2015 Fiscal Year Research-status Report
先天性ゴナドトロピン分泌不全症男性の網羅的遺伝子解析と精子形成治療法選択への応用
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15K09627
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
水野 晴夫 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (70363942)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
齋藤 伸治 名古屋市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (00281824)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | ゴナドトロピン分泌低下症 / 性腺機能低下症 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
当初の予定通り、蓄積されていたi文書により同意を得られた40名については、すでに筆者らが行っているIon Torrent PGMによるターゲット遺伝子解析により、先天性低ゴナドトロピン性性腺機能低下症として報告のある26遺伝子と、それに関連しうる遺伝子を含めた48遺伝子に限った網羅的遺伝子解析を行った。その結果、CHD7の変異を13名に認め、In silicoの解析による評価と、両親の解析から、病態の原因となる変異であることが示唆された。ANOS1の変異は、4種類の病原性があると予測された変異を持ち合わせていた。そのうち1例はスプライス部位の変異、明らかな小陰茎、嗅球同定不能であるのに対し、同変異を持つ兄は、すでに二次性徴が完成し、嗅覚の異常もなかった。既知の報告にも一致する結果であった。それ以外、WDR11、TACR3の変異を認め、in silicoの解析による評価では、病原性ありと評価したが、現在、両親の解析を施行中である。さらに、平成27年度においても症例の蓄積は続き、さらに新規患者が20名程度集積されている。
上記のターゲット遺伝子解析で異常が見つからなかった患者については、トリオ解析を前提に、TruSightOneシーケンスパネルを用い、MiSeqシステム（Illumina）でシーケンス反応を行う。本解析は4813遺伝子を対象とするため膨大な変異が拾えると考え、とりあえず、3家系で行ったが、病原性があると考えられる変異は検出できなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
Ion Torrent PGMによるターゲット遺伝子解析は、軌道に乗り、見つかった遺伝子の種類や、どのような遺伝子異常かを、必要に応じて両親の解析を追加、また、さらなる症例の集積も順調に進んでいる。ただし、ターゲット遺伝子解析で異常が見つからない症例の約半数をしめることが分かった。当初の予定では、TruSightOneシーケンスパネルをもう少し駆使して、未知の遺伝子を探していく試みを行う予定であったが、試薬の使用期限の問題などもあり、ある程度行う意義の高い症例、トリオで検体が採取できた症例に限ったため、3家系の解析にとどまることになった。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでの解析は、Human Genome Mutation Database （HGMD，QIAGEN）、GenomeTrax（QIAGEN）に登録されたデータベースと比較，日本人のアレル頻度を考慮してin silicoでの変異機能予測を行い、病原性との関わりを予測してきたが、家族解析の結果、本当に病原性の有無の評価が正しくできているのかに疑問が残り、やはりin vitro、in vivoの機能解析が必要と考えられる症例も存在した。必要な症例に関しては、今後、さらなる詳細な機能解析を検討していきたいと考えている。
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| Causes of Carryover |
今年度は、Ion Torrent PGMによるターゲット遺伝子解析を行う実験に終始したため、比較的安価な試薬・消耗品を中心に使用したため、結果的に繰越額がでることとなった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
平成28年度以降は、ターゲットシークエンスでMiSeqシステム（Illumina）でシーケンス反応による解析を進める、機能解析を行う、また必要に応じてBGIに外注するなど全エクソーム解析を進めていく予定である。
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