2016 Fiscal Year Research-status Report
網羅的メチル化解析法を用いたヒトインプリンティング異常症発症機序の解明
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15K15096
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| Research Institution | National Center for Child Health and Development |
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Principal Investigator |
鏡 雅代 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 分子内分泌研究部, 室長 (70399484)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中林 一彦 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 周産期病態研究部, 室長 (10415557)
松原 圭子 国立研究開発法人国立成育医療研究センター, 分子内分泌研究部, 研究員 (90542952)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | インプリンティング / DNAメチル化 / アレイ / 網羅的 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
研究２年目の本年度は、これまでのInfinium HumanMethylation450 BeadChip (Illumina)でのデータ解析に加え、新製品であるEPICを用いての網羅的メチル化解析も開始した。EPICは８５万プローブが掲載されており、これまでの４５万に比べより多くの領域の解析が可能となった。本年度は研究初年度から継続してInfinium HumanMethylation450 BeadChip によるデータ取得および、得られたデータの解析、論文化を進めた。先行研究と合わせて１５０名以上のインプリンティング異常症検体のデータが得られた。そのうち我々がこれまで研究を進めてきた１４番染色体インプリンティング異常症であるTemple症候群およびKagami-Ogata症候群のエピ変異症例において網羅的メチル化解析結果について論文化した。これらの解析では、血液に加え頬粘膜からのDNAを用いて、750のDifferentially methylated region (DMR: 親由来にCpG配列のメチル化修飾状態が異なる領域）のメチル化状態を検討し、Temple症候群症例で責任DMR以外のメチル化異常を示すMutilocus imprinting disturbance: MLID)を世界で初めて同定し、報告した (Kagami et al. Genetics in Medicine, 2017)。これはインプリンティング異常症の頬粘膜と血液由来のメチル化状態を比較するビーズアレイを用いた初めての検討である。さらに、分担研究者の松原が、ビーズアレイを用いた効果的ね解析プログラムを開発した。加えて、解析用のコントロールのEPICでのデータ取得も進め、来年度はこれを用いて、取得済みのアレイデータ（Infinium HumanMethylation450 BeadChip およびEPIC) について全ゲノム領域を対象とした解析を進める。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
これまで当研究室で集積したさまざまなインプリンティング異常症症例の検体を用いたメチル化アレイデータの取得を多いに行った。さらに、これらの効率的な解析用のプログラムも開発できた。希少疾患である１４番染色体インプリンティング異常症（Temple症候群、Kagami-Ogata症候群）のエピ変異症例の初めてのメチル化解析結果を論文化することもでき、成果も十分にでていると考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は我々が開発した解析プログラムを用いて、インプリンティング領域以外のメチル化状態を明らかとしていく。特に構造異常を伴ったインプリンティング異常症症例で、インプリンティング領域以外のメチル化が異常を示している症例を同定しおり、インプリンティング領域と相互作用する遺伝子群の同定を目指す。
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| Causes of Carryover |
学会が東京であったことから旅費が不要であった。beadchip methylation arrayが異なった研究費で以前に購入していたものでまかなうことができた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
余剰分は、次年度は論文化予定であることから、投稿料にあてたい。
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| Remarks |
遺伝子解析を依頼され、解析結果について論文にまとめた
Luk HM et al. Silver-Russell syndrome in a patient with somatic mosaicism for upd(11)mat identified by buccal cell analysis. Am J Med Genet A. 2016. 170(7):1938–1941.
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Research Products
(19 results)
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[Journal Article] Temple syndrome: comprehensive molecular and clinical findings in 32 Japanese patients.2017
Author(s)
Kagami M, Nagasaki K, Kosaki R, Horikawa R, Naiki Y, Saitoh S, Tajima T, Yorifuji T, Numakura C, Mizuno S, Nakamura A, Matsubara K, Fukami M, Ogata T.
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Journal Title
Genet Med.
Volume: 19
Pages: 1356-1366
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Complex Genomic Rearrangement within the GNAS Region Associated with Familial Pseudohypoparathyroidism Type 1b.2016
Author(s)
Nakamura A, Hamaguchi E, Horikawa R, Nishimura Y, Matsubara K, Sano S, Nagasaki K, Matsubara Y, Umezawa A, Tajima T, Ogata T, Kagami M, Okamura K, Fukami M.
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Journal Title
J Clin Endocrinol Metab.
Volume: 101
Pages: 2623-2627.
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Sporadic pseudohypoparathyroidism type-1b with asymptomatic hypocalcemia.2016
Author(s)
Goto M, Yamamoto Y, Ishii M, Nakamura A, Sano S, Kagami M, Fukami M, Saito R, Araki S, Kubo K, Kawagoe R, Kawada Y, Kusuhara K.
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Journal Title
Pediatr Int.
Volume: 58
Pages: 1229-1231.
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Chromosome 6q24 methylation defects are uncommon in childhood-onset non-autoimmune diabetes mellitus patients born appropriate- or large-for-gestational age.2016
Author(s)
Okuno M, Yorifuji T, Kagami M, Ayabe T, Urakami T, Kawamura T, Kikuchi N, Yokota I, Kikuchi T, Amemiya S, Suzuki J, Ogata T, Sugihara S, Fukami M; Japanese Study Group of Insulin Therapy for Childhood and Adolescent Diabetes (JSGIT).
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Journal Title
Clin Pediatr Endocrinol.
Volume: 25
Pages: 99-102.
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Comprehensive clinical studies in 30 patients molecularly diagnosed with Temple syndrome2016
Author(s)
Masayo Kagami, Keisuke Nagasaki, Rika Kosaki, Horikawa Reiko, Yasuhiro Naiki, Shinji Saitoh, Toshihiro Tajima, Akie Nakamura, Keiko Matsubara, Maki Fukami, Tsutomu Ogata
Organizer
第50回日本小児内分泌学会学術集会・第9回アジア太平洋小児内分泌学会
Place of Presentation
東京
Year and Date
2016-11-19
Int'l Joint Research
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