型異常を持つ小児急性骨髄性白血病の臨床的特徴と予後 (2016)
  • Author(s): 木下明俊, 滝 智彦, 林 泰秀, 渡邊智之, 宮地勇人, 松下弘道, 矢部みはる, 富澤大輔, 高橋浩之, 多和昭雄, 堀部敬三, 多賀 崇, 足立壯一
  • Organizer: 第58回日本小児血液・がん学会学術集会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2016-12-15
• [Presentation] 乳児急性骨髄性白血病におけるMLL遺伝子再構成及びCBFA2T3-GLIS2による予後層別化 (2016)
  • Author(s): 原 勇介, 柴 徳生, 大木健太郎, 大和玄季, 朴 明子, 富澤大輔, 滝 智彦, 木下明俊, 清河信敬, 荒川浩一, 多和昭雄, 堀部敬三, 多賀 崇, 足立壮一, 林 泰秀
  • Organizer: 第58回日本小児血液・がん学会学術集会
  • Place of Presentation: 東京
  • Year and Date: 2016-12-15
• [Presentation] Comprehensive analysis of conjoined genes in a DLBCL cell line, KPUM-UH1 by RNA-Seq (2016)
  • Author(s): Yosuke Matsumoto, Tomohiko Taki, Yoshiaki Chinen, Ryuichi Sato, Hiroko Adachi, Shinsuke Mizutani, Hisao Nagoshi, Yuji Shimura, Mihoko Yoshida, Mio Sugitani-Yamamoto, Tsutomu Kobayashi, Junya Kuroda, Kazuho Shimura, Hiroto Kaneko, Masakazu Nakano, Shigeo Horiike, Yasuo Ohkawara, Kei Tashiro, Masafumi Taniwakii
  • Organizer: 第78回日本血液学会学術集会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2016-10-14
• [Presentation] Molecular features and their clinical impact in infant acute myeloid leukemia (2016)
  • Author(s): Yusuke Hara, Norio Shiba, Kentaro Ohki, Genki Yamato, Myoung-Ja Park, Daisuke Tomizawa, Tomohiko Taki, Akitoshi Kinoshita, Hirokazu Arakawa, Akio Tawa, Keizo Horibe, Takashi Taga, Souichi Adachi, Yasuhide Hayashi
  • Organizer: 第78回日本血液学会学術集会
  • Place of Presentation: 横浜
  • Year and Date: 2016-10-14