2016 Fiscal Year Research-status Report
Mathematical modeling of wild transcriptome and reproduction by plant factory
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15K12142
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| Research Institution | Osaka Prefecture University |
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Principal Investigator |
福田 弘和 大阪府立大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (90405358)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
徳田 功 立命館大学, 理工学部, 教授 (00261389)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 環境応答 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
野生の植物が呈する「固有の遺伝子発現パターン」は、固有の地質や気象、生態系によって形成される固有の生命状態を表し、かけがえのない生物情報である。しかし現在、この生物情報が気候変動によって急速に失われつつある。本研究では、網羅的な遺伝子発現解析（トランスクリプトーム解析）によって計測される生命状態を、人工環境システムによって再現する手法の提案と検証を目的とする。野外に自生する多年草の薬用植物を対象に、①トランスクリプトームの情報構造を数理モデルとして縮約する技術、②植物工場によってそのトランスクリプトームを再現する技術、について基礎研究を行う。本研究は産業上も有用であり、トランスクリプトームに基づいた伝統農業のデジタル継承、次世代農業（植物工場）の高度化に大きく貢献する。
H28年度は、野生の薬用植物Centella asiatica（多年生植物）を主な対象とし、同時に、モデル植物のシロイヌナズナ（1 年生植物）を副対象とすることで、本手法の「一般化」を目指した。①野外サンプリングを行い、野生トランスクリプトームと気象データを得た。②植物工場による薬用植物Centella asiaticaの栽培技術を確立した。③薬用植物Centella asiaticaのトランスクリプトーム解析の基盤（de novo シーケンシングによるリファレンス配列の取得など）を整えた。④時系列分析においては、概日リズム（24 時間周期）と季節リズム（1 年周期）に着目して分析を行うためのデータ整理を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
申請書に記載の計画通りに進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
申請書に記載の計画通りに進める。
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