2016 Fiscal Year Research-status Report
好気性真核生物から嫌気性真核生物への進化におけるスナップショットと多様性の解明
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15K14591
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
神川 龍馬 京都大学, 地球環境学堂, 助教 (40627634)
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2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 酸素 / トランスクリプトーム / ミトコンドリア |
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度に得られたトランスクリプトーム解析に加え、さらに再現性をとるために同様のトランスクリプトーム解析を嫌気および好気培養細胞を用いて行った。嫌気2サンプル、好気2サンプルの計4サンプルすべてのデータを用いてアッセンブルを行い、コンティグを得た。コンティグに対し、リードを再マッピングし、嫌気でより発現している遺伝子および嫌気では発現が抑えられている遺伝子を同定した。
さらに、このように酸素の有無で発現量が異なる遺伝子がコードするタンパク質データセットから、ミトコンドリア標的配列を検出した。今回の解析ではピルビン酸：フェレドキシン酸化還元酵素やピルビン酸：ギ酸リアーゼなどが嫌気条件でより発現し、ミトコンドリアで機能するタンパク質として同定された。
これらのうち、いくつかのタンパク質配列におけるN末端配列をGFPのN末端へ結合させたリコンビナントタンパク質を酵母細胞内で発現させた。その結果、ミトコンドリア局在を示し、同定された嫌気条件特異的タンパク質がミトコンドリア内で機能していることが示唆された。現在、これらの遺伝子が関与する代謝経路の全体像を把握するため、トランスクリプトームデータの精査と遺伝子探索を行っている。
また、昨年度単離した嫌気性真核生物2種から抽出したRNAを用いてトランスクリプトーム解析を行った。現在、本種における嫌気環境でのエネルギー生産機構の推定をトランスクリプトームベースで行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定通り、再現性のあるトランスクリプトームデータから定量的な比較解析ができた。また、予定通りミトコンドリア局在タンパク質の推定ができている。
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| Strategy for Future Research Activity |
研究計画通りに進展しているため、大幅な変更は必要ない。今後も研究計画通りに進めていく。
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[Journal Article] Organelles that illuminate the origins of Trichomonas hydrogenosomes and Giardia mitosomes2017
Author(s)
Leger M, Kolisko M, Ryoma Kamikawa, Stairs CW, Kume K, Cepicka I, Silberman JD, Andersson JO, Xu F, Yabuki A, Zhang Q, Takishita K, Inagaki Y, Simpson AGB, Hashimoto T, Roger AJ
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Journal Title
Nature Ecology and Evolution
Volume: 1
Pages: 0092
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Presentation] Rare loss of the Calvin Benson cycle in non-photosynthetic plastids2016
Author(s)
Ryoma Kamikawa, Zauner S, Moog D, Tanifuji G, Ishida KI, Mayama S, Hashimoto T, Archibald JM, Maier UG, Miyashita H,Inagaki Y
Organizer
ICES2016 Kyoto
Place of Presentation
京都府立大学
Year and Date
2016-09-10 – 2016-09-14
Int'l Joint Research
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