Development of Diagnostic methods for detection of breast cancer using cell free DNA

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15K15187
• Research Institution: University of Tsukuba
• Principal Investigator: 野口 恵美子 筑波大学, 医学医療系, 教授 (40344882)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 坂東 裕子 筑波大学, 医学医療系, 准教授 (00400680)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: セルフリーDNA / 乳がん

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、乳癌患者の血中遊離DNA(cell free DNA, cfDNA)の変異を次世代シークエンサーで同定し、予後との関連を検討することを目的とした。
乳癌と診断され、筑波大学附属病院へ通院中の患者を対象とした。本研究は筑波大学附属病院の倫理委員会の承認を経て行われた。得られた血漿からCell free DNAをQIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany)を用いて抽出した。その後、TP53遺伝子を標的遺伝子とした、血中遊離DNAの変異同定を行った。その際、実験プラットフォームとしてIon PGM (Thermo Fisher Scientific Inc. , Waltham, Massachusetts) を使用した。得られたデータはIon Reporter (Thermo Fisher Scientific Inc. ) を用い、TP53遺伝子における体細胞変異の検出を行った。得られた変異のうち、アレル頻度20％以下の変異のみを検討した。
cfDNAは健常人でも少量存在するが、癌により増加することが知られている。本研究の対象者においても一部のサンプルで高値（1000ng/ml以上）のものが確認された。TP53遺伝子においては、２つの体細胞変異（cosmicに既登録）のものが、複数の患者で検出された。そのうちの一つはSIFT, Polyphen2を用いたin silico解析において、TP53の機能に影響を及ぼす変異であることが予測された。今後予後との関連を詳細に解析することによりバイオマーカーとしての可能性が期待できる。