2016 Fiscal Year Research-status Report
三次元ゲノム解析による肝内胆管癌のクローン進化と腫瘍内不均一性の解明
| Project/Area Number |
15K10170
|
|---|
| Research Institution | National Hospital Organization, Kyushu Cancer Center |
|---|
Principal Investigator |
井口 友宏 独立行政法人国立病院機構(九州がんセンター臨床研究センター), その他部局等, 肝胆膵外科 (30598959)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
|
| Keywords | 肝内胆管癌 / 腫瘍内不均一性 / 全エキソームシーケンス / RNAシーケンス / クローン進化 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
①肝内胆管癌の症例集積：肝内胆管癌の切除症例は肝癌の中では比較的割合が低く、九州大学病院別府病院外科のみならず九州大学消化器・総合外科、大阪大学消化器外科、大分県立病院、大分厚生連鶴見病院などと研究協力を行い症例集積を行った。（13症例）適格症例としては術前及び術後検査にて腫瘤形成性もしくは胆管拡張型の肝内胆管癌と診断されたもの、おおよそ径3㎝以上のもの、腫瘍中心がおおよそ肝内胆管第一分岐より末梢のもの、とした。検体は摘出後すぐに冷凍保存しそのゲノム抽出に供された。正常肝組織および複数個所の主要組織を3次元的に採取しさらに肝内胆管癌は間質成分も多いためLaser microdissectionの手法を用いて拡大観察を行いながら確実に腫瘍成分のみを採取しgenomic DNA・RNAを抽出した。
②次世代シーケンサーによるシーケンス：次世代シーケンサーIllumina Hiseq 2000プラットフォームを使用し抽出したDNA、RNAを用いて網羅的なエキソームシーケンスおよびRNAシーケンスを行った。全エキソームシーケンスは各遺伝子の塩基配列変化およびコピー数変化を検討することを目的とし、RNAシーケンスは各遺伝子の転写量の定量および異常転写産物の同定を目的とした。平成28年度において13症例70か所につきシーケンスが終了している。
③シーケンス結果の解析：シーケンスの結果を東京大学ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータを用いて解析している。全サンプルにつき遺伝子変異、コピー数変化、遺伝子発現量、異常遺伝子転写産物の同定が終了している。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
申請時の予定におおむね沿い、本年度は13症例で症例集積を終了し、そのすべてに対し申請時に記載した方法によりシーケンスを行い、解析に取り組んでいる。現在論文公表のための準備を並行して進めている。
|
| Strategy for Future Research Activity |
今後解析を引き続き進め、結果をもとに論文化を行う予定である。論文化にあたっては将来的な臨床応用の可能性を念頭に有用なバイオマーカーや治療標的となりうる遺伝子変化を中心に論述してゆく予定である。
|
-
[Journal Article] Decreased Expression of Fructose-1,6-bisphosphatase Associates with Glucose Metabolism and Tumor Progression in Hepatocellular Carcinoma.2016
Author(s)
Hirata H, Sugimachi K, Komatsu H, Ueda M, Masuda T, Uchi R, Sakimura S, Nambara S, Saito T, Shinden Y, Iguchi T, Eguchi H, Ito S, Terashima K, Sakamoto K, Hirakawa M, Honda H, Mimori K.
-
Journal Title
Cancer Res
Volume: 1;76
Pages: 3265-7
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Increased Copy Number of the Gene Encoding SF3B4 Indicates Poor Prognosis in Hepatocellular Carcinoma.2016
Author(s)
Iguchi T, Komatsu H, Masuda T, Nambara S, Kidogami S, Ogawa Y, Hu Q, Saito T, Hirata H, Sakimura S, Uchi R, Hayashi N, Ito S, Eguchi H, Sugimachi K, Maehara Y, Mimori K.
-
Journal Title
Anticancer Res
Volume: 36
Pages: 2139-44
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Integrated Multiregional Analysis Proposing a New Model of Colorectal Cancer Evolution.2016
Author(s)
Uchi R, Takahashi Y, Niida A, Shimamura T, Hirata H, Sugimachi K, Sawada G, Iwaya T, Kurashige J, Shinden Y, Iguchi T, Eguchi H, Chiba K, Shiraishi Y, Nagae G, Yoshida K, Nagata Y, Haeno H, Yamamoto H, Ishii H, Doki Y, Iinuma H, Sasaki S, Nagayama S, Yamada K,
-
Journal Title
PLoS Genet
Volume: 18;12
Pages: e1005778
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Clinical and biological significance of transcription termination factor, RNA polymerase I in human liver hepatocellular carcinoma.2016
Author(s)
Komatsu H, Iguchi T, Ueda M, Nambara S, Saito T, Hirata H, Sakimura S, Takano Y, Uchi R, Shinden Y, Eguchi H, Masuda T, Sugimachi K, Eguchi H, Doki Y, Mori M, Mimori K.
-
Journal Title
Oncol Rep
Volume: 35
Pages: 2073-80
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
-
