2017 Fiscal Year Annual Research Report
Molecular analysis of variety of genomic rearrangements and chimeric genes in tumorigenesis.
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15K09486
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
滝 智彦 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (50322053)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | キメラ遺伝子 / RNAシーケンス / 悪性リンパ腫 / 白血病 / conjoined gene / 遺伝子再構成 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
造血器腫瘍を中心に、SNPアレイによるゲノム増幅を中心とするゲノム再構成の解析や、新規キメラ転写産物の同定を目指して行ったRNAシーケンスのデータから見出した結果を基に、複数の解析を行ってきた。
びまん性大細胞型リンパ腫細胞株KPUM-UH1のRNAシーケンスのデータから17種の隣り合った遺伝子間での融合遺伝子(conjoined gene)を同定した。そのうちの12種は臨床検体でも検出することができ、腫瘍発生に何らかの役割を果たしていると考えられた。SNPアレイを用いて行ったゲノムコピー数解析では、17種のいずれの領域でもlossを含めたコピー数の変化は確認できず、これらの融合遺伝子の形成は転写レベルで生じていると考えられた。現在複数の白血病検体のRNAシーケンスデータを用いて同様の解析を行っている。
昨年度に同定した、キメラ転写産物形成の際に生じるイントロンのエクソン化については、過去の解析データを確認したところ他の複数のキメラ転写産物でも同様のイントロンのエクソン化が確認できた。それらについてもゲノム融合点との関係を解析することにより、ゲノム配列の中からエクソンとして認識されるための配列の条件を明らかにしていく。
今年度は新たに、同一遺伝子内でのエクソンの順番が前後する遺伝子再構成を10種以上の遺伝子で同定した。これらの遺伝子再構成は主として遺伝子増幅部位から同定したが、欠失部位での形成も確認している。今後このような遺伝子再構成を形成しているゲノムの正確な構造を決定することにより、ゲノム再構成のメカニズムを解明していく。
以上のように、研究開始当初には予想できなかったような新しいタイプの異常が、膨大なシーケンスデータや新規症例の解析から次々と見出されており、引き続きデータを詳細に解析することにより、ゲノム異常形成の正確なメカニズムを明らかにしていきたい。
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[Journal Article] Prognostic impact of specific molecular profiles in pediatric acute megakaryoblastic leukemia in non-Down syndrome2017
Author(s)
Hara Y, Shiba N, Ohki K, Tabuchi K, Yamato G, Park M, Tomizawa D, Kinoshita A, Shimada A, Arakawa H, Saito AM, Kiyokawa N, Tawa A, Horibe K, Taga T, Adachi S, Taki T, Hayashi Y
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Journal Title
Genes Chromosomes Cancer
Volume: 56
Pages: 394-404
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Biology and Prognostic Markers in Young Children with Acute Myeloid Leukemia -the Jccg Study, JPLSG AML-05-2017
Author(s)
Yusuke Hara, Norio Shiba, Genki Yamato, Jun Okubo, Kentaro Ohki, Myoung-Ja Park, Manabu Sotomatsu, Daisuke Tomizawa, Tomohiko Taki, Akitoshi Kinoshita, Nobutaka Kiyokawa, Takashi Taga, Hirokazu Arakawa, Akio Tawa, Keizo Horibe, Souichi Adachi, Yasuhide Hayashi
Organizer
59th Annual Meeting of the American Society of Hematology
Int'l Joint Research
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[Presentation] Clinical Features and Prognostic Impact of RUNX1 and PTPN11 Mutations in Pediatric Acute Myeloid Leukemia―the Jccg Study, JPLSG AML-05-2017
Author(s)
Genki Yamato, Norio Shiba, Kenichi Yoshida, Yusuke Hara, Kentaro Ohki, Jun Okubo, Myoung-Ja Park, Manabu Sotomatsu, Tomohiko Taki, Hirokazu Arakawa, Nobutaka Kiyokawa, Daisuke Tomizawa, Souichi Adachi, Takashi Taga, Keizo Horibe, Seishi Ogawa, Yasuhide Hayashi
Organizer
59th Annual Meeting of the American Society of Hematology
Int'l Joint Research
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[Presentation] RNA Sequencing Illustrates the Genetic Backgrounds of Pediatric Acute Myeloid Leukemia2017
Author(s)
Norio Shiba, Kenichi Yoshida, Yusuke Hara, Genki Yamato, Masashi Sanada, Yuichi Shiraishi, Kentaro Ohki, Jun Okubo, Myoung-JA PARK, Daisuke Tomizawa, Tomohiko Taki, Manabu Sotomatsu, Keizo Horibe, Takashi Taga, Souichi Adachi, Akio Tawa, Satoru Miyano, Seishi Ogawa, Yasuhide Hayashi
Organizer
59th Annual Meeting of the American Society of Hematology
Int'l Joint Research
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[Presentation] Nationwide Survey of Pediatric Hypodiploid Acute Lymphoblastic Leukemia in Japan2017
Author(s)
Ishimaru S, Okamoto Y, Imai C, Sakaguchi H, Taki T, Hasegawa D, Cho Y, Kakuda H, Sano H, Manabe A, Imamura T, Kato M, Arakawa Y, Shimonodan H, Sato A, Suenobu S, Inukai T, Watanabe A, Kawano Y, Kikuta A, Horibe K, Ohara A, Koh K
Organizer
59th Annual Meeting of the American Society of Hematology
Int'l Joint Research
