炎症性腸疾患の病態を修飾する腸内ウイルス叢を解明するメタゲノム解析

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K15289
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 飯田 宗穂 金沢大学, 医学系, 助教 (40705604)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 北村 和哉 金沢大学, 大学病院, 助教 (00579633)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: メタゲノム / ウイルス

Outline of Annual Research Achievements

健常者10名、潰瘍性大腸炎患者10名の便からDNAを抽出しwhole genome shotgun シーケンシング用のライブラリを作成した。ライブラリのサイズを確認の後にイルミナMIseqを用いてシーケンシングを行った。得られたリードからquality control、ヒトゲノム配列リードの除去、PCR複製の除去を行った。各サンプル100万リード以上が得られ、これを用いてMetavir2にて存在するウイルス配列の解析を行った。健常者群と潰瘍性大腸炎群のウイルス配列の比較を行い、有意に異なるウイルス配列について解釈を行っている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

健常者と潰瘍性大腸炎患者の便中ウイルス配列の比較を行うことができた。

Strategy for Future Research Activity

さらに症例数を増やし、VLPの抽出によるウイルスゲノムの獲得を目指す。

Causes of Carryover

H27年度の結果をもとにH28年度に集中したシーケンシング実験計画を予定したため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

H27年度の結果をもとにして、大規模なサンプル数でのシーケンシングを予定する。