2016 Fiscal Year Research-status Report
精神疾患患者死後脳単一神経細胞における体細胞変異解析の試み
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15K15424
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| Research Institution | Kumamoto University |
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Principal Investigator |
岩本 和也 熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (40342753)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | シングルセル / 死後脳 / 神経細胞 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、ヒト死後脳前頭葉試料からの単一神経細胞核を利用したゲノム解析の条件検討を継続して行った。前年度検討を行った、細胞の品質を個々に評価しながら解析対象細胞を選択できるAS One社のセルピッキングシステムを用いた単一神経細胞核単離実験系に加え、ハイスループットで連続した化学反応が可能な、フリューダイム社のC1装置を用いた実験系の検討を行った。
本年度は予備的検討として、死後脳前頭葉試料からNeuNマーカーでセルソーティングにより単離した単一神経細胞核をC1装置で分離後、C1装置でのプロトコールが既に確立している一般的なTaqmanプローブを用いたRT-PCR法による遺伝子発現解析を行った。細胞核におけるRNAは、品質評価が困難であり、収量が細胞全体を使用した場合よりも大幅に減少すると見込まれるが、解析した単一神経細胞核のほとんどで良好な遺伝子発現が確認された。また、体細胞変異解析の補助情報となると考えられるトランスポゾン関連配列の遺伝子発現量の定量を試み、予備的データの取得を行った。
単一神経細胞核を利用した遺伝子発現解析では、スプライシングを受けていないpre-matureなRNAや核内RNAが主な解析対象となるため、測定する遺伝子のprimer配列のデザインや、比較のための内在性のコントロール遺伝子の選択に特に注意を払う必要があると考えられた。現在、C1装置を用いた単一神経細胞核のゲノム解析について、全ゲノム増幅条件の最適化を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
単一神経細胞核を用いたゲノム解析について、全ゲノム増幅までの最適なパイプラインの構築ができた共に、LINE-1挿入部位の検出方法についての確立ができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
確立したパイプラインを基に、全ゲノム増幅後サンプルのQCを行い、体細胞変異の検出系全体の確立を試みる。
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