食道癌新規治療法の確立に向けた食道癌間質ゲノムの網羅的解析

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K10080
• Research Institution: Japanese Foundation for Cancer Research
• Principal Investigator: 井田 智 公益財団法人がん研究会, その他部局等, その他 (80583038)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 馬場 祥史 熊本大学, その他の研究科, 講師 (20599708) ; 今村 裕 公益財団法人がん研究会, その他部局等, その他 (70583045) ; 渡邊 雅之 公益財団法人がん研究会, その他部局等, その他 (80254639)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: 食道癌 / CAF / ゲノム解析

Outline of Annual Research Achievements

当初の研究計画書では、食道癌切除標本より癌部・異型上皮部・正常部の組織を切り出し、細胞培養に使用する実験をまず第一に計画しておりましたが、初代培養細胞の樹立に難渋したこと、またパラフィン包埋切片からのMacro dissectionやLaser micro dissectionを用いてDNAを安定して抽出し研究を進めることができるため、後者を優先する方針と致しました。そこで、field cancerizationに強く関連すると予想される飲酒・喫煙に暴露され、食道内多発病変を有する食道癌と飲酒・喫煙歴のない食道癌の切除検体の正常食道粘膜および粘膜下の間質からDNAを抽出し、エピゲノム解析を行うことを初年度の目標としました。
これまでに蓄積した臨床検体を用いて予備実験として食道癌上皮からマクロダイセクション法にて食道扁平上皮癌部と周囲の正常扁平上皮部のDNAを抽出し、ランダムプライマーを用いたwhole genome amplification法を用いDNAを増幅しました。それらのDNAが問題なく増幅していることを電気泳動で確認しました。そのうえで14個のCIMP (CpG island methylator phenotype)のマーカーをmethylight PCRにて、すべて問題なく検出できるまでに至りました。また、同様の手法を用い、LINE-1低メチル化を測定しています。これらの相関関係、飲酒・喫煙などの嗜好歴から、14個のマーカーのうちどれが本疾患のメチル化と相関するかを現在解析中です。その結果を用いて、間質のDNAを再度抽出し、field cancerrizationの評価を行う予定です。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

食道癌切除標本より癌部・異型上皮部・正常部の組織を切り出し、細胞培養に使用する実験をまず第一に計画していたが、初代培養細胞の樹立に難渋した。そこで、次年度以降に注力する予定であった、パラフィン包埋切片からDNAを抽出しエピゲノム解析を行うことにしたため。

Strategy for Future Research Activity

本年度はがん研の大きな特徴の一つである大規模な症例および研究サンプルの蓄積を用いて、予備実験を行いました。現在、食道癌切除標本からの検体採取のシステムを確立、解析を行う体制が整いつつあります。
飲酒および喫煙を有する食道癌症例20例と飲酒および喫煙歴のない食道癌症例20例からDNAを抽出し、平成27年度に行う予定であった研究・解析を平成28年度にがん研究所と提携し遂行する計画としています。

Causes of Carryover

研究計画を変更し、予備実験を進めたため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

症例の選定、検体の採取を行うシステムが確立されつつある。
平成27年度に行う予定であった研究・解析を平成28年度にがん研究所と提携し遂行する計画としています。