2015 Fiscal Year Research-status Report
口腔癌における腫瘍内不均一性の形成機序と評価法に関する研究
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15K11288
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
鵜澤 成一 東京医科歯科大学, 歯学部附属病院, 講師 (30345285)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
坂本 啓 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 講師 (00302886)
茂櫛 薫 順天堂大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60569292)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 口腔 / 癌 / 不均一性 / ゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
いまだほとんど探索されていない口腔癌発生・進展過程における癌を構成する細胞クローンの変化の解明を試みることを目的に、本年度は、まず、口腔癌原発巣と同一患者のリンパ節転移巣における構成する細胞クローンの変化について予備的解析を行った。
Ⅰ 症例の選択：本年度の研究における解析対象が具備すべき条件は、①解析に十分はDNAが採取できること②原発巣のみならずリンパ節転移巣からも十分な量が採取できること③臨床・病理組織学的データが完備していることなどが挙げられる。そのような条件に合った口腔癌原発巣および同一患者に同時性・異時性に生じたリンパ節転移巣のペアを１０ペア選択した。
Ⅱ ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルからDNAの抽出と質の評価：上記の条件に合った原発巣およびリンパ節転移巣のHE標本より、癌がなるべく多く含まれる領域を同定し、マーキングする。HE標本に隣接するFFPEよりマーキングされた部位を採取し、QIAamp DNA FFPE Tissue Kit（キアゲン）を用いてDNAを抽出する。DNAの質と量は、NanoDrop, qPCRを用いて評価した。その結果、全検体以降の解析に使用できることが判明した。
ⅢOncoscanTM FFPE Assay Kit（Affimetrix社）を用いた全ゲノムコピー数解析：全検体について、FFPEサンプルの解析に特化したOncoscanTM FFPE Assay Kit（Affimetrix社）を用いて、全ゲノムコピー数解析を行い、同一患者に生じた口腔癌原発巣とリンパ節転移巣のコピー数変化について網羅的に比較・解析した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今回の研究では、予算の関係上、原発巣と同一患者に同時性・異時性に生じたリンパ節転移巣に絞り、解析を進めてゆくこととした。シークエンス解析を進める前に、SNPアレイを用いて予備的解析を進めている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今回の研究では、予算の関係上、原発巣と同一患者に同時性・異時性に生じたリンパ節転移巣に絞り、解析を進めてゆく予定である。
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| Causes of Carryover |
平成２７年度は、本研究の初年度であるため消耗品などを節約し、解析方法を変更したため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
平成２８年度は、予定通り研究を進めてゆく予定である。
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