• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2017 Fiscal Year Annual Research Report

Desing method of intracellular RNA-protein structure

Research Project

Project/Area Number 15K13314
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

藤田 祥彦  京都大学, iPS細胞研究所, 特定拠点助教 (60589266)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
KeywordsRNA / synthetic biology / nanotechnology
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、外部から導入したRNAと細胞内に存在するRNAやタンパク質を用い、細胞内でRNA-proteinナノ構造を形成させることで、細胞機能の制御を行うことを目的とした。特に、細胞内ナノ構造を利用した細胞特異的な細胞死を人工的に引き起こすことで、コンセプトの実証を行うことを目指した。この目的のために、RNAナノ構造の材料として、K-turnと呼ばれるRNA構造とK-turnに特異的に結合することが知られているL7Aeタンパク質を選択した。K-turnとL7Aeの結晶構造を組み合わせ、RNA-タンパク質複合体をデザインし、複合体が予想通りの構造を取ることをAFMで確認した。また、アポトーシス遺伝子であるCaspase8の多量体形成ドメインとL7Aeを入れ替えた融合タンパク質を発現させた細胞に、人工的にデザインしたK-turnをもつRNAを細胞内へ導入することで、細胞内でナノ構造体を構築し、ナノ構造上でCaspase8を多量体化さアポトーシスを誘導することに成功した。
また、細胞内分子の別のターゲットとしてmiRNAについても検討を行い、新たにmiRNAの活性に応じて翻訳が増大するmRNAスイッチの構築に成功した。蛍光タンパク質をコードしたmRNAスイッチを用いることで、HeLa細胞、293FT細胞、iPS細胞の識別に成功した。さらに、HeLa細胞と293FT細胞をモデルとして、細胞内miRNAを指標としてセルソーターを用いない細胞分離法を確立した。このmRNAスイッチはがん細胞除去や移植用の特定の細胞の取得において、ゲノムへのDNAの挿入のリスクのない安全な手法になると考えられる。

  • Research Products

    (11 results)

All 2017

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Competition between translation initiation factor eIF5 and its mimic protein 5MP determines non-AUG initiation rate genome-wide2017

    • Author(s)
      Tang Leiming、Morris Jacob、Wan Ji、Moore Chelsea、Fujita Yoshihiko、Gillaspie Sarah、Aube Eric、Nanda Jagpreet、Marques Maud、Jangal Maika、Anderson Abbey、Cox Christian、Hiraishi Hiroyuki、Dong Leiming、Saito Hirohide、Singh Chingakham Ranjit、Witcher Michael、Topisirovic Ivan、Qian Shu-Bing、Asano Katsura
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: 11941~11953

    • DOI

      10.1093/nar/gkx808

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein-driven RNA nanostructured devices that function in vitro and control mammalian cell fate2017

    • Author(s)
      Shibata Tomonori、Fujita Yoshihiko、Ohno Hirohisa、Suzuki Yuki、Hayashi Karin、Komatsu Kaoru R.、Kawasaki Shunsuke、Hidaka Kumi、Yonehara Shin、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 8 Pages: ---

    • DOI

      10.1038/s41467-017-00459-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cell-type-specific genome editing with a microRNA-responsive CRISPR?Cas9 switch2017

    • Author(s)
      Hirosawa Moe、Fujita Yoshihiko、Parr Callum?J.?C.、Hayashi Karin、Kashida Shunnichi、Hotta Akitsu、Woltjen Knut、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: e118~e118

    • DOI

      10.1093/nar/gkx309

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Synthetic mRNA devices that detect endogenous proteins and distinguish mammalian cells2017

    • Author(s)
      Kawasaki Shunsuke、Fujita Yoshihiko、Nagaike Takashi、Tomita Kozo、Saito Hirohide
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 45 Pages: e117~e117

    • DOI

      10.1093/nar/gkx298

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Safe and versatile miRNA-responsive ON switch2017

    • Author(s)
      Yoshihiko Fujita, Karin Hayashi, Hirohide Saito
    • Organizer
      THE 43rd NAITO CONFERENCE ON Noncoding RNA : Biology, Chemistry, & Diseases
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Construction of Simple miRNA responsive ON switch2017

    • Author(s)
      Yoshihiko Fujita, Hirohide Saito
    • Organizer
      第19回日本RNA学会年会
  • [Presentation] RNA合成生物学からの再生医療へのアプローチ2017

    • Author(s)
      藤田 祥彦
    • Organizer
      学長裁量経費プロジェクト 「理工医薬RNAアライアンス」主催 富山RNAワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] RNA/RNPによる医療応用へ向けたDNAフリーな遺伝子回路2017

    • Author(s)
      藤田 祥彦
    • Organizer
      ConBio2017
  • [Presentation] miRNA-responsive ON switch using non-canonical mRNA structure2017

    • Author(s)
      Yoshihiko Fujita, Karin Hayashi, Hirohide Saito
    • Organizer
      ISBC2017
    • Int'l Joint Research
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 巨核球細胞群における細胞の不均質性を識別する方法2017

    • Inventor(s)
      江藤浩之/齊藤博英/橋本一哉/藤田祥 彦/他3名
    • Industrial Property Rights Holder
      江藤浩之/齊藤博英/橋本一哉/藤田祥 彦/他3名
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2017/033518
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] miRNA 応答性マーカー遺伝子を有する mRNA ライブラリ作製法2017

    • Inventor(s)
      齊藤 博英/藤田 祥彦
    • Industrial Property Rights Holder
      齊藤 博英/藤田 祥彦
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願 2017-209406

URL: 

Published: 2018-12-17  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi