New strategies for treatment of the gastrointestinal stromal tumor by the high sensitivity DNA mutation diagnostic assay

2018 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15K10038
• Research Institution: Nippon Medical School
• Principal Investigator: 萩原 信敏 日本医科大学, 医学部, 講師 (00328824)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 藤田 逸郎 日本医科大学, 医学部, 講師 (10287740) ; 松谷 毅 日本医科大学, 医学部, 准教授 (50366712)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 消化管間質腫瘍

Outline of Annual Research Achievements

消化管間質腫瘍（Gastrointestinal stromal tumor：GIST）の腫瘍細胞ＤＮＡは、ホットスポット（多発域）Ｈｏｔｓｐｏｔと呼ばれるある特定領域に遺伝子変異が多く、その中でも腫瘍遺伝子変異の中で最も頻度が高いKIT遺伝子のエクソン１１の特定部位の変異に注目して、本研究をすすめてきた。
粘膜下から発生する消化管間質腫瘍は、癌と異なり内視鏡にて直接観察が不可能であるため微量な腫瘍検体から得られた腫瘍由来ＤＮＡから変異ＤＮＡを検出することを目標として、増幅効率の良い高感度かつ特異的なＡｓｓａｙを開発することを目的としてきた。
Assayの感度および定量性の検討を行うために、実際の臨床検体組織に応用する前に正常配列を含む正常配列プラスミドと変異遺伝子配列を含む変異配列プラスミドを作成した。プラスミドＤＮＡの作成により、正確な定量が可能となったため、これらのＤＮＡを標準コントロールＤＮＡとして用いて、様々なコピー数・希釈率の検体を作成して増幅等の基礎実験を行い、高感度かつ特異度も高いＡｓｓａｙ系の確立が可能であった。
最終的には、本Assayを実際のGISTの臨床検体に応用した。消化管の粘膜下に存在する腫瘍に細い針を刺して得られた微量検体から抽出した変異の有無不明なDNAを用いて、Blind testにて特異的に変異遺伝子が検出できるか実験を行った。その結果、KIT遺伝子 エクソン１１の特定の変異に対して特異的に検出可能であり、今回開発したAssayは臨床応用可能であることが確認できた。