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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Study of prototype histone codes for plant light/dark responses

Research Project

Project/Area Number 15K14539
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

田中 寛  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (60222113)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 瀧 景子  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 研究員 (50332284)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2017-03-31
Keywords光環境応答 / 原始紅藻 / ヒストンコード / 翻訳後修飾 / 転写調節 / Cyanidioschyzon merolae
Outline of Annual Research Achievements

最終年度の研究で、まずシゾン細胞からのヒストン抽出条件を検討した。初年度の研究ではフィコビリゾーム等、色素タンパク質の混入が問題となっていたが、酸性条件での抽出を検討することにより純度の高い標品を得ることができた。この条件でヒストン画分を明条件と暗条件で培養したシゾンから抽出し、MALDI-TOF-MSにかけることで予想されるH4,H2B、H3と一致したMSピークの検出に成功した。また、明条件サンプルには、付加的なピークも観察され、これらの同定が今後の課題である。暗条件から明条件に移すことで多数の遺伝子転写が活性化されることは既に観察されていることから、転写活性化と対応している可能性がある。今後はこれらのピークの同定をすすめ、修飾の詳細を検討する予定である。
特異的な抗体で検出できたヒストン修飾については、これまでにH3K4me3、H3K9me2、H3K9Acの3種について光環境変化に関連した変化が観察された。
1)H3K4me3については連続明条件での培養で検出され、暗条件に移すと数時間で低下、また再び明条件に移すと2時間程度での増加が観察された。H3K4me3はTrx複合体によるメチル化修飾とされ、一般に転写活性化に対応するヒストン修飾と考えられている。この修飾が実際に明条件で促進されることは光転写活性化の観点から興味深い。2)H3K9me2については、H3K4me3とは逆に暗所での増加が観察された。この位置のメチル化は転写抑制のマークであることが知られており、暗所での転写抑制に関わる可能性が示唆される。3)H3K9Acは明所から暗所への移行後に増加することが示されたが、連続明所での培養でも細胞分裂期(M期)に検出シグナルが増加することが判明した。他の生物では特にH3K9AcとM期の関連が示された例はなく、その関連性の理解にはさらなる解析が必要と考えられた。

  • Research Products

    (26 results)

All 2017 2016

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Conserved two-component Hik34-Rre1 module directly activates heat-stress inducible transcription of major chaperone and other genes in Synechococcus elongatus PCC 79422017

    • Author(s)
      Ikki Kobayashi, Satoru Watanabe, Yu Kanesaki, Tomohiro Shimada, Hirofumi Yoshikawa and Kan Tanaka
    • Journal Title

      Mol. Microbiol.

      Volume: 104 Pages: 260-277

    • DOI

      10.1111/mmi.13624

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Construction of a rapamycin-susceptible strain of the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae for analysis of target of rapamycin (TOR) function2017

    • Author(s)
      Sousuke Imamura, Keiko Taki and Kan Tanaka
    • Journal Title

      J. Gen. Appl. Microbiol.

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Identification of YbhA as the pyridoxal 5′-phosphate (PLP) phosphatase in Escherichia coli: Importance of PLP homeostasis on the bacterial growth2017

    • Author(s)
      Ryota Sugimoto, Natsumi Saito, Tomohiro Shimada and Kan Tanaka
    • Journal Title

      J. Gen. Appl. Microbiol.

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Eyespot-dependent determination of the phototactic sign in Chlamydomonas reinhardtii2016

    • Author(s)
      Noriko Ueki, Takahiro Ide, Shota Mochiji, Yuki Kobayashi, Ryutaro Tokutsu, Norikazu Ohnishi, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Kan Tanaka, Jun Minagawa, Toru Hisabori, Masafumi Hirono, and Ken-ichi Wakabayashi
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 113 Pages: 5299-5304

    • DOI

      10.1073/pnas.1525538113

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcription factor DecR (YbaO) controls detoxification of L-cysteine in Escherichia coli.2016

    • Author(s)
      Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, and Akira Ishihama
    • Journal Title

      Microbiology

      Volume: 162 Pages: 1698-1707

    • DOI

      doi: 10.1099/mic.0.000337

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Use of a Bacterial Luciferase Monitoring System to Estimate Real-time Dynamics of Intracellular Metabolism in Escherichia coli2016

    • Author(s)
      Tomohiro Shimada and Kan Tanaka
    • Journal Title

      Appl. Environ. Microbiol.

      Volume: 82 Pages: 5960-5968

    • DOI

      10.1128/AEM.01400-16

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcriptional regulation of tetrapyrrole biosynthetic genes explains abscisic acid-induced heme accumulation in the unicellular red alga Cyanidioschyzon merolae2016

    • Author(s)
      Yuki Kobayashi and Kan Tanaka
    • Journal Title

      Front. Plant Sci.

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.3389/fpls.2016.01300

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Extraction and Measurement of Abscisic Acid in a Unicellular Red Alga Cyanidioschyzon merolae2016

    • Author(s)
      Yuki Kobayashi and Kan Tanaka
    • Journal Title

      Bio-protocol

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      10.21769/BioProtoc.2033

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 好塩性古細菌およびシアノバクテリアに保存された新規 ビオチン生合成酵素の機能解析2017

    • Author(s)
      ○大石恵太、清水 哲、小林一幾、富田武郎、田中 寛、葛山智久、西山 真
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学
    • Year and Date
      2017-03-20 – 2017-03-20
  • [Presentation] 大腸菌におけるエネルギー代謝の切り替え機構2017

    • Author(s)
      ○島田友裕、田中寛
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学
    • Year and Date
      2017-03-20 – 2017-03-20
  • [Presentation] 枯草菌 FoF1 ATP 合成酵素活性調節の生理的意義の解明2017

    • Author(s)
      ○赤沼元気、澤田真帆、多賀名智明、島田友裕、田中寛、大坂夏木、吉川博文、河村富士夫、山田康之
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学
    • Year and Date
      2017-03-19 – 2017-03-19
  • [Presentation] 単細胞紅藻Cyanidioschyzon merolaeにおける多重遺伝子変異系の開発2017

    • Author(s)
      ○竹村時空、小林勇気、今村壮輔、田中寛
    • Organizer
      第58回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(郡元キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-18 – 2017-03-18
  • [Presentation] 紅藻Cyanidioschyzon merolaeにおけるABAシグナル伝達の解析2017

    • Author(s)
      ○小林勇気、田中寛
    • Organizer
      第58回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(郡元キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-18 – 2017-03-18
  • [Presentation] 大腸菌におけるピリドキサール-5’-リン酸の恒常性における脱リン酸化酵素 YbhA の役割2017

    • Author(s)
      杉本良太、斎藤菜摘、島田友裕、田中寛
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
    • Place of Presentation
      京都女子大学
    • Year and Date
      2017-03-18 – 2017-03-18
  • [Presentation] タイリングアレイによる原始紅藻シゾンの窒素応答転写因子CmMYB1の転写ターゲットの網羅的解析2017

    • Author(s)
      ○瀧景子、曾根俊之、墨谷暢子、神崎陸、宮城島進也、今村壮輔、田中寛
    • Organizer
      第58回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(郡元キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-17
  • [Presentation] Biochemical characterization of tetrapyrrole binding pentatricopeptide-repeat (PPR) proteins in plastids2017

    • Author(s)
      ○Awasthi Saumya, Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, Nobuyoshi Mochizuki, Tatsuru Masuda
    • Organizer
      第58回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(郡元キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-16
  • [Presentation] 単細胞紅藻C. merolaeのレトログレードシグナルに依存した転写制御2017

    • Author(s)
      ○大原ひかる、安藤洸幸、小林勇気、今村壮輔、田中寛、五十嵐雅之、内海龍太郎、華岡光正
    • Organizer
      第58回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(郡元キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-16
  • [Presentation] シアノバクテリアSynechococcus elongatus PCC 7942における強光応答の生物時計依存的な調節2017

    • Author(s)
      ○鶴巻達大、田中寛
    • Organizer
      第58回 日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(郡元キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-16
  • [Presentation] 大腸菌をモデルとしたエネルギー獲得代謝の切替え機構の解析2017

    • Author(s)
      ○田中 寛
    • Organizer
      第11回 日本ゲノム微生物学会年会・シンポジウム「微生物と代謝のフロンティア研究」
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学(湘南藤沢キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-04 – 2017-03-04
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌における低濃度翻訳阻害剤が引き起こす低温応答性遺伝子群の発現制御機構2017

    • Author(s)
      ○川上賢佑、島田友裕、田中寛
    • Organizer
      第11回 日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学(湘南藤沢キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-03 – 2017-03-04
  • [Presentation] 単細胞紅藻シゾンにおける核遺伝子の光転写活性化機構の解析2017

    • Author(s)
      ○吉川瞳子、小林勇気、瀧景子、今村壮輔、田中寛
    • Organizer
      第11回 日本ゲノム微生物学会年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学(湘南藤沢キャンパス)
    • Year and Date
      2017-03-03 – 2017-03-04
  • [Presentation] 単細胞紅藻 Cyanidioschyzon merolae の構成的プラ スミドトと抗生物質耐性マーカーの開発2016

    • Author(s)
      ◯大沼みお, 藤原崇之, 井元祐太, 黒岩晴子, 宮城島 進也, 田中寛, 黒岩常祥
    • Organizer
      日本植物学会第80回大会
    • Place of Presentation
      沖縄コンベンションセンター
    • Year and Date
      2016-09-16 – 2016-09-19
  • [Presentation] Conserved response regulators, RpaA and RpaB, coordinate circadian clock and high light response in cyanobacteria2016

    • Author(s)
      ◯Tatsuhiro Tsurumaki and Kan Tanaka
    • Organizer
      Finnish-Japanese Symposium 2016
    • Place of Presentation
      Lapland Hotel Riekonlinna, Saariselka, Finland
    • Year and Date
      2016-09-08 – 2016-09-08
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Conserved Transcriptional Framework for Light Acclimation Processes: From Cyanobacteria to Chloroplasts2016

    • Author(s)
      Ikki Kobayashi, Tatsuhiro Tsurumaki, Rumi Suzuki and ◯Kan Tanaka
    • Organizer
      Finnish-Japanese Symposium 2016
    • Place of Presentation
      Lapland Hotel Riekonlinna, Saariselka, Finland
    • Year and Date
      2016-09-08 – 2016-09-08
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] シアノバクテリアから葉緑体へ:共生進化を光環境応答から見る2016

    • Author(s)
      ○田中 寛
    • Organizer
      日本進化学会第18回東京大会・シンポジウムS6:植物の進化
    • Place of Presentation
      東京工業大学(大岡山)
    • Year and Date
      2016-08-26 – 2016-08-26
    • Invited
  • [Presentation] シアノバクテリアSynechococcus elongatus PCC 7942における生物時計と強光応答の関係性2016

    • Author(s)
      ○鶴巻達大、田中 寛
    • Organizer
      第7回日本光合成学会年会
    • Place of Presentation
      東京理科大学(葛飾キャンパス)
    • Year and Date
      2016-05-27 – 2016-05-28

URL: 

Published: 2018-01-16  

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