2015 Fiscal Year Research-status Report
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15K14850
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
中尾 亮 北海道大学, (連合)獣医学研究科, 特任助教 (50633955)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 原生生物 / アメーバ / メタゲノム / 共生微生物 / 細菌叢 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、環境中に生息するアメーバ等の原生生物が「病原体の自然界での潜伏」と「環境菌から病原菌への進化」において、重要な役割を担うのではないかとの仮説を立て検証する。感染症流行地の材料を用い、病原体と原生生物の相互関係を解明することで、感染症の発生予測・予防対策に資する知見を得ることを目的とする。今年度はタイ王国マヒドン大学シリラート病院の研究グループと共同で、Burkholderia pseudomalleiが病原体となる類鼻疽が流行するタイ中部の農村地帯において、環境水および土壌を採取した。採取した土壌は滅菌水中に溶かし、環境水とともに複数種類のポアサイズのフィルターで減圧濾過を行った。各フィルターからゲノムDNAを抽出し、16SリボソーマルRNA遺伝子および18SリボソーマルRNA遺伝子の超可変領域をPCRにより増幅した。増幅産物は両端にインデックスを付加後、MiSeq Reagent Kits v3試薬を用いてIllumina MiSeqで塩基配列を解読した。得られた配列は、16SリボソーマルRNA遺伝子データベースと照合し、細菌属を特定した。これまでの解析から、ほとんどのサンプルでGammaproteobacteriaおよびBetaproteobacteriaが最優占種として検出された。また、今回サンプリングした一部のサンプルでBurkholderia属が含まれることを確認した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
マヒドン大学シリラート病院の研究グループとの共同研究が計画通り開始された。環境水および土壌の採集に関しても問題なく行えた。一方で、共同研究先の研究関連機器の都合上、解析可能サンプル数が当初の想定より少なくなった。また、18SリボソーマルRNA遺伝子のアノテーションに関しては、解析パイプラインの構築が課題となった。
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| Strategy for Future Research Activity |
18SリボソーマルRNA遺伝子のデータベースを新たに構築し、初年度に得られたアンプリコン解析データについて、原虫生物叢の特定を行う。その後、細菌群の検出データと原生生物群の検出データを用いて相関解析を行い、関連する細菌―原生生物間の関係性を抽出する。Burkholderia属との関連性が示された原生生物が特定された場合、類鼻疽流行地において再度サンプリングを行い、FISH法による原生生物とBurkholderia属との局在解析、および原生生物の分離および培養を試みる。
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| Causes of Carryover |
研究計画段階では、ザンビア共和国における環境水および土壌の採集が予定されていた。しかしながら、相手国カウンターパートとの日程調整の結果、サンプリングは次年度に行うこととなった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
ザンビア共和国への渡航費およびサンプリングに関わる経費として使用する。
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