2016 Fiscal Year Research-status Report
全エクソンシークエンスによる直腸癌術前放射線化学療法効果予測遺伝子の同定
| Project/Area Number |
15K10156
|
|---|
| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
|---|
Principal Investigator |
秋吉 高志 公益財団法人がん研究会, 有明病院 消化器外科, 副医長 (50625598)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
森 誠一 公益財団法人がん研究会, がん研究所 がんゲノム研究部, 主任研究員 (10334814)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
|
| Keywords | 直腸癌 / 術前放射線化学療法 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の主目的は、進行下部直腸癌に対する術前放射線化学療法(CRT)施行前の生検癌組織の全エクソンシークエンスを行うことで、CRT耐性に関わる遺伝子変異やpathwayの異常を同定し、臨床応用可能なCRT効果予測バイオマーカーを発見するための基盤研究を行うことである。
Hiseq2000を用いて術前CRT施行下部直腸癌74例のCRT施行前内視鏡生検検体(マイクロダイセクションで癌細胞を抽出）の全エクソンシークエンス解析を行い、アルゴリズムに則り体細胞性変異をコールした。ドライバー遺伝子変異、SNV、Indel、focal amplification、homozygous deletionについて、効果良好群(Dworak Tumor Regression Grade (TRG)3あるいは4)と効果不良群(TRG1)で比較し、術前CRTの効果と体細胞性変異の関係を解析した。
また、全エクソンシークエンス解析症例57例を含む104例については網羅的遺伝子発現解析を行った。ssGSEAを行い、術前CRTの効果と相関するpathwayを解析し、いくつかのpathwayがCRT効果と相関することを明らかにした。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
全エクソンシークエンスのデータから、予定通り体細胞性変異の解析を行い、結果を得ることができた。
|
| Strategy for Future Research Activity |
全エクソンシークエンスと網羅的発現解析のデータを統合的に解析し、術前CRTの効果を決定する因子についてさらに検証し、臨床応用可能な予測法の開発が可能かを明らかにする。
|
| Causes of Carryover |
エクソーム解析に多くの時間を要し、物品の購入に至らなかったため。
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
解析結果のバリデーションに必要な物品費や論文作成・学会発表費として使用する。
|
