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2015 Fiscal Year Research-status Report

縦列反復配列の正確な塩基配列決定

Research Project

Project/Area Number 15K14435
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

古賀 章彦  京都大学, 霊長類研究所, 教授 (80192574)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Keywords塩基配列 / バイオテクノロジー / 反復配列
Outline of Annual Research Achievements

縦列反復配列(特定の配列の繰り返し)の塩基配列の決定で、既存の方法では、高い正確性は期待できない。シーケンスリード(素データとなる短い配列)をつないでコンティグ配列(長い領域に渡って予想される配列)を組む際に、ほぼまたは完全に同一の配列が頻出し、つながりの判定が困難であるためである。研究代表者は、テンプレートに人為的に変異を導入することでつながりの判定を容易にすることを考案した。この過程を組み込んで、縦列反復配列の塩基配列を正確に決定する方法を開発することが、本課題の目的である。
人為的な変異の導入には、DNA修復に関する遺伝子に欠損があって塩基置換を起こしやすいバクテリア株を、使用する。このバクテリアをホストとして、調べるべきクローンを挿入したプラスミドを複製させた後、プラスミドを回収する。本課題の目的のためには、培養の間に導入される変異の量が、コンティグ配列の作成に最低限必要な程度となることが必要である。それを超えると最終的な結果の信頼性が下がるためである。平成27年度は、そのような条件を選定するための作業を行った。種々の培養温度や培養時間でクローンを回収し、一部について塩基配列を調べた。これを繰り返して、条件を徐々にせばめた。年度末の時点で、条件がおおまかに絞られたという状況にある。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2年の期間のうちの1年目は条件の検討に費やすことを、当初から予定している。この予定のとおりにすすんでいる。

Strategy for Future Research Activity

次年度は、条件をさらに絞り込んだ後、これを実際のクローンに適用してクローン全域の塩基配列を調べることを、予定している。同時に、既存の方法での測定も行い、正確さをを比較する。新規方法が正確さで勝っていれば、本課題の目的の達成となる。

Causes of Carryover

実験法の向上には常に注意を払っており、不要な工程を省く、薬品をより少量ですませるなどの工夫を、重ねている。時間と労力と資金を効率よく使うためである。この効果があり、資金に剰余が生じた。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度の作業で想定外の停滞が生じることは、十分にあり得る。そのような場合に、追加で必要になる作業に使用する。

  • Research Products

    (5 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] カセサート大学(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      カセサート大学
  • [Journal Article] CENP-B box, a nucleotide motif involved in centromere formation, occurs in a New World monkey2016

    • Author(s)
      Suntronpong A, Kugou K, Masumoto H, Srikulnath K, Ohshima K, Hirai H, *Koga A
    • Journal Title

      Biology Letters

      Volume: 12 Pages: 20150817

    • DOI

      10.1098/rsbl.2015.0817

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] CENP-B box is likely to confer a selective advantage on its host organism2015

    • Author(s)
      Suntronpong A, 久郷和人、舛本寛、平井啓久、古賀章彦
    • Organizer
      第87回日本遺伝学会大会
    • Place of Presentation
      東北大学川内キャンパス(仙台市)
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-26
  • [Presentation] Higher-order repeat structure in centromere-region satellite DNA occurs in a wide range of primates2015

    • Author(s)
      Koga A, Hirai Y, Sujiwattanarat P, Thapana W, Baicharoen S, Srikulnath K, Hirai H
    • Organizer
      The 5th Asian Chromosome Colloquium
    • Place of Presentation
      カセサート大学(タイ王国)
    • Year and Date
      2015-04-29 – 2015-05-01
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] ヒトと類人猿に見られる非コードDNAの大きな違い(小林武彦編「ゲノムを司るインターメア:非コードDNAの新たな展開」の第15章)2015

    • Author(s)
      古賀章彦
    • Total Pages
      12
    • Publisher
      化学同人

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-02-16  

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