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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Spatial-Decomposition Analysis of Transport Coefficients

Research Project

Project/Area Number 15K13550
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

松林 伸幸  大阪大学, 基礎工学研究科, 教授 (20281107)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 石塚 良介  大阪大学, 基礎工学研究科, 助教 (30462196)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords輸送係数 / 自由エネルギー / 分子シミュレーション / 空間分割 / 時間相関関数 / 電気伝導度 / 粘度 / Green-Kubo式
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、空間分割した相関関数を新規に導入することで、電気伝導度のような輸送係数を局所的な空間相関の立場から解析するための理論を構築し運用する数値方法を開発することである。これまでに、イオン対のような直感にアピールする空間的概念をGreen-Kubo の厳密な時間相関関数理論に組み込むことで空間的描像と時間的描像を統合する空間分割表式を開発してきた。本年度は、3元からなるイオン液体への適用を行い、nmスケールの空間構造が電気伝導度に影響を及ぼすことを見た。また、28年度には粘性係数の空間分割表式を定式化したが、本年度は粘弾性を記述する緩和弾性率の空間分割も行い、樹脂と金属の界面に適用した。樹脂と金属の接着強度が高いときには、界面から10 nmのオーダーで樹脂の運動が抑制されより粘性的に振る舞うことを見出した。外部からの応力に対して、樹脂と金属の接着界面が流れにくくなっていることを示す結果であり、樹脂の素性を変えて接着強度を上げるための指針策定の一助となる結果である。さらに、溶質の導入に伴う水など溶媒分子の回転相関時間の応答に関する空間分割表式を開発した。これは、NMRなどで測定可能な物理量で、溶質の構造形成と破壊を特徴付ける。溶媒分子の回転相関関数を溶質からの距離の関数として空間分割し、溶質の影響の及ぶ空間範囲を決定できる定式化を行なった。典型的な疎水性溶質およびイオン溶質に対して適用し、第2水和圏までの影響が積分されてNMRなどの観測値に効くことを明らかにした。熱力学量である溶媒和自由エネルギーに対する空間分割表式も開発した。溶質に対する溶媒の2体相互作用エネルギーと相対位置の同時分布を元にする密度汎関数法であり、様々な疎水基や親水基を持つ小分子の水溶液を検討して、溶質ー溶媒間距離に対して溶媒再配向自由エネルギーが溶質ー溶媒直接相互作用より早く減衰することを示した。

  • Research Products

    (93 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 13 results) Presentation (75 results) (of which Int'l Joint Research: 18 results,  Invited: 7 results) Book (3 results)

  • [Int'l Joint Research] テンプル大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      テンプル大学
  • [Int'l Joint Research] チェコ科学アカデミー(チェコ)

    • Country Name
      CZECH
    • Counterpart Institution
      チェコ科学アカデミー
  • [Journal Article] The mechanism of salt effects on starch gelatinization from a statistical thermodynamic perspective2019

    • Author(s)
      Nicol Thomas W.J.、Isobe Noriyuki、Clark James H.、Matubayasi Nobuyuki、Shimizu Seishi
    • Journal Title

      Food Hydrocolloids

      Volume: 87 Pages: 593~601

    • DOI

      10.1016/j.foodhyd.2018.08.042

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Statistical thermodynamics of regular solutions and solubility parameters2019

    • Author(s)
      Shimizu Seishi、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      Journal of Molecular Liquids

      Volume: 273 Pages: 626~633

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2018.10.024

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Free-energy analysis of the hydration and cosolvent effects on the β-sheet aggregation through all-atom molecular dynamics simulation2019

    • Author(s)
      Masutani Keiichi、Yamamori Yu、Kim Kang、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 150 Pages: 145101

    • DOI

      10.1063/1.5088395

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatially-Decomposed Free Energy of Solvation Based on the Endpoint Density-Functional Method2019

    • Author(s)
      Ishii Yoshiki、Yamamoto Naoki、Matubayasi Nobuyuki、Zhang Bin W.、Cui Di、Levy Ronald M.
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 15 Pages: in press

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b01309

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A Molecular Thermodynamics Approach to Capture Non-specific Flavour-Macromolecule Interactions2019

    • Author(s)
      Shimizu Seishi、Abbott Steven、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      Encyclopedia of Food Chemistry

      Volume: 2 Pages: 522~527

    • DOI

      10.1016/B978-0-08-100596-5.22424-4

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Statistical thermodynamic foundation for mesoscale aggregation in ternary mixtures2018

    • Author(s)
      Shimizu Seishi、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 20 Pages: 13777~13784

    • DOI

      10.1039/c8cp01207e

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure and permeability of ionomers studied by atomistic molecular simulation combined with the theory of solutions in the energy representation2018

    • Author(s)
      Kawakami Tomonori、Shigemoto Isamu、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 148 Pages: 214903

    • DOI

      10.1063/1.5018884

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] How do hydrogen bonds break in supercooled water?: Detecting pathways not going through saddle point of two-dimensional potential of mean force2018

    • Author(s)
      Kikutsuji Takuma、Kim Kang、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 148 Pages: 244501

    • DOI

      10.1063/1.5033419

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free-energy analysis of physisorption on solid-liquid interface with the solution theory in the energy representation2018

    • Author(s)
      Yamamoto Naoki、Nakakuki Ippei、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 149 Pages: 014504

    • DOI

      10.1063/1.5027861

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Resin filling into nano-sized pore on metal surface analyzed by all-atom molecular dynamics simulation over a variety of resin and pore sizes2018

    • Author(s)
      Mori Hodaka、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      Polymer

      Volume: 150 Pages: 360~370

    • DOI

      10.1016/j.polymer.2018.06.052

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Refining evERdock: Improved selection of good protein-protein complex models achieved by MD optimization and use of multiple conformations2018

    • Author(s)
      Shinobu Ai、Takemura Kazuhiro、Matubayasi Nobuyuki、Kitao Akio
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 149 Pages: 195101

    • DOI

      10.1063/1.5055799

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and Dynamics of the Hydration Shell: Spatially Decomposed Time Correlation Approach2018

    • Author(s)
      Pluharova Eva、Jungwirth Pavel、Matubayasi Nobuyuki、Marsalek Ondrej
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 15 Pages: 803~812

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.8b00111

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Spatial‐Decomposition Analysis of Electrical Conductivity2018

    • Author(s)
      Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      The Chemical Record

      Volume: 19 Pages: 723~734

    • DOI

      10.1002/tcr.201800116

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 溶媒和概念の普遍化に基づくソフト分子集合系の物質分配機能の解析2019

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      新潟大学 理学部 コロキウム
    • Invited
  • [Presentation] 多元溶液系における輸送ダイナミクスの全原子解析2019

    • Author(s)
      石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      ESICB電池・電子論合同検討会
  • [Presentation] エネルギー表示溶液理論の開発とその応用展開2019

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      ダイセル講演会
    • Invited
  • [Presentation] 生体分子の凝集に対する共溶媒効果の全原子解析2019

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      「水和とATP エネルギー」研究会
  • [Presentation] イオン液体の輸送特性解析に最適化した分子動力学モデルの開発2019

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第84年会
  • [Presentation] 自由エネルギー解析によるポリマー/水界面へのアミノ酸アナログの吸着能評価2019

    • Author(s)
      八十島 亘宏、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第84年会
  • [Presentation] 固液界面への吸着の平衡と速度に関する分子動力学シミュレーションを用いた研究2019

    • Author(s)
      山本 直樹、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第84年会
  • [Presentation] メゾ不均一溶液における疎水溶質の溶解性と拡散性のMDによる解析2019

    • Author(s)
      原 健太、石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第84年会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いたアミロイドβ凝集の構造と自由エネルギー解析2019

    • Author(s)
      新田 孝志、増谷 佳一、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第84年会
  • [Presentation] 高効率な二成分長鎖高分子溶融体の相溶性評価手法の開発2019

    • Author(s)
      山田 一雄、松林 伸幸
    • Organizer
      日本物理学会 第74回年次大会
  • [Presentation] 粗視化分子動力学シミュレーションを用いた高分子溶融体の振動状態密度解析2019

    • Author(s)
      友重 直也、水野 英如、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      日本物理学会 第74回年次大会
  • [Presentation] ジペプチドの構造変化を記述する反応座標とコミッター2019

    • Author(s)
      森 勇介、岡崎 圭一、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      日本物理学会 第74回年次大会
  • [Presentation] エネルギー表示溶液理論の開発とソフト分子集合系への応用2019

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      日本化学会 第99春季年会
  • [Presentation] 第一原理DFT計算を用いて構築したイオン液体の非分極力場:開発と輸送物性への応用2019

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      日本化学会 第99春季年会
  • [Presentation] ポリマー/水界面へのアミノ酸アナログの吸着の自由エネルギー解析2019

    • Author(s)
      八十島 亘宏、松林 伸幸
    • Organizer
      日本化学会 第99春季年会
  • [Presentation] 溶媒効果を取り入れた分子動力学シミュレーションによる結晶界面への分子吸着のエネルギー論2019

    • Author(s)
      山本 直樹、松林 伸幸
    • Organizer
      日本化学会 第99春季年会
  • [Presentation] メゾ不均一溶液における疎水性溶質の溶解性と拡散性のMDシミュレーションにおける解析2019

    • Author(s)
      原 健太、石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      日本化学会 第99春季年会
  • [Presentation] アミロイドb凝集に関する構造および自由エネルギーの分子動力学シミュレーションを用いた解析2019

    • Author(s)
      新田 孝志、増谷 佳一、松林 伸幸
    • Organizer
      日本化学会 第99春季年会
  • [Presentation] オーダーN法を用いたMD/DFT自己無撞着法による分子力場構築2018

    • Author(s)
      石塚 良介、尾崎 泰助、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] MDシミュレーションを用いたβシート凝集の自由エネルギー解析2018

    • Author(s)
      増谷 佳一、山守 優、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] 自由エネルギー曲面の鞍点を通らない反応経路の検出:水中における水素結合破断の非アレニウス的挙動2018

    • Author(s)
      菊辻 卓真、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] ジペプチドの構造変化における反応経路と反応座標2018

    • Author(s)
      森 勇介、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションによるアミロイドβ凝集の構造およびエネルギー解析2018

    • Author(s)
      新田 孝志、増谷 佳一、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] 溶媒和自由エネルギー解析における空間分割法の導入2018

    • Author(s)
      北村 美玖、石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] メゾ不均一性をもつ3成分系とミセル系の溶解性と拡散性の比較2018

    • Author(s)
      原 健太、石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] 結晶界面への分子吸着に対して溶媒が及ぼす効果のエネルギー論2018

    • Author(s)
      山本 直樹、松林 伸幸
    • Organizer
      第21回理論化学討論会
  • [Presentation] 多元溶液系における輸送ダイナミクスの全原子解析2018

    • Author(s)
      石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      ESICB電池・電子論合同検討会
  • [Presentation] How do hydrogen bonds break in supercooled water? : Detecting pathways not going through the saddle point of two‐ dimensional potential of mean force2018

    • Author(s)
      Takuma Kikutsuji, Kang Kim, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Designer Soft Matter 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 全原子MDシミュレーションを用いた長鎖高分子の化学ポテンシャル評価の開発2018

    • Author(s)
      山田 一雄、松林 伸幸
    • Organizer
      H30年度 ポスト「京」重点課題(7) 第3回CDMSI研究会
  • [Presentation] Molecular dynamics study of water structure in contact with PMEA2018

    • Author(s)
      Nobuhiro Yasoshima, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Gemmei-Ide, and Tatsuya Ishiyama
    • Organizer
      International Symposium on Water on Materials Surface 2018 (WMS 2018)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ナノ粒子が示す流体力学的挙動の全原子分子シミュレーションによる解析2018

    • Author(s)
      金 鋼、水田 圭亮、石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      日本流体力学会 年会2018
  • [Presentation] Extended concept of solvation toward unified treatment of binding functions of molecular aggregates2018

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      33rd Computational Materials Design (CMD) Workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Effective charge of ionic liquid determined through MD/DFT self-consistent scheme2018

    • Author(s)
      Ryosuke Ishizuka and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      8th International Symposium on Molecular Thermodynamics and Molecular Simulation (MTMS '18)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 長鎖高分子化学ポテンシャルの効率的な計算手法開発とその応用2018

    • Author(s)
      山田 一雄、松林 伸幸
    • Organizer
      日本物理学会 2018年秋季大会
  • [Presentation] ナノ流体の流体力学半径に対する溶媒和構造による特徴付け2018

    • Author(s)
      水田 圭亮、石井 良樹、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      日本物理学会 2018年秋季大会
  • [Presentation] ジペプチドの構造変化を記述する反応座標の選択2018

    • Author(s)
      森 勇介、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      日本物理学会 2018年秋季大会
  • [Presentation] 高分子粗視化モデルにおけるガラス転移点でのセグメント密度2018

    • Author(s)
      友重 直也、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      日本物理学会 2018年秋季大会
  • [Presentation] 遷移状態理論から解析する過冷却水中における水素結合破断:透過係数の温度依存性と活性化エネルギーの物理的実態2018

    • Author(s)
      菊辻 卓真、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第12回分子科学討論会 2018福岡
  • [Presentation] 分子動力学法による長鎖イミダゾリウムイオン液体の小分子吸収能と輸送物性解析2018

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第50回秋季大会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いた長鎖高分子の相溶性評価手法の開発2018

    • Author(s)
      山田 一雄、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第50回秋季大会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いたポリマー系における吸水能の自由エネルギー解析2018

    • Author(s)
      半田 和也、山田 一雄、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第50回秋季大会
  • [Presentation] メゾ不均一溶媒を用いた新規可溶化システムの探索2018

    • Author(s)
      原 健太、石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第50回秋季大会
  • [Presentation] 溶媒効果を取り入れた結晶界面への分子吸着の分子動力学シミュレーションによる解析2018

    • Author(s)
      山本 直樹、松林 伸幸
    • Organizer
      化学工学会 第50回秋季大会
  • [Presentation] Free energy analysis of b-sheet aggregation by molecular dynamics simulation2018

    • Author(s)
      Keiichi Masutani, Yu Yamamori, Kang Kim, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      CBI学会2018年大会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 大規模分子シミュレーションと溶液理論の融合によるソフト分子集合系の自由エネルギー解析2018

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      第6回材料系ワークショップ ~大規模シミュレーションと機械学習の新展開~
    • Invited
  • [Presentation] 「溶ける/溶けない」から探るソフト分子集合系の物質分配機能2018

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      公益社団法人高分子学会 高分子同友会 関西勉強会
    • Invited
  • [Presentation] 溶媒和概念の普遍化に基づくソフト分子集合系の物質分配機能の解析2018

    • Author(s)
      松林 伸幸
    • Organizer
      岡山大学 大学院自然科学研究科 講演会
    • Invited
  • [Presentation] Kinetic pathways of hydrogen bonds break in supercooled water2018

    • Author(s)
      Kang Kim, Takuma Kikutsuji, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Transport properties of ionic liquids with advanced non-polarizable force fields based on first-principles calculations2018

    • Author(s)
      Yoshiki Ishii, Ryosuke Ishizuka, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of efficient calculation method of long-polymer chain’s chemical potential and its application2018

    • Author(s)
      Kazuo Yamada and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular dynamics simulation of water sorbed to poly(2-methoxyethyl acrylate)2018

    • Author(s)
      Nobuhiro Yasoshima, Nobuyuki Matubayasi, Makoto Gemmei-Ide, and Tatsuya Ishiyama
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Connecting hydrogen-bond network rearrangements and diffusional molecular motions in supercooled water2018

    • Author(s)
      Takuma Kikutsuji, Kang Kim, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Free energy analysis of amyloid aggregation by molecular dynamics simulation2018

    • Author(s)
      Keiichi Masutani, Yu Yamamori, Kang Kim, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Free-energy analysis of water absorption in polymer systems with branched structures2018

    • Author(s)
      Kazuya Handa, Kazuo Yamada, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Intermolecular interaction of water and polytetrafluoroethylene (PTFE) analyzed by molecular dynamics simulation and a theory of solutions2018

    • Author(s)
      Kensuke Kihara and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] All-atom analysis of adsorption onto a variety of crystal surfaces using MD simulation with explicit solvent2018

    • Author(s)
      Naoki Yamamoto and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of solubility and diffusivity in ternary solution with mesoscale inhomogeneity by molecular dynamics simulation2018

    • Author(s)
      Kenta Hara, Yoshiki Ishii, Seishi Shimizu, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Joint Conference of lEMLG/JMLG Annual Meeting 2018 and 41th Symposium on Solution Chemistry of Japan "Understanding of Molecular Liquids and Its Extension to New Fields"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Bl_chl 電荷解析とForce Fitting 法を用いたイオン液体の非分極力場の開発2018

    • Author(s)
      石井 良樹、石塚 良介、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いた長鎖高分子化学ポテンシャルの効率的な計算手法の開発2018

    • Author(s)
      山田 一雄、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 高分子/水界面の構造とアミノ酸吸着自由エネルギーの側鎖依存性2018

    • Author(s)
      八十島 亘宏、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 動的不均一性から探る過冷却水に内在する協調的運動2018

    • Author(s)
      菊辻 卓真、川崎 猛史、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 溶媒中ナノ粒子の流体力学挙動と溶媒和構造:物理化学と流体力学の融合による横断的解析2018

    • Author(s)
      水田 圭亮、石井 良樹、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションによるβシート凝集の自由エネルギー解析2018

    • Author(s)
      増谷 佳一、山守 優、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いた高分子における吸水能のエネルギー解析2018

    • Author(s)
      半田 和也、山田 一雄、小嶋 秀和、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションと溶液理論による水とポリテトラフルオロエチレン(PTFE)の分子間相互作用の解析2018

    • Author(s)
      木原 健輔、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 溶媒効果を取り入れた結晶界面への分子吸着の解析2018

    • Author(s)
      山本 直樹、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] メゾスケールの過渡的凝集体を形成する3成分溶媒における疎水溶質の溶解性と拡散性2018

    • Author(s)
      原 健太、石井 良樹、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いたアミロイドβ凝集に関する構造および自由エネルギー解析2018

    • Author(s)
      新田 孝志、増谷 佳一、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] 粗視化分子動力学シミュレーションを用いた高分子溶融体のガラス転移温度の解析2018

    • Author(s)
      友重 直也、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] コミッター解析を用いたジペプチドの構造異性化を記述する反応座標の選択に関する考察2018

    • Author(s)
      森 勇介、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第32回分子シミュレーション討論会
  • [Presentation] Polymer as a Medium for Water Absorption: All-Atom Analysis toward Rational Design2018

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Hong Kong-Osaka University 2nd Joint Symposium on Materials Research
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How do hydrogen bonds break in supercooled water?: Detecting pathways not going through the saddle point of two-dimensional potential of mean force2018

    • Author(s)
      Takuma Kikutsuji, Kang Kim, and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      Hong Kong-Osaka University 2nd Joint Symposium on Materials Research
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 溶液中ナノ粒子の流体力学的挙動と溶媒和構造:物理化学と流体力学の横断的解析2018

    • Author(s)
      水田 圭亮、石井 良樹、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第8回ソフトマター研究会
  • [Presentation] 粗視化分子動力学シミュレーションを用いた高分子溶融体のガラス転移温度の解析2018

    • Author(s)
      友重 直也、金 鋼、松林 伸幸
    • Organizer
      第8回ソフトマター研究会
  • [Presentation] Development of calculation method of chemical potential for long-chain polymer melt using all-atom molecular dynamics simulation2018

    • Author(s)
      Kazuo Yamada and Nobuyuki Matubayasi
    • Organizer
      ポスト「京」重点課題(7) 「次世代の産業を支える新機能デバイス・ 高性能材料の創成(CDMSI)」第4回シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Book] The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery, Chapter 3: Spatial Distribution of Ionic Hydration Energy and Hyper-Mobile Water2018

    • Author(s)
      George Mogami, Makoto Suzuki, Nobuyuki Matubayasi
    • Total Pages
      353
    • Publisher
      Springer Nature Singapore Pte Ltd.
  • [Book] The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery, Chapter 10: All-Atom Analysis of Free Energy of Protein Solvation Through Molecular Simulation and Solution Theory2018

    • Author(s)
      Nobuyuki Matubayasi
    • Total Pages
      353
    • Publisher
      Springer Nature Singapore Pte Ltd.
  • [Book] The Role of Water in ATP Hydrolysis Energy Transduction by Protein Machinery, Chapter 16: Novel Intermolecular Surface Force Unveils the Driving Force of the Actomyosin System2018

    • Author(s)
      Makoto Suzuki, George Mogami, Takahiro Watanabe, Nobuyuki Matubayasi
    • Total Pages
      353
    • Publisher
      Springer Nature Singapore Pte Ltd.

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Published: 2019-12-27  

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