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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Novel Microbial Response for Critical Metals: Genetic and Computational Analyses on the Metal-Dependent Stimulation using Metatranscriptomics in Deep-Subseafloor Biosphere

Research Project

Project/Area Number 15K14419
Research InstitutionKochi University

Principal Investigator

芦内 誠  高知大学, 教育研究部総合科学系生命環境医学部門, 教授 (20271091)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 若松 泰介  高知大学, 教育研究部総合科学系生命環境医学部門, 講師 (60597938)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywords深海底 / 難培養性微生物 / メタゲノム / レアメタルバイオロジー / 核酸スイッチ / 金属イオン吸着 / 機能性バイオ高分子
Outline of Annual Research Achievements

メタルバイオロジーが急速な発展を遂げる現代において「難培養微生物群」と産業上の重要な「レアメタル類」が共存する深海底下生命圏は、残されたフロンティアの地とされる。平成29年度研究は深海メタゲノム分析の総仕上げにあたる。まず、解析後384クローンから推定された「金属応答要素群」の大別化に成功した(論文投稿中):I群,転写制御因子に類縁のタイプ;Ⅱ群,リボスイッチ型核酸配列(c-di-GMP結合因子など);Ⅲ群,鉄イオン(バイオメタル)応答因子に類縁のタイプ;Ⅳ群,機序不明プロモータ様配列。実際、その大半は(配列相同性依存の)前世紀型分子生物学では検出困難な新情報で占められていたことからも、今回の「SIGEX」技術は、探索ベースの萌芽研究において圧倒的な優位性を示すことが分かった。但し、より先の機能/機作を応用した発展研究まで進むには、大規模データによる「メタゲノム分別」等、更なる検討の余地を残した。かかるメタゲノム分析の「弱み」を克服するため、新たな課題にも着手した。注目したのは、堆肥から深海底まで、ほぼあらゆる環境に堪える(適応できる)「超広域環境微生物」の存在で、一般土壌微生物「巨大菌」をターゲットとした。高C/N比の富栄養下で「ポリヒドロキシアルカン酸」とよばれるバイオプラスチック高分子を蓄積するが、低C/N比かつ海水にも匹敵する高塩条件に曝すと、一転して「ポリγグルタミン酸(PGA)」を生産しはじめる。外部刺激に応じて環境適応因子の代謝経路を転換する等、高度な適応戦略を備えていることを示す。レアメタルでも特に利用価値の高い「Dy」存在下ではPGAの増産に加え、菌体の増殖速度から終密度まで増大した。“レアメタル(=重金属)=毒性物質”というこれまでの構図を一変させる発見である。該PGA合成遺伝子群には上記I及びⅡ群の認識部位が融合したような興味深い制御配列も見つかった。

  • Research Products

    (24 results)

All 2018 2017

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (21 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Engineering antimicrobial coating of archaeal poly-γ-glutamate-based materials using non-covalent crosslinkages2018

    • Author(s)
      Ashiuchi Makoto、Hakumai Yuichi、Nakayama Sawami、Higashiuchi Haruna、Shimada Kosuke
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 4645 [1-9]

    • DOI

      10.1038/s41598-018-23017-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Archaeal MutS5 tightly binds to Holliday junction similarly to eukaryotic MutSγ2017

    • Author(s)
      Ohshita Koki、Fukui Kenji、Sato Mizuki、Morisawa Takashi、Hakumai Yuichi、Morono Yuki、Inagaki Fumio、Yano Takato、Ashiuchi Makoto、Wakamatsu Taisuke
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 284 Pages: 3470~3483

    • DOI

      10.1111/febs.14204

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ポリγグルタミン酸イオンコンプレックスの高機能化と強靭化2018

    • Author(s)
      島田幸育, 中山沢水, 白米優一, 芦内 誠
    • Organizer
      日本農芸化学会中四国支部 第50回例会
  • [Presentation] 放線菌バイオポリマー“ポリεリジン”のオルガノゲル化とその応用性2018

    • Author(s)
      芦内 誠
    • Organizer
      ビタミンB研究委員会 第451回記念研究協議会
  • [Presentation] “ホモキラルポリ-γ-グルタミン酸”生合成装置の分子解析と微生物工学利用2018

    • Author(s)
      芦内 誠
    • Organizer
      日本農芸化学会 産学官連携フォーラム(受賞関連企画シンポ)
    • Invited
  • [Presentation] PGAイオンコンプレックスを利用した活性炭の効率的な除菌担体化2018

    • Author(s)
      白米優一, 山口かなえ, 芦内 誠
    • Organizer
      日本農芸化学会 大会
  • [Presentation] “ホモキラルポリ-γ-グルタミン酸”生合成装置の分子解析と微生物工学利用2017

    • Author(s)
      芦内 誠
    • Organizer
      日本農芸化学会中四国支部 第48回例会(受賞記念講演)
    • Invited
  • [Presentation] アーキア由来機能未知MutSホモログMutS5のDNA結合特異性解析2017

    • Author(s)
      大下紘貴, 福井健二, 佐藤瑞希, 森澤高至, 白米優一, 諸野祐樹, 稲垣史生, 矢野貴人, 芦内 誠, 若松泰介
    • Organizer
      日本農芸化学会中四国支部 第48回例会
  • [Presentation] Screening of metal-ion inducible genes from subseafloor sedeiments of Nankai Trouph using substrate-induced gene expression method2017

    • Author(s)
      Takashi Morisawa, Yuki Morono, Takeshi Terada, Satomi Nishikawa, Koki Ohshita, Fumio Inagaki, Makoto Ashiuchi, Taisuke Wakamatsu
    • Organizer
      JpGU-AGU Joint Meeting 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新素材ポリγグルタミン酸デカリニウム(PGA/DEQ)を基礎とした機能性向上に寄与する骨格構造の検討2017

    • Author(s)
      白米優一, 東内遥菜, 芦内 誠
    • Organizer
      日本生化学会中国四国支部 第58回例会
  • [Presentation] 納豆菌由来γ‐グルタミル加水分解酵素:構造と機能、その応用2017

    • Author(s)
      白米優一, 芦内 誠
    • Organizer
      酵素補酵素研究会
  • [Presentation] MutS5はHoliday junction DNAなど分岐鎖DNAと強く結合する2017

    • Author(s)
      大下 紘貴, 福井 健二, 佐藤 瑞希, 森澤高至, 溝渕早紀, 美濃部 亜衣, 白米優一, 諸野祐樹, 稲垣史生, 矢野 貴人, 芦内 誠, 若松泰介
    • Organizer
      日本蛋白質科学会 年会
  • [Presentation] 基質誘導遺伝子発現解析法を用いた南海トラフ海底下コア試料からの金属イオン応答遺伝子の取得2017

    • Author(s)
      森澤高至, 若松泰介, 二神泰基, 寺田武志, 西川聡美, 大下紘貴, 稲垣史生, 芦内 誠, 諸野祐樹
    • Organizer
      環境微生物系学会 合同大会2017
  • [Presentation] Enzymatic processing and genetic engineering for stereo-regular poly-γ-D-glutamate production2017

    • Author(s)
      Yuichi Hakumai, Hisaaki Nakamura, Makoto Ashiuchi
    • Organizer
      The International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 極限環境微生物の新奇ホモキラルポリ-γ-グルタミン酸合成システム2017

    • Author(s)
      芦内 誠, 白米優一, 福永 愛
    • Organizer
      日本生物工学会 大会
  • [Presentation] グリーンオルガノゲルの創製と応用2017

    • Author(s)
      白米優一, 芦内 誠
    • Organizer
      日本生物工学会 大会
  • [Presentation] ポリεリジンを基礎とするプラスチック新素材に見いだされたオルガノゲル特性2017

    • Author(s)
      白米優一, 芦内 誠
    • Organizer
      第66回高分子討論会(依頼・指名)
  • [Presentation] ポリγグルタミン酸イオンコンプレックスによる微生物制御2017

    • Author(s)
      芦内 誠
    • Organizer
      日本食品微生物学会 総会
    • Invited
  • [Presentation] 極限環境微生物のポリγグルタミン酸を利用した超耐久性抗菌ポリマーの創製2017

    • Author(s)
      白米優一, 中山沢水, 東内遥菜, 芦内 誠
    • Organizer
      日本農芸化学会関西・中四国・西日本支部 合同大会
  • [Presentation] ホモキラルポリγグルタミン酸の高機能材料化、及びそれを利用した微生物増殖の制御2017

    • Author(s)
      白米優一, 中山沢水, 東内遥菜, 芦内 誠
    • Organizer
      第2回黒潮カンファレンス
  • [Presentation] 巨大ウイルスの持つDNAミスマッチ修復タンパク質2017

    • Author(s)
      福井健二, 若松泰介, 大下紘貴, 森澤高至, 白米優一, 諸野祐樹, 武村政春, 芦内 誠, 矢野貴人
    • Organizer
      生命科学系学会 合同年次大会
    • Invited
  • [Presentation] ホモキラルポリγグルタミン酸によるレアメタル協同吸着現象の熱応答挙動2017

    • Author(s)
      白米優一, 河本友輝, 芦内 誠
    • Organizer
      生命科学系学会 合同年次大会
  • [Presentation] バイオで作るキラルナイロンの先端機能材料化2017

    • Author(s)
      芦内 誠
    • Organizer
      日本農芸化学会 Visionary 農芸化学100 シンポジウム
    • Invited
  • [Book] 未来の資源に向かって―高知大学におけるレアメタルをキーワードとした研究について―2018

    • Author(s)
      高知大学「レアメタル」プロジェクト研究研究メンバー(芦内 誠、若松泰介共著)
    • Total Pages
      163
    • Publisher
      (有)中島出版
    • ISBN
      4-904191-10-2

URL: 

Published: 2019-12-27  

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